RNA id: XM_036972978.1


Basic Information

Item Value
RNA id XM_036972978.1
length 6504
RNA type mRNA
GC content 0.44
exon number 4
gene id LOC110486817
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NW_023493685.1
NCBI id JAAXML020000486.1
chromosome length 631356
location 593456 ~ 604197 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome
species rainbow trout
(Oncorhynchus mykiss)

Sequence

ATTAACATAATTGCAAGGATAGACATGCATGTATACCTACCTACCTAGTGTAAAGTAGGCCTAATGTTTAAAAATATTTGGAAAATACCTTCCATTATCCATAGCATATTCTATGCAATAAATCGAGAATATTCGTGTGAAAATGTATGTCAGGTAAGGTTCAATGGACGACCTTGACCTATAGTTAACAATTACCCTTATACACAACTCTGTGCTCCGGTGCAGCAGCCAGTGCAGTTGGAGCTCGGCGGTTGAATTGTTCCCTGGACTCCGTGATGTGTGTCAAATCAGTTCAGCacagctgggactgggactggcgaTATTTTAGTTATGACTTCCACTGAACTGCTTTAGAAAAATGCACGAGCAAAACACATCAGTTTCCGATGCTGAGTTAATTTGTATTGGGATTTGAGgtaatcatttgtaaaaatgtattttgttggtTTATTCAAATAGCCATTTGGGAATTGTTTTGCGCAATATTCAAAATAACCCGTCAGTGGATTTTCATGACACGACTAATTGTTTGCTTGAAGAAACCTTCGAACATGATAATTAAATGGGACAACGATTAACTGAGGTTTGGTGTTTCTTCAATCAAACAATTAGTTGAAAATTCGGTGTTTAAGTGGTCAGAGTTGAACTTTTTGACAGTGTCTAAATGGTAGGTTTACTTCAGTTATGGTAGGTAACAATTAATTACCGTTTAGCTCTGAAGCATTGGTCATGGTGCGAGCTAATGAGTTTTGATGATCTATTGCTCGTTAGACCAATTTTGTCCTTTCTAATTATTTGTTCACAATCTAGATGGATATTTGCATGGGGTCTTGATTAGCAGACAAGGACGTGCATGTATGTAGTCAATATTTTATCACTTGACTTATTATTCTTAGGTCTATTGACAGACTGCCGAAAGAAATGGCACACATGGGACCACAGACTGCTTCATCTTTTGGATCTTGAATTTGACCACAACCTTTTAATTAAATGAGTCGAACGCTCattaaaaacaatacaaaatatcATGTCCAACTGCATCTTAGAAGTATTCCTACTTTTGATAATGCCAATATCTAATGGCTTCTGCATTGTAGATTTTCTTAGTTATCTATAGCCTAATATAATACAGGTGTTTACATTCATGTCAGCCTAACAGTTGACTTTTCTATCTTTTGGAAAGTACGAAAAATGACCCATCATCACACACCCTGATGACCCACGCCTCCTTTTATAAACTGAGCTAtatgactcgcctagttaaataaaggttcaatattaATATGTACTGCAATCCATTTCTCTCGCACGCCTGGGACTATAGGCCAACCCATGTGCATGTGCAACGTTATGTCTCCTAATTGTTTTAGGCCTAAGCATATGTATTTTGCGACAAGCAATGTATAGACGGTGCCAGACGCACGGCAGTGGGGTAAGCTATATTACAATACAGGGACCAGAGGGCACGGGAGTCTCATTGCAGGTGGTTGCCGTCGGGGACCGTTTTAGCCAGCCATGGGTTGGTCTTGGGCAGGAGGGCCATGATCGTTCAAAAGGTGCAGATGAAACGCGGATGCTGCTGGATGTGTGTGATGATGGGACGTCTGTGTGGCATATTTTACTATTTTCATATGATGTGGTCGTGCCTCGATATGGGATGGGGTGCTTGCCCTTGCAGGTACGGCAGTAACCCTCAAGACCCGGGTGGAGTGTCACAGACTCAACTCTGTTGCCATAAGCCTATGAGCTTTTTATTTTATCATTCACGATTTTAATATATATTATTCAATAGGAGTTATAATACCACATTAAAGAAAAATATTACTTTGGCCAATTAGCATAATGCGTCTTATGGACAGTTGATGTTACAAAATGTAAATGACATGCCTGCAGGGAGACAGAAATATTACATAAATATTACAGCTGAGCTAGAGGCTGACTGTGACCTTAAATCATCTCTGGCATTTCTAACACTCTGGCCCATTATTTTAATTGAGGACCCCAAACGAGCCCATTTTATTGCTTGAGGTccccattattagccagataatgatACTTTTGCGAAGAAAAAAACAAGTTATGCAGGCAAAAAATGGACCAGCCCTTCTGGCATTTGCCCGAAATGCCAGATGGCTAGTCTGCCCCTATGGGACACTGAACCACTAGCCTAGAATTCAGTCAGTCTGGGAGCTGAATGCCACTCGGACTAGAGggttattctctctcttttcGTAGCATAACAAAGTGTCCATTCATGTTACTCTCCCCAGGGAACTGGGCTCTGGCCTCCGAACACGTGACTCAAACAGACCAACCTGAGAGCGCGTGTGAAAATGAACCTGGCTGTGACAACAGCGCGAGCCACTCAACTGCCATTGACAGTTACAAGGCCTTCCCTTACAGCTGAATTCTGATAGACGATTGAAAATAATAGCTATTCCTGGGTATAGTTCGGAATACTTTTTATAGACTAAATTAAAATAGTGTAGGTTAATAAATACATACATTATTAATGTTTAAAATGAATGAAAGGGGTCCTATTTTAGCTCTTTGCAATTTTAGCTCTATGTTATTACTACACAGTAGGCCTATGTCTGTTACATTTCCACCTGGTTGAGGAAAGGACATATCCTTTTCGTAAGCCTATACCCTAGCAGAGGACTTTCCCCGCAGCTGAGAAAACATCTGCCTAAATTCTCCATATGAGTGCAATTTACCAAACCACATTCCCATCAAAACGCATAAGCCTTTGATCTCGCACCACCGGAGGGGGCCAACTAAGTCCTGTGAACAACCAACAGTGGTTGCTGGAAAACCCCGCAAGATGTCGCCATGGTCTTGACTTGCACCTTTTGTTGCTTGGGCCCAGAAGGATTGCTATTTTGTTCACAGGGTTTTAACCCTCATCAACGTTAAACCGAGACGCGCATGACCTGCATTTTCCAGATGTGCATTACATGTACACGGCCACTAGATAGAGCCCAAGTATCAAAAATACTTTATACATTTTTCAGTTCTTGGCCTGGGCCTGTTCCTAGTTGGATGGATTTCGTCATCATTACCGTTATTCGCCCTCCCCATCTCCTTCACCCCCACTCACCACCCAAACTATACTATCTGTGGCCGTTAGGCCTACCATTCGTTTTTATAGAACCAAGCCTATCATTACAAAATGCGATTTCAATTATCTGCATATATATACAAACAACATCGTAttattttgttcatttattttatGAGTTATTTACTTTTATAGGCCAATGTTTAGGGGTTGAATGTGCAAATATAAAGTGTTCGGAAAATACGTCTCAATACTAGCCTACATAAATAAAAGGCTTCTAAATAAGAAGTAATTGGCATTTGTCGGCATTTATTTCCCAGTTTCACGAAGGCTCCAATTATCCAGGTGTGGAAAAGTTGTGAGTCACGCAGTGCACTTGAAGGTAACAGATGGCTGGAGCCTGTACTGCGGATCGTCTTTTCACTGAACTAACCTAAAACAAAAGCTAAAAGAGATTGAACGCGTATTAAATCGTGTGGGAACGTAGGCCTAAATAATGCGATTTTATAAATGTAATTACGTTTTGGTCAACCTTTTTCGATTATTGGACCCACAGGCTATTCCGATTGATAGCCCATACCTACAATTTGCCACAAATAGCCTACATGTTGTTTTTTCCATTTTACACAACTTCTATCATTAAATGATGTCACGACAAATAAAAATTACCGCCTTTGAAACGGATTCGATTTACAAATCTTTGGGCTTGGTAATTACgccattgattgattgattgaatttaaGTTGTAAAATACATACATAAGCGCGCTCCAGCCAGTGACGCCTCCACATACAATGTAAGAAAATCATCAAGGATAACACAATTAAGCTTATtagcttatttccattgtggtccaaCGGTAATGATGACGAAATCCATTCCCGGTTGTATCAACCTTCATCatcctcacacatacacacatacaatagCGAGGACATCCATTTTCTACCAACgctgtcagggggctagggtgcACATGGCTAATCATACAACACAGCCGCAGCGTCAGTCACAGGCGTCCACAGATGTTGCTAAGAGAGCATCTCAGTGAGCTAGCAGAAGGATTGGAGCGGAACATTGGTGATGTTTTCTCACCAAGTTGATTTTGGATTCTATTTTTATTCCTATATTTGGTGGTTGCAATGTCGCCAACTCTAAGGCTGATTTTCATGTATGTACTGTTCCTCTGCTGTTTGTCTCCCTGCGCGGCAGACCTATGCAACTGGAGTGGAAGTGGTTTGGCGCGTGAGGCTGAGGCTAACTCGCGAACTGTGCAGCAGGTGCGGCTGCGTTGCACAGAGGGTTCGGTGGAGTGGGTCTACCCGGGCCAGGCGCTTCGGGTCGTCCTGGAACCCAACCTGTCCTCTGCGCGACACACAACGGTCTGCATCAAACCGTTCCGCAGCTTCAACGGTGCCAGCGTCTACATCGAGCGGGCTGGGGAACTTGACCTGTTGATGACGGATGGAGGGCGGCCGGAGCAGGTGTTCTGTTTCCCGGCGGACGGACCTCAGAAGCCAGCCATCTTCCTCCTGGCGAACCCGCAGAGGGATATCAGCCAACGCGCAGTAGGCTTCAGATATGAGTTGCTGGGCAATCGGACCACTGCGAACAACCTCGGCCAAAGTGTGTTGCAGGcTAGCTGCCGTCCCTGCAATGACACAGAGCTCCTCCTGGCCATCTGCAGCAGTGACTTTGTGGTTCGCGGCTCCATCAGGAACGTATCCCACAATGCTGAGCGGCAGACATCGTTGGTGGAGGTCTCAGAGGCGAGGGTGTACCGGCAGCGTAGCGGGGTGTTCGAGCGCCACACTGGCACCATAGGGGTTCCCGGTTCCAGTTCCTCATGGCACGGTCACATCCACACACTGTTACAGTGTCACGTAAAGCCTGGGGGAGGAGAGTTCCTATTCACAGGGACAGAACACTTTGGGGAGG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Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU2694589 lncRNA downstream 3585 589274 ~ 589871 (-) True G2350705
TU2694575 lncRNA downstream 23171 569677 ~ 570285 (-) True G2350691
TU2694568 lncRNA downstream 35483 555658 ~ 557973 (-) True G2350686
TU2694561 lncRNA downstream 52691 540161 ~ 540765 (-) True G2350679
TU2694547 lncRNA downstream 72625 515768 ~ 520831 (-) False LOC118947907
TU2694592 lncRNA upstream 7106 611303 ~ 611694 (-) True G2350708
XM_036972991.1 mRNA downstream 24886 523322 ~ 568570 (-) True LOC110486820
XM_036972992.1 mRNA downstream 70594 513606 ~ 522862 (-) False LOC118947907
XM_036972966.1 mRNA downstream 174936 400904 ~ 418520 (-) True LOC110486835
XM_036972965.1 mRNA downstream 175554 400904 ~ 417902 (-) False LOC110486835
XM_036972967.1 mRNA downstream 192626 389054 ~ 400830 (-) False LOC118947904
XM_036972982.1 mRNA upstream 256 604453 ~ 607145 (-) True LOC110519423
LOC118947905 mRNA upstream 9998 614195 ~ 623434 (-) True LOC118947905
TU2694541 other downstream 58075 534239 ~ 535381 (-) True G2350665
TU2694554 other downstream 82847 509912 ~ 510609 (-) True G2350673
TU2694492 other downstream 163895 428251 ~ 429561 (-) True G2350619
TU2694447 other downstream 262119 330712 ~ 331337 (-) True G2350578
TU2694445 other downstream 263792 327477 ~ 329664 (-) True G2350576

Expression Profile