RNA id: TCONS_00064886


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00064886
length 257
lncRNA type inter_gene
GC content 0.32
exon number 2
gene id XLOC_032160
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007117.7
NCBI id CM002890.2
chromosome length 60270059
location 36414723 ~ 36415086 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

ATCTCTCATCTATTTTTGTTTCATTATACCTAAATATGGTTTGTACGGAAGAACTTCAGTGCTCCAGTCAACATCACAGGTATGATGGAACTCacttatgttttgtttattattaactggttgttaaaaaatgcaatcctttttgttttatttgtttcccCCTCAAAAAGGCATCATGTAAATTATTCATTGTTCAAATGagcattcagaaaaacaaaataaagATATGAACTGATGCCATCTGCTGTAGTGAAAAG

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00062837 lncRNA upstream 129612 36281273 ~ 36285111 (+) False XLOC_032158
TCONS_00062844 lncRNA upstream 129621 36282487 ~ 36285102 (+) True XLOC_032158
TCONS_00062843 lncRNA upstream 129793 36282472 ~ 36284930 (+) False XLOC_032158
TCONS_00062836 lncRNA upstream 129853 36281273 ~ 36284870 (+) False XLOC_032158
TCONS_00062841 lncRNA upstream 130017 36281727 ~ 36284706 (+) False XLOC_032158
TCONS_00064887 lncRNA downstream 57499 36472585 ~ 36540735 (+) False XLOC_032162
TCONS_00064888 lncRNA downstream 57535 36472621 ~ 36476697 (+) False XLOC_032162
TCONS_00064889 lncRNA downstream 57535 36472621 ~ 36618498 (+) False XLOC_032162
TCONS_00064890 lncRNA downstream 57543 36472629 ~ 36573471 (+) False XLOC_032162
TCONS_00064891 lncRNA downstream 57574 36472660 ~ 36580278 (+) False XLOC_032162
TCONS_00062845 mRNA upstream 23036 36381709 ~ 36391687 (+) True XLOC_032159
TCONS_00062829 mRNA upstream 1047779 35362225 ~ 35366944 (+) False XLOC_032153
TCONS_00062828 mRNA upstream 1047779 35362225 ~ 35366944 (+) True XLOC_032153
TCONS_00062827 mRNA upstream 1353256 35052840 ~ 35061467 (+) True XLOC_032152
TCONS_00062826 mRNA upstream 1353786 35052721 ~ 35060937 (+) False XLOC_032152
TCONS_00062846 mRNA downstream 44811 36459897 ~ 36463695 (+) False XLOC_032161
TCONS_00062847 mRNA downstream 44876 36459962 ~ 36462231 (+) True XLOC_032161
TCONS_00062851 mRNA downstream 380139 36795225 ~ 36818959 (+) False XLOC_032165
TCONS_00062854 mRNA downstream 406535 36821621 ~ 36837536 (+) True XLOC_032166
TCONS_00062855 mRNA downstream 424423 36839509 ~ 36844020 (+) False XLOC_032167
TCONS_00062831 other upstream 619104 35794799 ~ 35795619 (+) True XLOC_032155
TCONS_00062813 other upstream 2472881 33937379 ~ 33941842 (+) True XLOC_032140
TCONS_00062812 other upstream 2480696 33931748 ~ 33934027 (+) False XLOC_032140
TCONS_00062802 other upstream 2864221 33540846 ~ 33550502 (+) True XLOC_032136
TCONS_00062791 other upstream 3998869 32410848 ~ 32415854 (+) False XLOC_032128
TCONS_00062848 other downstream 50261 36465347 ~ 36472948 (+) False XLOC_032162
TCONS_00062849 other downstream 57635 36472721 ~ 36542102 (+) True XLOC_032162
TCONS_00062850 other downstream 96726 36511812 ~ 36511930 (+) True XLOC_032163
TCONS_00062861 other downstream 575484 36990570 ~ 36990684 (+) True XLOC_032171
TCONS_00062862 other downstream 778822 37193908 ~ 37216188 (+) True XLOC_032172