RNA id: TCONS_00006262


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00006262
length 134
RNA type rRNA
GC content 0.46
exon number 1
gene id XLOC_003178
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007122.7
NCBI id CM002895.2
chromosome length 45484837
location 5531443 ~ 5531576 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

ATTAGCAAGCATTGTATTGTGAGTTTGATTGGGTTAGTATATGTGAGAATGATGGTCacacactgaagctaagcaaggctgcgctcggtcagtacctggatgggagaccttatgggaaagctagattgctgctg

Function

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000120078

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00008383 lncRNA upstream 41735 5486647 ~ 5489708 (+) True XLOC_003175
TCONS_00008382 lncRNA upstream 53760 5476848 ~ 5477683 (+) False XLOC_003175
TCONS_00006257 lncRNA upstream 1444592 4026279 ~ 4086851 (+) True XLOC_003173
TCONS_00008519 lncRNA upstream 1748318 3771266 ~ 3783125 (+) True XLOC_003170
TCONS_00008518 lncRNA upstream 1795640 3615750 ~ 3735803 (+) True XLOC_003169
TCONS_00008384 lncRNA downstream 70764 5602340 ~ 5602721 (+) True XLOC_003180
TCONS_00006271 lncRNA downstream 311101 5842677 ~ 5848072 (+) True XLOC_003184
TCONS_00006276 lncRNA downstream 356110 5887686 ~ 5889156 (+) True XLOC_003185
TCONS_00008520 lncRNA downstream 423689 5955265 ~ 5966389 (+) False XLOC_003187
TCONS_00008521 lncRNA downstream 423710 5955286 ~ 5966389 (+) False XLOC_003187
TCONS_00006261 mRNA upstream 15521 5499661 ~ 5515922 (+) True XLOC_003177
TCONS_00006259 mRNA upstream 38252 5468629 ~ 5493191 (+) False XLOC_003175
TCONS_00006258 mRNA upstream 68189 4953964 ~ 5463254 (+) True XLOC_003174
TCONS_00006256 mRNA upstream 1398781 4026229 ~ 4132662 (+) False XLOC_003173
TCONS_00006255 mRNA upstream 1537705 3989403 ~ 3993738 (+) True XLOC_003172
TCONS_00006263 mRNA downstream 33506 5565082 ~ 5583827 (+) False XLOC_003179
TCONS_00006264 mRNA downstream 33506 5565082 ~ 5588152 (+) False XLOC_003179
TCONS_00006265 mRNA downstream 56546 5588122 ~ 5659681 (+) True XLOC_003179
TCONS_00006266 mRNA downstream 134749 5666325 ~ 5674923 (+) True XLOC_003181
TCONS_00006267 mRNA downstream 150186 5681762 ~ 5810958 (+) True XLOC_003182
TCONS_00006260 other upstream 49559 5481753 ~ 5481884 (+) True XLOC_003176
TCONS_00006254 other upstream 1563134 3965727 ~ 3968309 (+) True XLOC_003171
TCONS_00006246 other upstream 2017335 3499190 ~ 3514108 (+) False XLOC_003165
TCONS_00006233 other upstream 2354673 3176686 ~ 3176770 (+) True XLOC_003159
TCONS_00006226 other upstream 2783646 2745064 ~ 2747797 (+) True XLOC_003154
TCONS_00006273 other downstream 348999 5880575 ~ 5923741 (+) False XLOC_003185
TCONS_00006283 other downstream 502666 6034242 ~ 6037553 (+) True XLOC_003188
TCONS_00006299 other downstream 604745 6136321 ~ 6144643 (+) True XLOC_003192
TCONS_00006305 other downstream 677594 6209170 ~ 6223299 (+) False XLOC_003195
TCONS_00006306 other downstream 678335 6209911 ~ 6223299 (+) False XLOC_003195