RNA id: TCONS_00065134


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00065134
length 5188
lncRNA type inter_gene
GC content 0.35
exon number 1
gene id XLOC_032805
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007117.7
NCBI id CM002890.2
chromosome length 60270059
location 20327809 ~ 20332996 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

acgtccagaagcagactgaccttccctaggagcttgtcaacaggtaagagattcagacacattcagagatagcctggcgagcgagcagaagtgtgttgttgtgtgtttctgaagacggtgttgtgtgtaacagagtgccgtcagctgattcgctggtgtctcagtgcagcaccggctgatcggcccagtttagatgacattgagagccatccctggttgcactgcacaggtggccagtgacattacacttatttgaatccagcagtcatggcttgggttgcattgtcaggttcagtgtagataaacgctgtcaatgatttgtagaaggagagcaggaggggcagaggaactgaggagaacagatcctgatcctgagcttcctctgctgcatctgtgagcctctgtgtgaagctgtacgagctgaagacacacacacacacacacacgcacacctgcacacacaccagCTCGGAGTGCAAACTGgtataaagtgtttttaaaatgagactatgcaatgaaaaaaatatataatataaattagtaaaacaagcctagagtaatctaaatgtttttcataatgaaaaatggttgtttatattctgtccttttttttaaagaaaattaacaataaaattgatTTTATACCCAATAACCAAGAACTGAGTCTTTActgttttcaaataaatgtaaatcttgAACTTTTTTCACCTCcagtaaacaaaatgtttaaagtctgcatgaaccggaagttgcgactttttttttttatattgtgacacagttcctagagaaactgaatattaaatgacacaacggtgggcgtggcttgttttttgtactgcgagctgattggatgtagtaaagtaggcatttcattccgAAAGATTGGGAAAAGTGTTTGGGCAAAGTTATTaaaacctaacagacacctcctgctcaccatttctgcttagtgtcaaaactgacagttggagcagcgtggttaaatatgttagtcaTGCCCAATTCCTAAGATATACGTAATCTGGcaatttaacagaaaaacaaacaggaagtgcatttttgtatttcaatTAAGATTATAAGGGTAAGGATTATAAGAATTATTTCTGCTATAAATATGGCAATAACAGATCAGTTGGACATTaacaagcagtttaaaaaattcTATGAAAAGTTATATACATCCGAGACAAATAATAAAGCGAATATATCCCATTTTTTTGATACAATAGAAATGCCCAATATCAGTGATCAAGACAAGGATAATCTTGAACTACCCATATCTATAAAAGAAATTGAACAAgctatcaaacaaataaaaagcggAAAGGCACCTGGCCCTGATGGATTTATAAttgaattttataaaacattttcacacaaattatcCCCAATATTCAAAAAGGTGTTTATAGAAATAACTGAGCAGAAATCTTTACCACCAACTATGTCACAAGCTATTATCACTGTTATACACAAAAAAGGTAAGGATCCCTTGAAGTGTGACTCATATCGACCTATAAGTTTACTTTCGAATGATTACAAGATATTAGCAAAGATTTTGGCAGCAAGGCTTAATCCAGTCATACAAACACTTATTCATCAAGATCAAACAGGATTCATAGCAGGGCGGCAGCTTTCAAGCAACTTACGGAGACTATTTAATATACTTTACTCACAAAGTTCACATTTGCCAGAGGTGCTATTGTCATTAGATGCTCATAAAGCCTTTGACCGTATTGAGTATGAATATCTattcacagctctgaaaaatttTGGCTTTGGTCCTGGTTTTTGCACTTGGATTAGTATACTAAATTCGCATCCAACTGCTTGTATAAGAACTAACAAGGTAATATCAAACTTTTTTCCTTTATATAGAGGCACCAGACAGGGCTGTCCCCTTTCTCCCCTCCTATTTAATATAGCAATAGAGCCACTAGCTATAGCTTTAAGGAAAGAGTCAGACTTGCTAGGCATTAATAGGAGTGGGAAGACTCAAAAGGTTTCACTGTACGCAGATGATCTCATTATATACATATCCAATCCTGATAGTTCCATACCCAAAACAATAGATCTTATAAATAGCTTCGGGGCAGTTTCAGGATaagaaattaatttcagtaaaagtATATTATTTCCAATTAATAAGATAGCAAAACAGTCAGACCtcagtaaattttcatttaaaattagtaATATATCTTTTAAGTACCTGGGAGTTTCTGTGACCAGTACATATAAACAGCTATTTAGATGTAATTTTGATGCGGTGATGGAAAAAACGAAACAAGATTTAAACCGATGGTCTTTATTGCCTATCTCTCTTGCAGGCAGAATTAATGCGGTTAAGATGTCTACTTTGCCAAggttcttgtttttgtttcaaaatgtcCCAGTATTCATTCGTAAATCCTTCTTTAAGGAGCTGGATAAACAGGTGTCTTCTTTTATATGGAATAAAAGCATTCCATGAATTAGGAAAGCATTTTTAGAAAGGCAGAAAGAAGTTGGGGGACTGGCGTTGCCCAACTTTATGTATTACTATTGGTCATGTAACATTGAAAAAATTGTTTATCTGACAGATCCTGAAAATCAGGAGAATGAACCTGAGTGGGTAGAGATGGAGCAGGCATCCTGTGGGACAGTTTCTCTGTTTTCAATGCTTTGTGCCTCACTACCACTTAATAGAAAATATCTGCCAAACAATCCTATAGTCAATGGTTTATTAAAGATATGGGCTCAGTTTAGGACGCATTTTAAGCAAAAGCAAGCACTTTCTTTATTACCCATTACTTCCAATGCATTATTTCCACCATCCTTAATTGATCATGCTTTTCAGATCTGGTTTAGAAAGGGACTCAGATATGCAAGGGACTTTTTTCAAGGAAGTCATTTTATGTCATTTGAACATATGACTAAAGAATTGGATATtcctaaatcacatttcttcagaTATCTTCAGGTAAGAAGTCTAGTAAAAAGGTATTTTAATACACTTTCAGCTCCTCCCATAAGTAGCTGGATTGAGGAGATCTTTGATCTAAATGCATCTGAGGGTAGTCTGATATCAAAAGTATACAGTCTGATTCACAGAGCAGCTGCACCATCTCTAGATTTTCTAAAGAAACAGTGGGAAGATGACTTAGGAAATATAGTTCCAGAGTCAGTCTGGCAATCAACAATTAAGCAAATTCACTCAACATCTATTTGTGTCAAACACggtttattacaatttaagatAATTCAAAGGCTGCACTTTTCTAAAAGCAAATTGTCCAGAATATTTCCAGAAATTGACCCAACATGCTCTAGGTGCCACAGAGACGAGGCCACCTTAGGTCATATGTTCTGGACATGTCCATCCCTAAGACCATTTTGGACTGTGGTGTTTGAGCCTTTTTCTTATATATGTGAAAAGGAGATACTATTAGATCCAGTAATGGCAATATTTGGTGCGACACCTGAAAATCTTTCACTACCAGCAGGTCAATTAAATGCACTAGCGTTCTCTACTTTGCTGGCCCGAAGACTTAttcttttgcagtggaagtcaACTAAACCACCAACACATACTAAATGGGTAGAAAATGTCATGATGTATCTAAAGCTTGAAAAACTCAAATATAACATCCAGGACTCAAATAATAGATTCTTCAAACTTTGGAGACCCTTCCTGTCATATTTTGAGAACAGATTTAACCCAAATACTAAAATGTaatccccccaaaccccccccccctttcccctaactttatttatttatttattcatttatttatttacttatttatttttatttatgtattttttcataccttttacctttttctttttaattaatattatttcaccttgtatttgttttctttttttatgtacctTGTTCTTGTATATGTTTAAGTTGCTCTgttaaaagtttaataataagATTTTTCAACTAAAtatagcaataaataaatgcagtaggGCTGGATGGTATGATGTATATATCATTATCATGTACTGAAAAAGAGTTTTCTATTCTGTTTATACCTCAATGTAGGTGTAGTTAGCTCACGTCTAGCATGCGTGAGGCTGAGAAAGACTCTCTGGCAGTGTTGTCAATTCCtttatattagggctgctcgatattggaaaaatctgacattgcaattttTTAGTTTTGCTCTAATATACATTGCGAtaggaatataatttcaccagatgatttgaatagctatatttggaaagattttattaatttagctCGACTTGGATGATCAagactttttctatgcagttcatctgcataaattataacaaattacaagcaataataaataaataaacagtgctttatgcttTTCTGGGGAGtggaacagtattcaagtacagaaacgaaacaatcaaatgtaaaataacatggtcatcattagataaataatgtcaaattttgataatatttttatcttttaatcattattaaaattaatcctgcattgtgactattgcaaatacgcacattgcgatatcgatgctcaaacaatatattgttcatcactactttatattttcaacaaaaaggatcacaaagttttatttatacaaatttttatacaagaaatgtaatatttgtattttaaaggggaaaaaactgtttatttccttaaagtgtttacatgtttataatttcatttttgagttatttacttgggatatattttatatttgtcataaGATGTTACTtgagaaatgtttataataatataattaaagtttgtccataaaactgtgaaatgtgagATACAGTGGAATTTGTTGTTCATCTGAAGTCGTGTTATTTACAAAATACACCAGAGATGTTAATGTCTGTTAACTTTACCAGGTAATGATCATCATTTTTGTCATGAAGACTCCTGCTCCGCACCAGAGCCAATGCCTTCCACTGATTGACCAATGGTTCCTGTTCCTGGTTTACCTGTCGCTGGTCAGAAAGAGCAGGATCTGAGGGATTG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Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00064726 lncRNA downstream 11642 20314291 ~ 20316167 (-) False XLOC_032804
TCONS_00064725 lncRNA downstream 11642 20314291 ~ 20316167 (-) True XLOC_032804
TCONS_00063818 lncRNA downstream 38911 20202009 ~ 20288898 (-) False XLOC_032800
TCONS_00065133 lncRNA downstream 39396 20287774 ~ 20288413 (-) True XLOC_032800
TCONS_00065132 lncRNA downstream 43150 20284289 ~ 20284659 (-) False XLOC_032802
TCONS_00065135 lncRNA upstream 26526 20359522 ~ 20360276 (-) True XLOC_032807
TCONS_00065136 lncRNA upstream 49457 20382453 ~ 20382910 (-) True XLOC_032808
TCONS_00065137 lncRNA upstream 50634 20383630 ~ 20384731 (-) True XLOC_032809
TCONS_00065138 lncRNA upstream 80112 20413108 ~ 20467743 (-) True XLOC_032811
TCONS_00065139 lncRNA upstream 103948 20436944 ~ 20437403 (-) True XLOC_032812
TCONS_00063814 mRNA downstream 401152 19804048 ~ 19926657 (-) False XLOC_032797
TCONS_00063815 mRNA downstream 401152 19845979 ~ 19926657 (-) True XLOC_032797
TCONS_00063811 mRNA downstream 644403 19667619 ~ 19683406 (-) False XLOC_032795
TCONS_00063810 mRNA downstream 662695 19481394 ~ 19665114 (-) True XLOC_032794
TCONS_00063809 mRNA downstream 662961 19481394 ~ 19664848 (-) False XLOC_032794
TCONS_00063826 mRNA upstream 345894 20678890 ~ 20707846 (-) True XLOC_032821
TCONS_00063828 mRNA upstream 431852 20764848 ~ 20875111 (-) False XLOC_032822
TCONS_00063827 mRNA upstream 431852 20764848 ~ 20875111 (-) False XLOC_032822
TCONS_00063829 mRNA upstream 588546 20921542 ~ 20952187 (-) True XLOC_032823
TCONS_00063830 mRNA upstream 735787 21068783 ~ 21091948 (-) True XLOC_032826
TCONS_00063821 other downstream 28161 20299551 ~ 20299648 (-) True XLOC_032803
TCONS_00063817 other downstream 149276 20178436 ~ 20178533 (-) True XLOC_032799
TCONS_00063816 other downstream 191653 20136059 ~ 20136156 (-) True XLOC_032798
TCONS_00063813 other downstream 611268 19716423 ~ 19716541 (-) True XLOC_032796
TCONS_00063808 other downstream 934832 19392860 ~ 19392977 (-) True XLOC_032792
TCONS_00063822 other upstream 4148 20337144 ~ 20337241 (-) True XLOC_032806
TCONS_00063823 other upstream 76561 20409557 ~ 20409654 (-) True XLOC_032810
TCONS_00063824 other upstream 131406 20464402 ~ 20464499 (-) True XLOC_032814
TCONS_00063825 other upstream 314231 20647227 ~ 20647333 (-) True XLOC_032820
TCONS_00063850 other upstream 2207986 22540982 ~ 22541076 (-) True XLOC_032844

Expression Profile

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