RNA id: TCONS_00063042


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00063042
length 241
RNA type processed_transcript
GC content 0.41
exon number 3
gene id XLOC_032286
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007117.7
NCBI id CM002890.2
chromosome length 60270059
location 43498980 ~ 43546988 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

GTGACGGTTATTGCGTTTGACAACACAAGTCAAGATGCATATTAGATGCTGCTGCTTCTTCAAGATGTCGCACTTTTCCCCCTCACACAAGTGTTGCTTCAACTTCAGAATAAGTGGCCTGCTAACTGAAAATATATGAAGCCTTGATCCAGTGGACTTTACCAAATGCCTTGCCAAAAACCAAGTGAAGTGGTAAGTGCTGTATTTAATCTCTATGTCATGAGGAAAACATCCAATCCAT

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000154956

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00064937 lncRNA upstream 151498 43341943 ~ 43347573 (+) False XLOC_032282
TCONS_00063036 lncRNA upstream 151498 43342179 ~ 43347573 (+) True XLOC_032282
TCONS_00064933 lncRNA upstream 747312 42692622 ~ 42751759 (+) False XLOC_032277
TCONS_00064934 lncRNA upstream 747312 42693025 ~ 42751759 (+) False XLOC_032277
TCONS_00063028 lncRNA upstream 754982 42693025 ~ 42744089 (+) False XLOC_032277
TCONS_00064941 lncRNA downstream 95317 43597596 ~ 43601872 (+) False XLOC_032287
TCONS_00064942 lncRNA downstream 97607 43599886 ~ 43601872 (+) True XLOC_032287
TCONS_00064943 lncRNA downstream 898363 44400642 ~ 44582954 (+) False XLOC_032292
TCONS_00064944 lncRNA downstream 898363 44400642 ~ 44593150 (+) False XLOC_032292
TCONS_00064945 lncRNA downstream 898363 44400642 ~ 44720504 (+) False XLOC_032292
TCONS_00063041 mRNA upstream 24314 43450221 ~ 43474757 (+) True XLOC_032285
TCONS_00063039 mRNA upstream 65794 43400059 ~ 43433277 (+) False XLOC_032284
TCONS_00063040 mRNA upstream 65794 43426599 ~ 43433277 (+) True XLOC_032284
TCONS_00063038 mRNA upstream 71334 43390387 ~ 43427737 (+) False XLOC_032284
TCONS_00063037 mRNA upstream 137845 43353271 ~ 43361226 (+) True XLOC_032283
TCONS_00063043 mRNA downstream 400930 43903209 ~ 43907321 (+) True XLOC_032288
TCONS_00063045 mRNA downstream 661448 44163727 ~ 44193740 (+) True XLOC_032290
TCONS_00063046 mRNA downstream 694820 44197099 ~ 44209390 (+) False XLOC_032291
TCONS_00063047 mRNA downstream 695069 44197348 ~ 44207671 (+) True XLOC_032291
TCONS_00063051 mRNA downstream 1310165 44812444 ~ 44977428 (+) False XLOC_032294
TCONS_00063027 other upstream 818461 42674613 ~ 42680610 (+) True XLOC_032276
TCONS_00063023 other upstream 845646 42646411 ~ 42653425 (+) True XLOC_032274
TCONS_00063022 other upstream 856038 42635960 ~ 42643033 (+) True XLOC_032273
TCONS_00063021 other upstream 876419 42618902 ~ 42622652 (+) True XLOC_032272
TCONS_00063014 other upstream 1336297 42162650 ~ 42162774 (+) True XLOC_032266
TCONS_00063044 other downstream 630689 44132968 ~ 44133082 (+) True XLOC_032289
TCONS_00063059 other downstream 1853130 45355409 ~ 45355525 (+) True XLOC_032298
TCONS_00063061 other downstream 2103001 45605280 ~ 45605396 (+) True XLOC_032300
TCONS_00063065 other downstream 2429962 45932241 ~ 45933222 (+) False XLOC_032302
TCONS_00063069 other downstream 2523567 46025846 ~ 46025963 (+) True XLOC_032304

Expression Profile

//