RNA id: TCONS_00061740


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00061740
length 410
lncRNA type inter_gene
GC content 0.43
exon number 3
gene id XLOC_030234
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007116.7
NCBI id CM002889.2
chromosome length 72500376
location 34643447 ~ 34797351 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

GAGTAGCTCAGCACACTTCAAACCGATCCCTGCGTAACCACGTGATTAACATCAAACTATGAAGGATGTTCGTTTATATAACTTTAGGATTGGATATTTTGGGGTGACAATTACAAATTACACAATGGAATACAAAGCGGGATGGCCCGTGGAGAGATTCGGCAGACACGAGGATGCTGCTGCATGgtGCAGCTGACCGTAAGGCCACTCTAATTGCAGAGGACACTTTCTCCTTCGCTTCCTCTCTCGCTCTCTTGTGGCGTCTTTTCTTCATGAAAGCAAAGGTCTGAGATAGACAGgtctcagatgagtggaCTGCTGGAGGAGGATGGgctggggtttttcttgtttttagttttttttttaatgtgtttgctttcatttcaaattaaaatgtacttataTTGACC

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00061739 lncRNA upstream 4828 34633581 ~ 34638619 (+) True XLOC_030233
TCONS_00059111 lncRNA upstream 49812 34588927 ~ 34593635 (+) True XLOC_030232
TCONS_00059108 lncRNA upstream 69396 34549579 ~ 34574051 (+) False XLOC_030231
TCONS_00061738 lncRNA upstream 348374 34294321 ~ 34295073 (+) True XLOC_030229
TCONS_00061440 lncRNA upstream 348606 34293261 ~ 34294841 (+) False XLOC_030229
TCONS_00061742 lncRNA downstream 31453 34828804 ~ 34837166 (+) True XLOC_030236
TCONS_00059118 lncRNA downstream 323697 35121048 ~ 35127014 (+) True XLOC_030240
TCONS_00059123 lncRNA downstream 663462 35460813 ~ 35461855 (+) False XLOC_030242
TCONS_00061743 lncRNA downstream 718569 35515920 ~ 35527121 (+) True XLOC_030243
TCONS_00061444 lncRNA downstream 1206610 36003961 ~ 36177578 (+) False XLOC_030248
TCONS_00059112 mRNA upstream 4823 34622320 ~ 34638624 (+) False XLOC_030233
TCONS_00059113 mRNA upstream 12263 34623107 ~ 34631184 (+) False XLOC_030233
TCONS_00059110 mRNA upstream 42737 34578479 ~ 34600710 (+) False XLOC_030232
TCONS_00059107 mRNA upstream 67945 34549365 ~ 34575502 (+) False XLOC_030231
TCONS_00059109 mRNA upstream 69263 34549845 ~ 34574184 (+) True XLOC_030231
TCONS_00059115 mRNA downstream 184233 34981584 ~ 34987273 (+) False XLOC_030238
TCONS_00059116 mRNA downstream 184967 34982318 ~ 34987271 (+) True XLOC_030238
TCONS_00059117 mRNA downstream 200412 34997763 ~ 34999553 (+) True XLOC_030239
TCONS_00059119 mRNA downstream 601394 35398745 ~ 35401568 (+) True XLOC_030241
TCONS_00059120 mRNA downstream 660839 35458190 ~ 35462126 (+) False XLOC_030242
TCONS_00059093 other upstream 1360572 33282261 ~ 33282875 (+) True XLOC_030218
TCONS_00059088 other upstream 1649556 32993786 ~ 32993891 (+) True XLOC_030216
TCONS_00059085 other upstream 1710679 32924918 ~ 32932768 (+) False XLOC_030215
TCONS_00059082 other upstream 1756849 32886472 ~ 32886598 (+) True XLOC_030213
TCONS_00059081 other upstream 1757561 32885760 ~ 32885886 (+) True XLOC_030211
TCONS_00059114 other downstream 123044 34920395 ~ 34921911 (+) True XLOC_030237
TCONS_00059121 other downstream 660883 35458234 ~ 35461749 (+) False XLOC_030242
TCONS_00059135 other downstream 1708122 36505473 ~ 36506619 (+) True XLOC_030253
TCONS_00059140 other downstream 1801756 36599107 ~ 36609700 (+) False XLOC_030256
TCONS_00059142 other downstream 1801798 36599149 ~ 36605565 (+) True XLOC_030256

Expression Profile

//