RNA id: TCONS_00062339


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00062339
length 451
lncRNA type antisense
GC content 0.45
exon number 2
gene id XLOC_031826
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007117.7
NCBI id CM002890.2
chromosome length 60270059
location 7429311 ~ 7435700 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

GCTTTGTTGTAGAGGTAGAGTCCCACTAAACCCAGTAAAGTGGGAACCAGCGCCAGGCACAGAAGAGGCAAGATGTCATTGATGAGCTTCTGCCATGGCGTCTGCTGGGACAGAGAGATCACCTCCACCTCGAACTCCAGCGTACTGTCACCTGTGAGGAgagacagacaaaagaaactcagAAGTGCATTGAAAGAATCACCACTCTAAcctggaaagaaagaaaaaaagGTTCCACAGCCTCATACCTGTGATGACAGACCTCTTGCCCAATTCTACAACCAAAGGCTCGCGAGACAGAGACGTGTCTATCACCTTCCCGTCCATTAATCGACCCTGCACAAAACAGCAAATTGATTTTACAGGTAATATGCATTCATTATGTGTGGATGCAACAAGCTTTGTAAATACCTGCAGACATAAGTAAAATAAGCCATCTAATAAAAAGTGT

Function

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000162345

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00064806 lncRNA upstream 220682 7207593 ~ 7208629 (+) True XLOC_031820
TCONS_00062325 lncRNA upstream 528628 6894228 ~ 6900683 (+) True XLOC_031816
TCONS_00062317 lncRNA upstream 620971 6802528 ~ 6808340 (+) False XLOC_031814
TCONS_00062315 lncRNA upstream 629053 6799291 ~ 6800258 (+) True XLOC_031813
TCONS_00062313 lncRNA upstream 636135 6789659 ~ 6793176 (+) True XLOC_031812
TCONS_00062351 lncRNA downstream 215027 7650727 ~ 7652412 (+) True XLOC_031831
TCONS_00062354 lncRNA downstream 654723 8090423 ~ 8093799 (+) False XLOC_031833
TCONS_00064807 lncRNA downstream 829064 8264764 ~ 8271403 (+) True XLOC_031837
TCONS_00062364 lncRNA downstream 903571 8339271 ~ 8346941 (+) True XLOC_031839
TCONS_00064808 lncRNA downstream 1014611 8450311 ~ 8453642 (+) True XLOC_031840
TCONS_00062338 mRNA upstream 1799 7421898 ~ 7427512 (+) True XLOC_031825
TCONS_00062337 mRNA upstream 13968 7414215 ~ 7415343 (+) True XLOC_031824
TCONS_00062336 mRNA upstream 38853 7322587 ~ 7390458 (+) True XLOC_031823
TCONS_00062332 mRNA upstream 149012 7249531 ~ 7280299 (+) False XLOC_031822
TCONS_00062331 mRNA upstream 149012 7249531 ~ 7280299 (+) False XLOC_031822
TCONS_00062340 mRNA downstream 9199 7444899 ~ 7452559 (+) True XLOC_031827
TCONS_00062342 mRNA downstream 30523 7466223 ~ 7531427 (+) False XLOC_031829
TCONS_00062344 mRNA downstream 54454 7490154 ~ 7529487 (+) False XLOC_031829
TCONS_00062346 mRNA downstream 71690 7507390 ~ 7511762 (+) True XLOC_031829
TCONS_00062347 mRNA downstream 97901 7533601 ~ 7551140 (+) True XLOC_031830
TCONS_00062324 other upstream 549262 6879927 ~ 6880049 (+) True XLOC_031817
TCONS_00062321 other upstream 596690 6832046 ~ 6832621 (+) True XLOC_031815
TCONS_00062305 other upstream 1155834 6271867 ~ 6273477 (+) True XLOC_031808
TCONS_00062300 other upstream 1213401 6215794 ~ 6215910 (+) True XLOC_031807
TCONS_00062297 other upstream 1745016 5684181 ~ 5684295 (+) True XLOC_031803
TCONS_00062341 other downstream 17655 7453355 ~ 7453831 (+) True XLOC_031828
TCONS_00062343 other downstream 30573 7466273 ~ 7472497 (+) False XLOC_031829
TCONS_00062345 other downstream 64428 7500128 ~ 7505016 (+) False XLOC_031829
TCONS_00062355 other downstream 654877 8090577 ~ 8093799 (+) True XLOC_031833
TCONS_00062362 other downstream 878823 8314523 ~ 8321969 (+) False XLOC_031838

Expression Profile

//