RNA id: TU2631871


Basic Information

Item Value
RNA id TU2631871
length 1914
lncRNA type intronic
GC content 0.43
exon number 2
gene id G2300670
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_050572.1
NCBI id CM025859.1
chromosome length 41837469
location 16330720 ~ 16347102 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome
species rainbow trout
(Oncorhynchus mykiss)

Sequence

GCCCATTACTTGGTGGGATTGATGTGACATTTCCTAAactacagagctgtgatgtagagcagtcctaaactacagagatacagagctgtgatgtagagcagtcctaaactacagagatacagagctgtgatgtagagcagtcctaaactacagagatacagagctgtgatgtagagcagtcctaaactacagagatacagagctgtgatgtagagcagtcctaaactatagagatacagagctgtgatgtaggacagtcctaaactacagagatacagagctgtgatgtagagcagtcctaaactacagatatacagagctgtgatgtaggacagtcctaaactacagagatacagagctgtgatgtagagcagtcctaaactacagagatacagagctgtgatgtaggacagtcctaaacaACAGAGATAaagagctgtgatgtagagccgtcctaaactacagagatacagagctgtgatgtaggacagtcctaaactacagagatacagagctgtgatgtagagcagtcctaaactacagcgatacagagctgtgatgtaggacagtcctaaactacagagatacagagctgtgatgtagagcagtcctaaactacagagatacagagctgtgatgtagagccgtcctaaactacagagatacagagctgtgatgtagagcagtcctaaactacagagatacagagctgtgatgtagagcagtcctaaactacagagatacagagctgtgatgtagagcagtcctaaactacagagatacagagctgtgatgtaggacagtcctaaactacagagatacagagctgtgatgtagagcagtcctaaactacagagatacagagctgtgatgtagagcagtcctaaactacagagatacagagctgtgatgtaggacagtcctaaactacagagatacagagctgtgatgtaggacagtcctaaactacagagatacagagctgtgatgtagagcagtcctaaactacagagatacagagctgtgatgtagagcagtcctaaactacagagatacagagctgtgatgtaggacagtcctaaactacagagatacagagctgtgatgtagagcagtcctaaactacagagatacagagctgtgatgtagagcagtcctaaactacagagatacagagctgtgatgtagagccgtcctaaactacagagatacagagctgtgatgtagagcagtcctaaactacagagatacagagctgtgatgtaggacagtcctaaactacagagatacagagctgtgatgtagagcagtcataaactacagagatacagagctgtgatgtagagcagtcctaaactacagatatacagagctgtgatgtagagcagtcctaaactacagatatacagagctgtgatgtagagcagtcctaaactacagagatacagagctgtgatgtagagcagtcctaaactacagatatacagagctgtgatgtagagcagtcataaactacagagatacagagctgtgatgtagagcagtcctaaactacagagatacagagctgtgatgtaggacagtcataaactacagagatacagagctgtgatgtagagcagtcctaaactacagagatacagagctgtgatgtagagccgtcctaaactacagagatacagagctgtgatgtagagcagtcctaaactacagagatacagagctgtgatgtaggacagtcctaaactacagagatacagagctgtgatgtagagcagttctaaactacagagatacagagctgtgatgtaggacagtcctaaactacagatatacagagctgtgatgtaggacagtcctaaactacagagatacagagctgtgatgtaggacagtcctaaactacagagatac

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU2631864 lncRNA upstream 11350 16318915 ~ 16319370 (+) True G2300663
TU2631806 lncRNA upstream 113460 16215859 ~ 16217260 (+) True G2300614
TU2631768 lncRNA upstream 168142 16146868 ~ 16162578 (+) True LOC118946491
TU2631743 lncRNA upstream 238956 16091506 ~ 16091764 (+) True G2300553
TU2631739 lncRNA upstream 244300 16085524 ~ 16086420 (+) True G2300549
TU2631889 lncRNA downstream 20208 16365399 ~ 16374326 (+) True G2300684
TU2631891 lncRNA downstream 25598 16370789 ~ 16371154 (+) True G2300686
TU2631897 lncRNA downstream 42576 16387767 ~ 16388925 (+) True G2300692
TU2631929 lncRNA downstream 80751 16425942 ~ 16429571 (+) True G2300716
TU2631941 lncRNA downstream 108931 16454122 ~ 16455724 (+) True G2300727
NM_001160587.1 mRNA upstream 117883 16203496 ~ 16212837 (+) False dss1
XR_005041344.1 mRNA upstream 167293 16146895 ~ 16163427 (+) False LOC118946491
XR_005041345.1 mRNA upstream 167293 16150307 ~ 16163427 (+) False LOC118946491
XM_021559960.2 mRNA upstream 186934 16141291 ~ 16143786 (+) True LOC110488010
XM_021559951.2 mRNA upstream 232666 16093098 ~ 16098054 (+) True LOC110488007
XM_021559967.2 mRNA downstream 118372 16463563 ~ 16487955 (+) False LOC110488016
XM_036970996.1 mRNA downstream 118392 16463583 ~ 16480606 (+) False LOC110488016
XR_005041306.1 mRNA downstream 118392 16463583 ~ 16485916 (+) False LOC110488016
XM_036970995.1 mRNA downstream 118392 16463583 ~ 16487955 (+) True LOC110488016
XM_021559969.2 mRNA downstream 258408 16603599 ~ 16636889 (+) False LOC110488017
TU2631753 other upstream 78123 16203473 ~ 16252597 (+) True dss1
TU2631752 other upstream 117830 16203473 ~ 16212890 (+) False dss1
TU2631539 other upstream 448559 15880681 ~ 15882161 (+) True G2300406
TU2631280 other upstream 913213 15417226 ~ 15417507 (+) True G2300167
TU2631085 other upstream 1172179 15132267 ~ 15158541 (+) False LOC110487981
TU2632763 other downstream 179319 16524510 ~ 16525394 (+) True G2301452
TU2632809 other downstream 291348 16636539 ~ 16639641 (+) True LOC110488017
TU2632840 other downstream 324416 16669607 ~ 16676671 (+) False G2301522
TU2632885 other downstream 440177 16785368 ~ 16788539 (+) False LOC110488019
TU2632933 other downstream 481874 16827065 ~ 16834385 (+) True LOC110488022

Expression Profile