RNA id: TCONS_00063756


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00063756
length 338
lncRNA type antisense
GC content 0.48
exon number 2
gene id XLOC_032770
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007117.7
NCBI id CM002890.2
chromosome length 60270059
location 18289836 ~ 18322664 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

TGTATTTCTGTGCTCACTGGCTGTTTGGACATTCACCATGGAGGTGTTCTGCCAGTATGCTGTTCATCCTGTGGAGTGTGCTGTGGTGCTGAGGGTATTCTTGAGCCAAACGCTGGAGGCTCCAATGCTGTGACTCCAGTTGCCATTGGTGTGTACCGTCCCTCCTTAACAGCATGCAGGTGTTTGGCCCGAGTCTGCAGCACGGGCAGACGATACAAATTCTGCAGAAGTGACCACAGAATCATGGGTGACAGACTTAAACATCAGATAGTTACAAAACATTAGTTAAACATAAGATTGTTTAGGACCTACATCTTAATTCCAAAAGGACCCTGCCC

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000169042

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00065128 lncRNA downstream 221238 18066594 ~ 18069564 (-) True XLOC_032764
TCONS_00065127 lncRNA downstream 221281 18066594 ~ 18069521 (-) False XLOC_032764
TCONS_00065126 lncRNA downstream 221508 18066594 ~ 18069294 (-) False XLOC_032764
TCONS_00063748 lncRNA downstream 291051 17980040 ~ 17999751 (-) False XLOC_032763
TCONS_00063760 lncRNA upstream 97123 18389169 ~ 18390170 (-) False XLOC_032772
TCONS_00063766 lncRNA upstream 237340 18529386 ~ 18530929 (-) False XLOC_032775
TCONS_00063769 lncRNA upstream 238321 18530367 ~ 18531250 (-) True XLOC_032775
TCONS_00063771 lncRNA upstream 265375 18557421 ~ 18560200 (-) False XLOC_032776
TCONS_00064724 lncRNA upstream 1147054 19439100 ~ 19440159 (-) True XLOC_032793
TCONS_00063754 mRNA downstream 39945 18245072 ~ 18250857 (-) True XLOC_032768
TCONS_00063753 mRNA downstream 41042 18244220 ~ 18249760 (-) False XLOC_032768
TCONS_00063752 mRNA downstream 62444 18203464 ~ 18228358 (-) True XLOC_032767
TCONS_00063751 mRNA downstream 91740 18196961 ~ 18199062 (-) True XLOC_032766
TCONS_00063750 mRNA downstream 162081 18111638 ~ 18128721 (-) True XLOC_032765
TCONS_00063757 mRNA upstream 72002 18364048 ~ 18366287 (-) False XLOC_032771
TCONS_00063758 mRNA upstream 72279 18364325 ~ 18366339 (-) True XLOC_032771
TCONS_00063759 mRNA upstream 96281 18388327 ~ 18400623 (-) False XLOC_032772
TCONS_00063761 mRNA upstream 97342 18389388 ~ 18400548 (-) False XLOC_032772
TCONS_00063762 mRNA upstream 97451 18389497 ~ 18393476 (-) True XLOC_032772
TCONS_00063755 other downstream 23440 18266596 ~ 18267362 (-) True XLOC_032769
TCONS_00063742 other downstream 774930 17515775 ~ 17515872 (-) True XLOC_032759
TCONS_00063741 other downstream 831404 17459301 ~ 17459398 (-) True XLOC_032758
TCONS_00063740 other downstream 905673 17385032 ~ 17385129 (-) True XLOC_032757
TCONS_00063739 other downstream 935637 17355068 ~ 17355165 (-) True XLOC_032756
TCONS_00063763 other upstream 224265 18516311 ~ 18516407 (-) True XLOC_032773
TCONS_00063764 other upstream 225924 18517970 ~ 18518067 (-) True XLOC_032774
TCONS_00063772 other upstream 265783 18557829 ~ 18560135 (-) True XLOC_032776
TCONS_00063790 other upstream 845795 19137841 ~ 19138634 (-) True XLOC_032783
TCONS_00063791 other upstream 854378 19146424 ~ 19147218 (-) True XLOC_032784