RNA id: TCONS_00008525


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00008525
length 9948
lncRNA type antisense_over
GC content 0.41
exon number 2
gene id XLOC_003187
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007122.7
NCBI id CM002895.2
chromosome length 45484837
location 5955265 ~ 5966389 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

cttTGATACGTCAACGTaagacattgatatttagttgattttaggttgaaaagtgaccaaatcTAACATCGAGGCAACATTtttaacatcttaaaccaatgtcatattgacgttatGGAAAccgaaatccaacgtctgatacaTGTCCTATTGGTCACGTCCACACactgtcaagctgtaacatcatcagacgttgatatttggttgattttaggttgcataAAAAATGGCCAAATCCAACATCCtacgtcatgttgacatcaaatacagacatttattCGACAAGTATATGGCAACGAAATCCAACGTCAGATAGAtgttatagtggtaacgtccacacaacgtcaactgtaacatcattagacgttggtatttagttgattttaggttgtgttggaaagtgaccaaaatccaacatctagccaacatcttaaaccaacatcatatcgACGTCAAATACTCACATTATTTCGTCAGGTGTGGCAACCAAAAgctaacatctgatagatgtcatagtggtaacgtccacacactgtcaagctgtaacatcatcagacgttgatatttggttgattttaggtcgcATTAAAAGTAGCcaaatccaacatcttaaaccaacgtcatgttgacatcaaatacagacatttattCGACAAGTATATGGCAAAATataccaaaatccaacatctcatagatgttatagtggtaacgtccacacaacgtcaactgtaacatcattagacgttgatattgtgttggaaagtgaccgaaatccaacatcctaaaccaacgtcatatcaacgtcaaatactgacattatttcgtcaggtatggcaaccaaaagccaacgtctgatagatgtcatagtggtaacgtccacacactgtcaagctgtaacatcatcagatgttgatatttggttgattttaggttgcattAAAAAGTGGCcaaatccaacatcttaaaccaacgtcatgttgacatcaaaAACAGACATTTATTCGACAAGTATATGGCAAAATataccaaaatccaacatctgatagatgttatAGTGGTAACGTCATCACAACATCAACTGtcacatcattagacgttgatattgtgttggaaagtgaccgaaatccaacatcctaaaccaacgtcatatcaacgtcaaatactgacattattTTGTCAGGTATGGTAACTAAAagccaacgtctgatagacgtcatagtggtaacgtccacacagtcaagctgtaacatcatcagacgttgatatttggttgattttaggtcgcATTAAAAGTGGCcaaatccaacatcttaaaccaacgtcatattgacatcaaaaacagacatttattcatcaggtatggcaaccaaaatccaacatctgatagctGTCAtggtggtaatgtccacacaacttcaagctgtaacatcattagatggtgatatttggttgattttaggttgtgttggaaagtgaccaaaatccaacgtcgagccaacatcttaaaccaacatcatattgacatcaaatacagaCATTAATTCGTCAAgtatcaaaatccaacgtctgatagacgtcatattggttggaaagtaaccaaaacgCAACATCTGTCCGACATCGGAATTATGTcaacctgatgttgggttctgatgtcaacccgattttcatttccaaacaaaatgcaaagtcccacgacattggggtacaacgtcaatttgatgtcatgttgacatcctgagCCTGCTGGGTGAATCAAATGAAGTTCATAACAAATAAAACGCACAGGCAAATCGTAGTTGACAGACAGCTGGTTTCCAGATGTGATTGCAGCTGTTACTGAAGGGACAGCTAAGTTCTTgacatcttaattttttttgcgACCCTGGACTACACAAGTGTCAATTCCTAAGCTTTACGTgaataagctttccattggtgTATGCTTTGTTAGGATTGGATAATATTTGACTGAGATACTACTACTtgaaggtggcacagtgggtagcacgatcgcctcacagcaagaaggttgctggttcgaacaccccagctgggtcagtttgtgtttctgtgtgaaattgttctccccgtgtttgcgtgggtttcctccgggtgctccggtttcccccacagtccaaggacatgcagtataggtcaaatgaataagctaaaatgtccgtagtgtttgtgcgTGAATGCagaagtgtttggatgtttcccagtgatgggttgtggctggaagggcattcgctgtgtaaaacacatgctggataagttggtggctaaTTCCACTGTttcgacccctgattaataaagggactaagccgaaaaaaaaaaaaaaataatgaacaacTACTTGAAAATGTGAAATCTAAGTGTTAAAAAACGAAATATCGATAAAATCACTGACATAGCACGtctgcatattacattttgatatatttatgtatgttggGGATTTAAAAGAACAAACTATTCCCAAAAAAAAGCAAatgattttgtggtccagggtcacaaaaaacaagcaaacaaacgaAATGCAAATGAAAACGAGTGCAAATGTAACACATCCATTAATTTCATTCAAATTTTATGTTCAAGTCACTTTATGAACAAAGGCAATGCATATTAGATATAATGCGATTAATATTGAGTGGAGAAAAGACGAATACTGCTGTcaggttacactgtaaaaatgcagggttccacacaaacctattaagttaacataaaaaaatctaagtgaattgaacataaaacaattaagttgtcccaaaaaaaagtcaagaattgtgtcgtttcagcttattttaaatatgtagtttgaaaaagcagcaaaCATAATCTTTTGAGAGCAGGAACAATGTGTAATTGTGTAACAATGGATGAACTTGTCAATGCAATCAAATAATGGAAAAACATCTGATAACCGTAATGAAGGGCCTCGTAAACAAGTACCAACTGAATGTAGAACACGGGTTCAAACCGCTATTCAGGTCGAAATATTATTGCAACAACCTGCTGTCAACAAAATAAGGAATAAATGCATAGTTTGTATCTTGTgtatgaaaataaaaagtaataaaaacgtaatattttattacttgagGCACCTCTCGTTTCTTCCTGACCTCACGCTGGAAcataaacagctcattctcttcACACAGATTCAGCTGCTGCACTGAAACCCTTCACTCTGCGGCTCGTGTGATAGCAACATCCCTTTCCAGATAACAACCTGCCTTCGTTGCTGCAGGAAAACCAGTCATTCTTTCAAAAGCGCACATTCAGACTGTCTTTAAAGATGGAGACAGTTTGATTGTGAACGTTTATGTTTTCCTTCACATTTCCAAAGCAAAAGTGCTTAGCAGCTTTACGGTAAAATATGACTTGACACTGAAATAATGTGCAAAGTGGAGGCATGTATTAGTTTTACCTCAGTAAAAAAAGACGATTCTATAAATAGCTAggcatgaataaattaattaaagttgGCAACAAATGCTGAACATTAAAAAAGCGAAGAGAGTAGCTAAAATGATATACACTTACAACTATTATGTGCACAACTGGGACAGTAATGAGGCTTAGCTCTGTAAAGAATTAGCACAGACATTAGTCATACAACCCTACTCAAAATGTGGAAACTTGTTattacacatttacacattttagaaTAACTGTAAAGCGGACTATGCAATTATACAAATTTGGGTACGAGCTCTTTCaaattcatgtttaaaaaaaagaagattttgcCATTTTGCAAATATAAGGTTCTCTCTGCTTGCTGAGTGGTTTTGAGATACTGAGCTTTAAAGTCGACGTGGAATCAAAGGTAAGATTGTCCTTTTTTCAATTATTGTAACACACTTCCAACTGAAATTTTCTGAAATGTGCATGAATTCGCTCTTTGGTTACCGATTGGATCGTTGGAAGATGGGCATTTCTAACAAAATGGAGGaagatttaaatgtaattttgtacCCAGTTGTGAAAGATTACTGTCTACCATCTGCATCCTGTGATGTAGAATGTTTTCAGATGCCTGATGATCAAGAGAACGAGGAGCTAAAGTTTACAGATGGAATTGAATCATAATTGTATTAACCACTGCTTCCCACGCAGAAATAAGACATGAACTGATAGCTCAGCCCTAAAGAGCTAAAAGCCCCGCTCTAAAGCACTGttagccctgccctaaagtactgatagccctgccctaattgACTGATAGTTCTGCCCtagaggactgatagccccgcccttaatgactgatagttcTGCCCTAGAGGATTGATATCCCCGCCCTAAAGAGCTAAAAGCCCCAGCCTAAAGCACTGttagccctgccctaaagtacagatagccccgccctaaatgactgatagctctgccctagaGGATTAAAAACcctgccctaaagtactgatagccccaccctaaaaaaactgatagctctgccctaaggtactgatagccccgccctaaatgactgaaagcacTGCCCTAAggtactgatagccccgccctaagtGACTGAAAGCACTGCCCtagaggactgatagccccgccctaaaaaaTTGATAGCTTTGCTCTagagcactgatagccccgccctaaaaaaACAGATAGTTCTGCCCTAAAGTACTAATAGCCCGGCCCTAAaaaactgatagctctgccctagagcactgatagccccgcccctaaaatactgatagccccgccctaaaaaactgatagctctgccctaaagtactgatagccccgccctaaatgactgaaagcacTGCCCTAGAGatctgatagacccgccctaaaaaACTGATAGCTCTGCCATAGAGCACTGATAGCCTTGCCCTAAATTTACTGATACCCCTGCCCTAAAAAACAGATAGCTCTgtcctaaagtactgatagccccatCCTAAAAAACTGATTGCTCTGCCCTAAagtactaatagccccgccctaaaaaaAAACCCTGATGG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Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
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TCONS_00006271 lncRNA upstream 107991 5842677 ~ 5848072 (+) True XLOC_003184
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TCONS_00008382 lncRNA upstream 478380 5476848 ~ 5477683 (+) False XLOC_003175
TCONS_00006284 lncRNA downstream 103486 6069875 ~ 6074783 (+) False XLOC_003189
TCONS_00008528 lncRNA downstream 103494 6069883 ~ 6074783 (+) False XLOC_003189
TCONS_00006285 lncRNA downstream 103502 6069891 ~ 6072934 (+) False XLOC_003189
TCONS_00006286 lncRNA downstream 103771 6070160 ~ 6073081 (+) False XLOC_003189
TCONS_00008529 lncRNA downstream 104070 6070459 ~ 6074783 (+) False XLOC_003189
TCONS_00006277 mRNA upstream 24441 5926850 ~ 5931622 (+) True XLOC_003186
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TCONS_00006274 mRNA upstream 33016 5880582 ~ 5923047 (+) False XLOC_003185
TCONS_00006270 mRNA upstream 103468 5842663 ~ 5852595 (+) False XLOC_003184
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TCONS_00006281 mRNA downstream 43802 6010191 ~ 6022597 (+) False XLOC_003188
TCONS_00006282 mRNA downstream 43902 6010291 ~ 6037489 (+) False XLOC_003188
TCONS_00006273 other upstream 32322 5880575 ~ 5923741 (+) False XLOC_003185
TCONS_00006262 other upstream 424487 5531443 ~ 5531576 (+) True XLOC_003178
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TCONS_00006254 other upstream 1987754 3965727 ~ 3968309 (+) True XLOC_003171
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TCONS_00006310 other downstream 361589 6327978 ~ 6328093 (+) True XLOC_003199

Expression Profile

//