RNA id: TCONS_00061436


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00061436
length 469
lncRNA type intronic
GC content 0.34
exon number 1
gene id XLOC_030126
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007116.7
NCBI id CM002889.2
chromosome length 72500376
location 27654250 ~ 27654718 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

TGTGTAGACGTATATTCAGACATGTAATTATCTTCAGCTTTGCACATGGCTTTAGAATAAGTGAGCCACACATATCTGACAAATCGCATTGGAGATTAAATCTGGAGGGATACAGCTGAGTCAGGGCTTTTCTTTGGCGTTTTCCTATAGAAGAGTACTGGATGTCATTTCCCTGTTCCAGCAGCTATCAATATTGCCCATGTACGCACATGCTTGTGGGTTTTTCCTTTTAGATACTGGATTTGCtgtttgaatatatttatatattctgtaaaatcaacatttatatattacaaTACATGACAGGCAGTGTGTTTGTAAAATTGTATGGACTTTCAAGAGAAATATAGGACTGTCAAGGTGAAATTATAATAACACACCAGAATGCCTTGAATGTCAGTATAGTAATGCACTCATTAATTAAATATCTAAGTGATGACATTGAATTTAGAAAATTGttgttaataca

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00061706 lncRNA upstream 562946 27076003 ~ 27091304 (+) True XLOC_030118
TCONS_00061704 lncRNA upstream 602791 26949711 ~ 27051459 (+) False XLOC_030117
TCONS_00061705 lncRNA upstream 602791 26949739 ~ 27051459 (+) True XLOC_030117
TCONS_00058890 lncRNA upstream 700326 26949739 ~ 26953924 (+) False XLOC_030117
TCONS_00058889 lncRNA upstream 700326 26949739 ~ 26953924 (+) False XLOC_030117
TCONS_00058914 lncRNA downstream 262661 27917379 ~ 27920706 (+) True XLOC_030127
TCONS_00061707 lncRNA downstream 627451 28282169 ~ 28287958 (+) False XLOC_030132
TCONS_00058922 lncRNA downstream 627731 28282449 ~ 28287958 (+) False XLOC_030132
TCONS_00061708 lncRNA downstream 627731 28282449 ~ 28292411 (+) True XLOC_030132
TCONS_00058923 lncRNA downstream 642532 28297250 ~ 28304975 (+) False XLOC_030133
TCONS_00058908 mRNA upstream 40479 27609014 ~ 27613771 (+) False XLOC_030125
TCONS_00058905 mRNA upstream 115505 27525477 ~ 27538745 (+) True XLOC_030124
TCONS_00058904 mRNA upstream 116075 27488975 ~ 27538175 (+) False XLOC_030124
TCONS_00058903 mRNA upstream 163751 27442247 ~ 27490499 (+) False XLOC_030124
TCONS_00058901 mRNA upstream 165141 27440325 ~ 27489109 (+) False XLOC_030124
TCONS_00058911 mRNA downstream 242786 27897504 ~ 27920572 (+) False XLOC_030127
TCONS_00058912 mRNA downstream 243508 27898226 ~ 27919419 (+) False XLOC_030127
TCONS_00058913 mRNA downstream 243590 27898308 ~ 27907250 (+) False XLOC_030127
TCONS_00058915 mRNA downstream 387249 28041967 ~ 28047353 (+) False XLOC_030128
TCONS_00058917 mRNA downstream 505785 28160503 ~ 28213627 (+) False XLOC_030129
TCONS_00058863 other upstream 1421182 26221016 ~ 26233068 (+) False XLOC_030104
TCONS_00058859 other upstream 1434093 26212632 ~ 26220157 (+) False XLOC_030103
TCONS_00058848 other upstream 1682090 25972068 ~ 25972160 (+) True XLOC_030094
TCONS_00058845 other upstream 1842011 25811873 ~ 25812239 (+) True XLOC_030092
TCONS_00058834 other upstream 1972145 25680842 ~ 25682105 (+) False XLOC_030089
TCONS_00058916 other downstream 387266 28041984 ~ 28042519 (+) True XLOC_030128
TCONS_00058938 other downstream 1157735 28812453 ~ 28818613 (+) True XLOC_030140
TCONS_00058939 other downstream 1169894 28824612 ~ 28826140 (+) True XLOC_030141
TCONS_00058952 other downstream 1559812 29214530 ~ 29214646 (+) True XLOC_030148
TCONS_00058961 other downstream 2139358 29794076 ~ 29799058 (+) True XLOC_030154