RNA id: TU2615737


Basic Information

Item Value
RNA id TU2615737
length 3872
lncRNA type inter_gene
GC content 0.41
exon number 2
gene id G2287547
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_050572.1
NCBI id CM025859.1
chromosome length 41837469
location 709505 ~ 713676 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome
species rainbow trout
(Oncorhynchus mykiss)

Sequence

gacttgCTAAATGCTAAAGTGTGTAGCGTgtacaaatcgtctgtcctcggttgcaacactcactattgaGTACTAAGctgtctctggaagcaatgtcagcacaataattgtttgtcgggagctcataaaatgggtttccatggccaagctgccgcacacaagcctaagatcaccacgcaCAATGCtaaagcattggctggagtgttgtgaagctcaccgccattggacctaactaatgctcgtggctgaatggaagcaagtccctgcaacaatgttccaacatctagtggaaagctttcccacgagagtgaaggctgttatagcagcaaagggaggaccaattaatgaccatgattttggaatgagatgttcgacaaccAGGTGTCCAGATACTTTTGGCAATATAGTGTAAGAGTAATTGAGGCAATTTATGATGAGATTAGGTTGAGTATTGATGTTCAGTGGTAGCAGCTGATGTTTCAAGATGTAGGATGGTTGTTTGAGGGTATATTTCTATACTCCGTGCTTTTCTGGATCTAAAGTCTAGTGGTGGATATTAAAGTATAGTGGTggatattgaagtgtagtggtggatattgaagtgtagtggtggaTATTGAAGTATAGTGGTggatattgaagtgtagtggtggatattgaagtgtagtggtgaaTATTTAAGTGTAGTTGAaaatattgaagtgtagtggtggaTATTGAAGTGTAGTTGAaaatattgaagtgtagtggtggatattgaagtgtagtggtggatattgaagtgtagtggtggaTATTGAAGTGTAGTTGAAAATATTGAAGTGTAGTGTTGGATATTCAGGTATAGTGGTGGATATTAAAGTATAGTGGTggatattgaagtgtagtggtggatattgaagtgtagtggtggaTATGGAAGTGTAGTAGTGGATATTGAAGTGTAGCGGTGGATATTCAGGTATCGTGGTGGATATTCAGGTATAGTGGTGGATATTGAAGTGTAGTAGTGGATATTGAAATATAGTGTGGGATATTAAAGTATAGTGGTGGATATTGAAGTGTAGTTGAAAATACTGAACTGTAGTGGTGGATATTGAAGTGTAGTTGAACATTTTGAAATATAGTGGTGGATATTGAAGTGTAGTTGTGGATATTGAAGTGTAGTTGAaaatattgaagtgtagtggtggatactgaagtgtagtggtggatattgaagtgtagtggtggaTATTGAAGTGTAGTTGAAAATATTGAAGTGTAGTGTTGGATACTGAAGTGTAGTGGTggatattgaagtgtagtggtggatactgaagtgtagtggtggatattgaagtgtagtggtggaTATTCAGGTATAGTGGTGGATATTCCGGTATAGTGGTGGATATTCAGGTATGGTGATggatattgaagtgtagtggtggatattgaagtgtagtggtggatattgaagtgtagtggtggaTATTGAAGTGTAATGGTTGATATTCAGGTATAGTGTTGGATATTCAGGTATAGTGGTGGATATTCAGGTATAGTGATggatattgaagtgtagtggtggaTATTAAAGTGTAGTGGTGGATATTGAAGTATTGTGGTGGATATTAAAGTGTAGTGCTGGATATTAAAGTGTAGTTGAAAAATTGAATTTTAGTGGTGGATATTGAAGTATAGTGTTGAAGTAAATTACCAATCTGTTCTTCCTACTATCacggccacctaatcatccccagtttccaTTTTCCTTCCCCTCCCCTGTGTTCCCGAGGTCGTTGCTGTAATTGAGAATGttttctcagtcaatttacctggtgaAATAGggttcaaaataaaataaaataatctctATGAAGCAGGTGTTTGGACTATATAGTCACAGATGTTGTTAAACCCAAGACGTAGTCAAGGGCAGGCAAACCATGccaaatatatcctccaaacaccggcttcgaagGCATTATTACTTTtgtacaacgggttaccaacatattcaaataatgattgatgTATTTTCATTGAAAACGttgttttgatgaatttattcattcTTTCCACGAGATATTGTCCCAACACAACCTAGGGATGCTACCCAAGCCGGGTGGTTGTACATTCTATCAGTTAGGTTACCAGAGATGCGACCAGGATGGCGTGAAGAGTGAAAAGTTAGGCCTAGCTAGTGAACCAGGTTGGTGTAGTTCTCGGCCTAGCTTGTGAAACAGGTTGGTGTGGAAAGTTAGACCTAGCTAATGAAACAGGTTGGTTTAGGAAGTTAGACCTAGCTAATGAAACAAGTTGGTTTGGAAAATTAGGCAAGGCTAGTGAAACAGGTTGGTGTTGAGAGTGTAGAGAGTTCAGCCTAGCTAGTGAAACAGGTTGGGGTGGAGTGAGTGGAGAGTTAGGTATAGCTAGTGAAAGAGGGTGGTGTAAAGAGTTGAGAGTTAGACCTAGCTAGTGAACCAGGTAGGTGTGGAAAATTAAGCTTATCTAATAAAACAGGTTGGGTGGAGATTTAGGCCGATCTAATGAAACAGGTTGGTGTGCAGTGTGTGGAGAGTTAGGTGTATTTAGTGAAACAGCTCGGTGTGCAGTTTGTGGAGTGTTAAACAGGTTTGTGTGGAAAGTTAAGAATAGGTAGAGAAACAGGTTGGTGTGGAGAAAGTGGAGTGTTAGTCTTAACAAGTGAAACAGGATGGTGTGGAGAGTTAGGGCTAACTAGTGAAACAGGTTGGTGTGTAGAGCATTGAGTGTTGAACCTAACTAGTTTACACATGGTTTGTGTGGTGAATTAAGACTAGCTAGTGAAACACATTGGTGTGGAGAGTGCGTAGTGCTATGCTATGCCTAGATAGTGAAACAGGTTGGTGTTGAGAGATTGGAGAGCTCAGCCTAGCTGCTGAAAAAGATTGGTTTGGCGAGTATGAACTGTTTGGCCTAGCTTGTAAAAAAATGTTGGTGTGGAGAGCGGAAAGTTAGGCCTAGCTAGTGAAACAGGTTAGTGTGGAGAGTTAGGCCTAGCTAGTGAAACAGGTTTGTATGGAGAGAGTGGATAGTTAGACCTAGCTTGTGAtaaaatgtggtgtggagagtGGAATGTAAGGCCGAGCTAGTGAACTAGGATGATGTAGAGTTTTAGGCCTATCTAATGAAACAGGTTGGTGTATAGAGGTAGGCAAGGCTAGTGAAATAGGCTGTTGTGGAGAATGTGGAGTGTTCATCCTAGCTAGTGTAACATGTTGGTGTGGAGAGTAAGGCCTAGCTGGTGAAAAAGATTGGTGTGGAGAGTGTGGAGAGTTAGGCCTAGCAAGTGAAACAGTTTGGTATGGAGAGTTAGTCATAGCTAGTGAAACAGGTTGGTGGAGAAAGTGAAATTGTTTTCTTCATAGTGAACCAGGTTGGTGTGGAGAGTGTTTAGAGTTAGGCCTAGATTGTGAAACAGGTTGGTGTGCAAAGAGAGAAGATGATGAAACAGGGTAGTGTGGAGAGAGTGGAAATGTAGTCCTAGCTAGCCAAACAGGTTGGTGTGGAAAATTTGTAGTAACTAGTGTAACAGTTTGGTGTGTAGAGTGTGGAGAGTTAGGCCTAGCTATTGAAACACGTTGGTGTGGAGAgttaagcaaatcaaatcaaatcaaattgtattagtcacatgcaccaaataggtgaaatgcttacttacgagcccctaaccaacaatgcagtaaaaaaaaatacaaatacagcagtaaaataacaatagcgagactatatacaggggggtaccggtacagagtcaatgtgccggtTAGTTGagatacatgtaggtagagttattaaagtgactatagatgataacaacatagagtagcagcggtgtaaaagag

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU2615735 lncRNA upstream 1620 706453 ~ 707885 (+) True G2287545
TU2615725 lncRNA upstream 11003 698236 ~ 698502 (+) True G2287543
TU2615724 lncRNA upstream 12630 696612 ~ 696875 (+) True G2287542
TU2615721 lncRNA upstream 19264 690041 ~ 690241 (+) True G2287539
TU2615720 lncRNA upstream 19907 689349 ~ 689598 (+) True G2287538
TU2615738 lncRNA downstream 7029 720705 ~ 722692 (+) True G2287548
TU2615790 lncRNA downstream 103556 817232 ~ 832842 (+) True G2287597
TU2616082 lncRNA downstream 257406 971082 ~ 971496 (+) True G2287845
TU2616142 lncRNA downstream 299399 1013075 ~ 1013400 (+) True G2287905
TU2616170 lncRNA downstream 328427 1042103 ~ 1042605 (+) True G2287930
XM_021559717.2 mRNA upstream 93078 596762 ~ 616427 (+) False rnmt
XM_021559716.2 mRNA upstream 93078 597285 ~ 616427 (+) True rnmt
XM_021559715.2 mRNA upstream 122346 565124 ~ 587159 (+) False seh1l
XR_005041297.1 mRNA upstream 122346 565124 ~ 587159 (+) False seh1l
XM_036971454.1 mRNA upstream 227348 476242 ~ 482157 (+) True psmg2
XM_036971021.1 mRNA downstream 24945 738621 ~ 899937 (+) True rims2b
XM_021559723.2 mRNA downstream 222646 936322 ~ 962116 (+) False LOC110487806
XM_021559722.2 mRNA downstream 222652 936328 ~ 962116 (+) True LOC110487806
XM_036971390.1 mRNA downstream 567257 1280933 ~ 1361298 (+) True ncaldb
XM_036971668.1 mRNA downstream 886674 1600350 ~ 1639573 (+) True LOC110511936
TU2615649 other upstream 221844 486793 ~ 487661 (+) True G2287470
TU2615648 other upstream 221954 486793 ~ 487551 (+) False G2287470
TU2615647 other upstream 222023 486793 ~ 487482 (+) False G2287470
TU2615646 other upstream 222114 486793 ~ 487391 (+) False G2287470
TU2615343 other upstream 468865 233742 ~ 240640 (+) True rpl30
TU2616270 other downstream 559698 1273374 ~ 1274170 (+) True G2287973
TU2617170 other downstream 1495446 2209122 ~ 2255073 (+) False triqk
TU2617169 other downstream 1495772 2209448 ~ 2255073 (+) False triqk
TU2617171 other downstream 1495772 2209448 ~ 2255073 (+) True triqk
TU2617238 other downstream 1608198 2321874 ~ 2324182 (+) True G2288669

Expression Profile