RNA id: TU100052


Basic Information

Item Value
RNA id TU100052
length 1915
RNA type TUCP
GC content 0.44
exon number 5
gene id arnt
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_053118.1
NCBI id CM020915.1
chromosome length 43092710
location 22610018 ~ 22625953 (+)
genome version GENO_Pfluv_1.0_2020_eurasian_perch_Genome
species eurasian perch
(Perca fluviatilis)

Sequence

tgtatgtgtgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtgtgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtgtgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatggtcaatgcagaaaacctgcgcgtagtataccggaagtaaacaagaagtagaggtaaacatggcgagacacagcaccacacttttggagcgaggggaaaaccaatttctttattagtgtggtgaaaactatgaatataatgtcttttgttgactgcagaaagtaccgagatagtgagatttataagaaggtgaccgaaaagttattgcagCTTAAGGTTGTCCGCTAACCGTGCGtcaccgtttacgtcgggatattgccaattgattacaaattccatgtatacaggagtaactttctctgctcacgcatgtaaacgggttattccgaatgtttcagaaacccgaatagtgaccttaacccgaccataacccgaaaatttacagcttgtaaacgtagtcaatgtcttcctcctctctccttatTTCTCTTTTATGTTGCCATGGTGACGGGTTGGGTGCTATTTTGTCAGCAGGTGTTTGGTTTTTCTCACTCAACAGTGGTGGGCATGGAAATGGGAATGaggctttttctctctctctttctctgtttcccTGTTCAGGCagttacagcagcagcagcaggccgaGCTAGAGGGAAGTGGAGCCAGAGATGGTCTGTATGAGGCAGGACCAATCACCCTCTCACAGATGTCGGTGCAGCCAGTGACAGCGGCAGTGCCAGACCACAGCAAGAGCCTTGAGAAGCCAGAGCTGTACCCTTCTCTTTTCCAAGGCCCAGATCAGACCAAGGGCCTGCCCTCCACCTCCATTGCCACCACACAGATCTACCCTCCAGCCAATAACTTTGCTGCTAGTCGTTCCAATGATGCATACAGGCCAGTCAACATGACTCCACAGATGGCACAGCCAGCCCACTCAGCAGGGCAGATGCTTGCTCAGATGTCTCGTCAGAATGGAGCCCCCCAGTCAGTTCCCCCCTCTAGCACTGGCAGCCCCCTCCATGGAGGACAAGCAGGAGGATGGCCTGGAGCTGCAGCTGGAGTTAGACCACAGTTTAATAACCAGGTGGCTCCCCAGGCAGCAAAGACCATGTCACCACAGTTTGCTCCCATGGGAGGATTTGGCGGTGGTTCTTCCAGCTCTTTTGGCCAGATGCCTACAGGTGCTGCTCCCACCCCAACCAACAATGCAAACTACCCGCCCATTAATGCACGTGCCAGCCTCAGCACCAATGGTTATGATGGCTCTCAGTCTGGGGCACAGTTCCCCTCTCGCGCAGCGGAGGCAGTGTGGCCCCAGTGGCAAGGCCAGCAGCACTCGCAGAGTAATGGCGAGCAGCATCCTCATGCTCAGGGCAACCAGCAAGACATGTTTCCTGTGAGTGATACAAGTTTTATCTCTCAAGCAATTTAttatccctctctctgtcacttaaAATAtatctctttgtctcttttatttttatttagg

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU99986 lncRNA upstream 304457 22264939 ~ 22312515 (+) False rusc1
TU99992 lncRNA upstream 361494 22255271 ~ 22255478 (+) True G74769
TU99984 lncRNA upstream 371209 22245489 ~ 22245763 (+) True G74765
TU99983 lncRNA upstream 373939 22242817 ~ 22243033 (+) True G74764
TU99977 lncRNA upstream 432935 22183783 ~ 22184037 (+) True G74760
TU100051 lncRNA downstream 131 22623215 ~ 22625953 (+) True arnt
TU100074 lncRNA downstream 81788 22704872 ~ 22705303 (+) False LOC120562539
TU100087 lncRNA downstream 190960 22814044 ~ 22820053 (+) False myh14
TU100374 lncRNA downstream 295668 22918752 ~ 22920103 (+) True G75042
TU100379 lncRNA downstream 301508 22924592 ~ 22925155 (+) True G75045
XM_039807301.1 mRNA upstream 10044 22589127 ~ 22606928 (+) True cers2b
XM_039806457.1 mRNA upstream 31400 22559945 ~ 22585572 (+) False celf3b
XM_039805307.1 mRNA downstream 4263 22627347 ~ 22627532 (+) True LOC120561960
XM_039807302.1 mRNA downstream 6533 22629617 ~ 22643078 (+) False setdb1b
XM_039807304.1 mRNA downstream 6533 22629617 ~ 22643078 (+) False setdb1b
XM_039807303.1 mRNA downstream 6715 22629799 ~ 22643078 (+) True setdb1b
XM_039804823.1 mRNA downstream 20262 22643346 ~ 22651387 (+) True LOC120561656
XR_005639804.1 other upstream 31400 22559945 ~ 22585572 (+) True celf3b
XR_005639857.1 other upstream 127028 22469978 ~ 22489944 (+) False rprd2b
XR_005639856.1 other upstream 128254 22469978 ~ 22488718 (+) False rprd2b
XR_005639675.1 other upstream 310820 22296848 ~ 22306152 (+) False rusc1
TU100002 other upstream 328678 22285304 ~ 22288294 (+) False fam189b
TU100065 other downstream 37395 22660479 ~ 22667544 (+) False LOC120562537
TU100082 other downstream 190960 22814044 ~ 22820053 (+) False myh14
TU100365 other downstream 277060 22900144 ~ 22902048 (+) False cnot3a
TU100710 other downstream 868041 23491125 ~ 23494023 (+) True LOC120562612
XR_005639923.1 other downstream 1141231 23764315 ~ 23764645 (+) True LOC120563205

Expression Profile