RNA id: TCONS_00059074


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00059074
length 260
RNA type processed_transcript
GC content 0.49
exon number 3
gene id XLOC_030210
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007116.7
NCBI id CM002889.2
chromosome length 72500376
location 32815745 ~ 32859700 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

GAGCGCATTATTGTGGAGCAGGAGGAGGAACATGAGAGGAGTCAGCAGGAGGTCCTACAGCTCCTCATGCAGCTCAGAAAGGCCAGACACTCCACTGAAGCACTTatgaagcagGCTGAGTTTGAGTTGAGCGCTCAAAAGAAATGTGATGCTGAACTGGCAGAGCAAGAGAAGCTGGAAGGAGCCATAACTGAGCTGCAAGAACAGtgtGAGGATCTAACAACAACGTCGTCAAGTATGAATGAGCAGTTTGACACTCA

Function

GO:

id name namespace
GO:0019254 carnitine metabolic process, CoA-linked biological_process
GO:0005777 peroxisome cellular_component
GO:0016740 transferase activity molecular_function
GO:0016746 transferase activity, transferring acyl groups molecular_function
GO:0004092 carnitine O-acetyltransferase activity molecular_function

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000140769

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00059073 lncRNA upstream 2332 32850839 ~ 32856096 (+) False XLOC_030210
TCONS_00061733 lncRNA upstream 490947 32358880 ~ 32367481 (+) True XLOC_030206
TCONS_00059058 lncRNA upstream 594368 32260163 ~ 32264060 (+) True XLOC_030204
TCONS_00061732 lncRNA upstream 595208 32260163 ~ 32263220 (+) False XLOC_030204
TCONS_00061731 lncRNA upstream 771851 32083729 ~ 32086577 (+) True XLOC_030198
TCONS_00059076 lncRNA downstream 23446 32882700 ~ 32886071 (+) False XLOC_030211
TCONS_00059079 lncRNA downstream 24339 32883593 ~ 32886408 (+) False XLOC_030211
TCONS_00059086 lncRNA downstream 69580 32928834 ~ 32932768 (+) False XLOC_030215
TCONS_00059092 lncRNA downstream 421909 33281163 ~ 33282835 (+) False XLOC_030218
TCONS_00061734 lncRNA downstream 421909 33281163 ~ 33282875 (+) False XLOC_030218
TCONS_00059071 mRNA upstream 5600 32845759 ~ 32852828 (+) False XLOC_030210
TCONS_00059072 mRNA upstream 10508 32847238 ~ 32847920 (+) False XLOC_030210
TCONS_00059065 mRNA upstream 25070 32815745 ~ 32833358 (+) False XLOC_030210
TCONS_00059066 mRNA upstream 27392 32817688 ~ 32831036 (+) False XLOC_030210
TCONS_00059064 mRNA upstream 64947 32791245 ~ 32793481 (+) True XLOC_030209
TCONS_00059075 mRNA downstream 23434 32882688 ~ 32887020 (+) False XLOC_030211
TCONS_00059078 mRNA downstream 23566 32882820 ~ 32886809 (+) False XLOC_030211
TCONS_00059083 mRNA downstream 55067 32914321 ~ 32920149 (+) True XLOC_030214
TCONS_00059084 mRNA downstream 65415 32924669 ~ 32946255 (+) False XLOC_030215
TCONS_00059087 mRNA downstream 73103 32932357 ~ 32962023 (+) True XLOC_030215
TCONS_00059063 other upstream 220663 32637648 ~ 32637765 (+) True XLOC_030208
TCONS_00059060 other upstream 512297 32345189 ~ 32346131 (+) True XLOC_030205
TCONS_00059050 other upstream 675700 32178630 ~ 32182728 (+) True XLOC_030200
TCONS_00059033 other upstream 913706 31944607 ~ 31944722 (+) False XLOC_030193
TCONS_00059030 other upstream 989800 31860071 ~ 31868628 (+) False XLOC_030190
TCONS_00059077 other downstream 23453 32882707 ~ 32886909 (+) False XLOC_030211
TCONS_00059080 other downstream 25951 32885205 ~ 32885331 (+) True XLOC_030212
TCONS_00059081 other downstream 26506 32885760 ~ 32885886 (+) True XLOC_030211
TCONS_00059082 other downstream 27218 32886472 ~ 32886598 (+) True XLOC_030213
TCONS_00059085 other downstream 65664 32924918 ~ 32932768 (+) False XLOC_030215

Expression Profile

//