RNA id: TCONS_00065261


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00065261
length 278
lncRNA type intronic
GC content 0.44
exon number 2
gene id XLOC_033262
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007117.7
NCBI id CM002890.2
chromosome length 60270059
location 58081635 ~ 58082635 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

CTGTGTGTTCTGCTGTGAAGTCCCAGCAGTGTGAAGCGGGATCTTGAAGTTGTCGTTTGCTGAACGCTGAATGTGTGTTGTCAGGATTTGCCTCTGGATATGCTGTAATACTAAATGATAACATGGCCTCTGGATATAAACAACTGAGCGAGCGCTTAcgggtgtgtgcatgtgtgtgtggtttgAAACAGACGCTTGAAGGTTACAATCAAAACTGACACGCTACAGGGTTTATTCTGTTTCTAGATgcacctttaagagtACATgtgtcattcatt

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00065260 lncRNA downstream 291610 57787720 ~ 57790025 (-) True XLOC_033260
TCONS_00065259 lncRNA downstream 358773 57697135 ~ 57722862 (-) True XLOC_033258
TCONS_00064560 lncRNA downstream 450471 57630414 ~ 57631164 (-) True XLOC_033257
TCONS_00065258 lncRNA downstream 459766 57620905 ~ 57621869 (-) True XLOC_033256
TCONS_00064765 lncRNA downstream 958725 57108325 ~ 57122910 (-) True XLOC_033250
TCONS_00065262 lncRNA upstream 588070 58670705 ~ 58672580 (-) True XLOC_033263
TCONS_00065263 lncRNA upstream 648663 58731298 ~ 58733557 (-) True XLOC_033264
TCONS_00064570 lncRNA upstream 673891 58756526 ~ 58759100 (-) True XLOC_033265
TCONS_00065264 lncRNA upstream 965272 59047907 ~ 59050828 (-) True XLOC_033269
TCONS_00065265 lncRNA upstream 968351 59050986 ~ 59052350 (-) False XLOC_033270
TCONS_00064566 mRNA downstream 143592 57900237 ~ 57938043 (-) False XLOC_033261
TCONS_00064564 mRNA downstream 358819 57651506 ~ 57722816 (-) False XLOC_033258
TCONS_00064561 mRNA downstream 426336 57634360 ~ 57655299 (-) False XLOC_033258
TCONS_00064563 mRNA downstream 426605 57651503 ~ 57655030 (-) False XLOC_033258
TCONS_00064562 mRNA downstream 446058 57634736 ~ 57635577 (-) False XLOC_033258
TCONS_00064568 mRNA upstream 654533 58737168 ~ 58764672 (-) False XLOC_033265
TCONS_00064569 mRNA upstream 654534 58737169 ~ 58757131 (-) False XLOC_033265
TCONS_00064571 mRNA upstream 689574 58772209 ~ 58828398 (-) False XLOC_033266
TCONS_00064572 mRNA upstream 706951 58789586 ~ 58828113 (-) True XLOC_033266
TCONS_00064573 mRNA upstream 788965 58871600 ~ 58910402 (-) False XLOC_033267
TCONS_00064565 other downstream 311977 57769542 ~ 57769658 (-) True XLOC_033259
TCONS_00064559 other downstream 562112 57513834 ~ 57519523 (-) True XLOC_033255
TCONS_00064553 other downstream 817990 57263510 ~ 57263645 (-) True XLOC_033251
TCONS_00064551 other downstream 1542510 56539009 ~ 56539125 (-) True XLOC_033247
TCONS_00064544 other downstream 2431384 55650119 ~ 55650251 (-) True XLOC_033238
TCONS_00064577 other upstream 1054036 59136671 ~ 59136787 (-) True XLOC_033272
TCONS_00064585 other upstream 1602510 59685145 ~ 59685261 (-) True XLOC_033280

Expression Profile

//