RNA id: TCONS_00062888


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00062888
length 333
lncRNA type lincRNA
GC content 0.44
exon number 3
gene id XLOC_032188
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007117.7
NCBI id CM002890.2
chromosome length 60270059
location 38518219 ~ 38590172 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

ATTGATTTCTACACCGATTACTTCATCTCTCTTCACAAACAACGGAGTGCAAACGCGATGTACTgAAAAGCATATCAGCTCAGCACTCATGTTCAGCCTTCATGTTATCACTTTACCAATAAACAGGAACAGCGGCCGACATCTAACAGCAGGAAGCTGAACAACAAGGAGTTGAGATGAGAGGAAGAGCTGCCTTCTTTTTGTGTACATTTAAGATGTGGCTGATACGTTCTCTCCGTTCTGGATGCGGATCGTTTAATGTCTGGGTTGTTCCTTCCATCGGTTCTGCTTTAATGGACTCTGAAATTCCATCAGTAAAGCTGTCCTTCCCCA

Function

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000194086

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00064905 lncRNA upstream 157776 38358681 ~ 38360443 (+) True XLOC_032185
TCONS_00062878 lncRNA upstream 792294 37725309 ~ 37725925 (+) True XLOC_032181
TCONS_00064904 lncRNA upstream 1042118 37470116 ~ 37476101 (+) False XLOC_032178
TCONS_00062868 lncRNA upstream 1042118 37474977 ~ 37476101 (+) True XLOC_032178
TCONS_00064903 lncRNA upstream 1202310 37314337 ~ 37315909 (+) True XLOC_032175
TCONS_00062900 lncRNA downstream 290270 38880442 ~ 38885538 (+) True XLOC_032192
TCONS_00064906 lncRNA downstream 363309 38953481 ~ 38955126 (+) True XLOC_032194
TCONS_00062917 lncRNA downstream 780163 39370335 ~ 39378734 (+) False XLOC_032204
TCONS_00064909 lncRNA downstream 942306 39532478 ~ 39538006 (+) False XLOC_032208
TCONS_00064908 lncRNA downstream 942306 39532478 ~ 39538006 (+) False XLOC_032208
TCONS_00062887 mRNA upstream 4641 38427570 ~ 38513578 (+) True XLOC_032187
TCONS_00062885 mRNA upstream 4694 38381957 ~ 38513525 (+) False XLOC_032187
TCONS_00062886 mRNA upstream 41258 38427357 ~ 38476961 (+) False XLOC_032187
TCONS_00062881 mRNA upstream 463368 37894220 ~ 38054851 (+) False XLOC_032183
TCONS_00062882 mRNA upstream 463368 37894914 ~ 38054851 (+) True XLOC_032183
TCONS_00062889 mRNA downstream 36512 38626684 ~ 38726402 (+) False XLOC_032189
TCONS_00062890 mRNA downstream 36754 38626926 ~ 38730530 (+) True XLOC_032189
TCONS_00062891 mRNA downstream 183204 38773376 ~ 38790064 (+) False XLOC_032190
TCONS_00062892 mRNA downstream 183245 38773417 ~ 38790055 (+) False XLOC_032190
TCONS_00062895 mRNA downstream 255525 38845697 ~ 38861349 (+) False XLOC_032191
TCONS_00062884 other upstream 141008 38377091 ~ 38377211 (+) True XLOC_032186
TCONS_00062883 other upstream 430608 38087495 ~ 38087611 (+) True XLOC_032184
TCONS_00062877 other upstream 801109 37715272 ~ 37717110 (+) False XLOC_032181
TCONS_00062866 other upstream 1183256 37334559 ~ 37334963 (+) True XLOC_032176
TCONS_00062862 other upstream 1302031 37193908 ~ 37216188 (+) True XLOC_032172
TCONS_00062893 other downstream 183246 38773418 ~ 38782158 (+) True XLOC_032190
TCONS_00062894 other downstream 255504 38845676 ~ 38858302 (+) False XLOC_032191
TCONS_00062919 other downstream 780448 39370620 ~ 39371875 (+) True XLOC_032204
TCONS_00062936 other downstream 1453443 40043615 ~ 40049445 (+) True XLOC_032217
TCONS_00062945 other downstream 1955693 40545865 ~ 40546975 (+) False XLOC_032225

Expression Profile

//