RNA id: TCONS_00006494


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00006494
length 294
lncRNA type intronic
GC content 0.55
exon number 1
gene id XLOC_003319
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007122.7
NCBI id CM002895.2
chromosome length 45484837
location 12718109 ~ 12718402 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

gtcaagcgttcatgctgaagccccgtgtgaatggggcatgaGGCTGCAGAttgcttgagctcagggcttctggGCTGCAGTGGACTATGTCGATCAGGCGTCCACACTAAGTTAGGTATCGATATGGTGATCCTGGGGGAGCTCGGGACCACTAGGTCGTGTCAGGAGGGGTGAACTGGTTCAAGTCAGAGACGGAGCAGGTCAAAGCCCCCGAGCTGATCAGTGGTGGGATTGCATCTGAGAATAGACACTGCAGTGCAGCCTGAGTGAAGCAGGGAGAAACAAACTTTAGCG

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00008394 lncRNA upstream 195080 12522770 ~ 12523029 (+) True XLOC_003307
TCONS_00006480 lncRNA upstream 223932 12493872 ~ 12494177 (+) True XLOC_003304
TCONS_00008393 lncRNA upstream 251049 12466766 ~ 12467060 (+) True XLOC_003302
TCONS_00006458 lncRNA upstream 551319 12166486 ~ 12166790 (+) True XLOC_003282
TCONS_00008568 lncRNA upstream 814599 11891591 ~ 11903510 (+) False XLOC_003278
TCONS_00006501 lncRNA downstream 26233 12744635 ~ 12752361 (+) False XLOC_003321
TCONS_00008574 lncRNA downstream 63813 12782215 ~ 12785059 (+) True XLOC_003322
TCONS_00008395 lncRNA downstream 161325 12879727 ~ 12880871 (+) False XLOC_003325
TCONS_00008396 lncRNA downstream 170889 12889291 ~ 12889880 (+) False XLOC_003325
TCONS_00006518 lncRNA downstream 433517 13151919 ~ 13152385 (+) True XLOC_003329
TCONS_00006460 mRNA upstream 533566 12175162 ~ 12184543 (+) False XLOC_003284
TCONS_00006461 mRNA upstream 533849 12176327 ~ 12184260 (+) True XLOC_003284
TCONS_00006456 mRNA upstream 625931 12052791 ~ 12092178 (+) True XLOC_003280
TCONS_00006455 mRNA upstream 738255 11974708 ~ 11979854 (+) True XLOC_003279
TCONS_00006454 mRNA upstream 868114 11842724 ~ 11849995 (+) True XLOC_003277
TCONS_00006495 mRNA downstream 1542 12719944 ~ 12728353 (+) False XLOC_003320
TCONS_00006496 mRNA downstream 1586 12719988 ~ 12727230 (+) False XLOC_003320
TCONS_00006497 mRNA downstream 1769 12720171 ~ 12727529 (+) False XLOC_003320
TCONS_00006498 mRNA downstream 1906 12720308 ~ 12727651 (+) True XLOC_003320
TCONS_00006499 mRNA downstream 26173 12744575 ~ 12770546 (+) False XLOC_003321
TCONS_00006493 other upstream 6113 12711700 ~ 12711996 (+) True XLOC_003318
TCONS_00006492 other upstream 23846 12693967 ~ 12694263 (+) True XLOC_003317
TCONS_00006491 other upstream 32510 12685304 ~ 12685599 (+) True XLOC_003316
TCONS_00006490 other upstream 38081 12679732 ~ 12680028 (+) True XLOC_003315
TCONS_00006489 other upstream 94258 12623555 ~ 12623851 (+) True XLOC_003314
TCONS_00006509 other downstream 211755 12930157 ~ 12946210 (+) True XLOC_003325
TCONS_00006540 other downstream 1099167 13817569 ~ 13817684 (+) True XLOC_003341
TCONS_00006541 other downstream 1146444 13864846 ~ 13864964 (+) True XLOC_003342
TCONS_00006553 other downstream 1481494 14199896 ~ 14248440 (+) True XLOC_003347
TCONS_00006565 other downstream 1615039 14333441 ~ 14340783 (+) False XLOC_003351