RNA id: XM_039809532.1


Basic Information

Item Value
RNA id XM_039809532.1
length 11511
RNA type mRNA
GC content 0.43
exon number 11
gene id cspg4
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_053119.1
NCBI id CM020916.1
chromosome length 42187026
location 11265168 ~ 11342369 (-)
genome version GENO_Pfluv_1.0_2020_eurasian_perch_Genome
species eurasian perch
(Perca fluviatilis)

Sequence

TCTGAATGGAGTGTCTTTAACGTGAGAGTGGAGGACTTAACTTTCAGCACGAAAATATTAGAGCCATGCATTCGGTCCTGGTCGCTGCCTTCCTGACCCTGCTGCTCTGCCTCCCCAGTCCCAGTCATGGAGAATCCTACTTTGGGGACAGCTACTGCAGTTTACAAGCTTTCCAAGATGTCTCCTCCTTTCACTTGTCACTGCAGATCAAGACAAATCGGCGAAGTGGGCTGCTGTTTTTGGCTGCAGGAAGAGAGGACTACCTGTTCCTTGAGCTCCAAAATGGGAAAATTCAGgCACGGATGAACATGGGTGCTGGCGAGGTGACACTGTCCTCATCCCAAGGAGTACAGCTGAACAACCTTCTGGACCACAAAATATCACTCACACTGCAAGATGGCAAACTCACAATGACAATTGATGAGCTCTTCCCGACATATGTTCCTGTGGATGACCATGGCGAACAGCTCAATATTGACCAGGGCATTCGGCTTGGAGGAACAGGAGACCTGGATGCTACCTACCTCAGCAATGCCATTCCCCCTTTCCGCGGCTGCATgactcaggtcaaatttgagtCCCACCAGTTTGATATTCTCAGCACAGCGTTTAAACAATGCCACGACACAAAGGAATCCTGCAGCAGTGAGTTTGAGGCTGGTGATGGGGAGGCAACTAGTTTCAGCACTCCTGATTCCTTTGTGTCCTTCCCCACCTGGAGCAGGGCAAGTGGTGCTCCAAGGGTCTTAGAAGTCCTAATGAAAACCACCATTGAGGATGCGTTACTTGTTTTCCACCCTGGTCGAGATTCAGACTTTATTGCTATTGGTGTTGTGAAAGGCTTTCTCAAAGGTATGCTGGATATCGGCAGTGGCTTGAAGATACTGGAGAATACCCATGTGCAGCTGGATGATGATGAGTGGCATAGAGTTAAGGTTCACATCAGTTCAGATTCTTTTGTCATTAATGTAGATAGCcagtcttcctccctccctcttgaCTCATCACAAAAATTGGACTTGGTGGGAAACTTGTATTTAGGAGGTATCCAGGGGAAAATGAAGGATGTCTTTCGTGAGAGTGGGTCCTTAACTCACGTAGAGGAGGACATGACAGCCGAATCCTTCATCGGGTGTTTAAGCGAAATCAAAGTAAATCAAAAGGATAGAAGCCTTCAGGATGCTTTGGTGACCAAAGATGTTCACGTTAAATGTGAAGGAGAGGATTATGACTACCCAGAAGCAACTGCAACCTCTCCACCTGTCGACATCAACGATCAGCATTGTTACCCTACAGATGGCATGCCAGAGATGttcaaaaatgtgacaaaacttCTTGATGTCACCCCATTGCTTGTAACCGAAGGTGGGGAAGCTTCTCTTGATATCAACAACCTAAGCCCTACATTCGACCTCAGTGCTGCAGGAATGCGTCAGTCTCAGATAATCTTTACTCTCCAGAATGATCCCTGGTATGGCTTGATTGATATGAACACTTATAAAAAACGCACACAAAAGTTCACTCTTCTCGATGTTGTCAATAAGAAAATTAAGTATATGCATGATGGAAATGAAAGGCTTGCAGATCAAATCCAGCTGCAGGTAGTTGCTCAAAGTGACGACTACCTTCCAGAATGTTTAAAAACTCCTCAGGATTATGTTCTCCCAGTTGAAATTCTGCCCGTCAATGATATATCACAACTTGGTGGAGGAGAAATCACCATTACAGAAAACGGCAGAACTCGTTTGAGTCCCAGCTTAATCAAAATCGTGGATTCTGACACACGCTGTGATGAATTAGTAGTAACTGTAACCTCAGAGCCTTCCATGGAAGTTGGTTACTTAGAAAACGGTCAGCAGCCAGGAAGAAGCATCTCAGAGTTCACTTGCAGGGAATTGAAAGATggaaatatatatttcatacacaGAGGGGGTAGTGCTGCTGAAATTACCTTGGAGGTGTCTGATGTACAGTCAGTAAGCCATTCAACTACTTTTAAGTTATCTGTGACCCAGCCACATATGACTATTGTCACCAACACCGGCCTTCTCTTGTCTCAAGGAAGCAACGCATCCATAGGTGTTCAAAATCTAGCTGTCATCGCTCATCCTCGTAATGGAGATATTATGTATAACGTCACACAACCTTTGATGTTTGGAGAACTCCAGATAATGACAAGTGATAGAATGTACAAGCAGGTTACAACGTTCCATCAATCTGATCTGGATCAAGAACGCCTTAGATACGTCAGCAAAGACTCGAGCAACCAGGAAGATATCGTGAGCGAGCGTATTCAGTTCGACGTCCACCTGGGACAGTTCTCCCTCTGGAACAACACCTTCTTGGTCAAGATCATCCCTTCCCAAGTGAAAGTTTCTAACCTGGTTCCACTGGAGATGGAGGCCGGTGAAGAGCAAACAATCAGACTCACAGAGCTTCAAGCCCAAGTTAAAGGGAAAAACCCAGATCCACAAACTGTAAAGTACATCATTGTCAAGCCTCCAACAGTCGGTAGTCTACAGTTGTCAGACAGGCAGTTGGCTGAGGGTGACATCTTCACACAAAAGGACATTTTGAACAGTGCTGTTAGCTACAGTGCTTTGCGTGTGAGAAGAGCTGGGGATAGTATAGACCAGTTCCAGTTCAGAGTTTTTGCTGATGATCAGTATTCCCCTCTATACACCTTTCCGATAACCATCCGCGCTAATGCAGATGCTCCTTTTTTGACCAATGAGAGGCTGGTTGTCTTGCAGGGTGGTGAGCATAATCTGAACAAAAACAATCTTTGGATGCATTCTCCAGGTTCCACAGATTTTGTGTACCGGGTCACACAGGGGCCAAAGTATGGGCGACTGATAAGGGACTCCCCACCCGGGCAGCCTAGATTTGAGGGGGCAATAAGAGTATTTAGCAATGAAGACCTCCAGTTTGGTAGGCTTATTTACAAGCACGATGGCTCCAAGACAAGCAGTGATGAGTTCCGTTTTTCAGCATTTGATCAAGCAGCGGAAAGTTCAGACAATGAGGAAATAGTAAACGGTGTTTTCAGAATATCTATCCAATCCAAGAACGAGCATGCTCCTGTGAGGGTTGTGGACAAAGTCTTCAATATAGTCCGCCACGGTCAGCGTCTGCTTACAACAGATGTCATCCAGTTTAAGGATGACGACTCAGGTTTCAATGACACCCAAATTGTCTACGCTCGTGAGGGAATCCTCTCAGGCAACATTGTCTCAACAACTAATCCCTCTCAGCCCCTTTTCCGTTTCACACAAGCCGACCTACGAGATAAGAACATCCTCTTCATTCACCACGGAGCAGACCGGGAACGCTTCTCACTGCAGGTGTCAGATGGCTTCCACAAGACCACCGCGCTGCTTGATATCCAGGCAGGCGAGCCCTACCTGCGAATAGTAAACAACACAATCATTGTCATCGACCATGGAAGCACCAAGACCCTTAACACCACTCTATTGAGCGCTGACACCAACATGGACATCAGAGATAACAGTGAGATCAAGTTCCAGGTCATATCGCCACCCAGCGACGGCAGGATTATTGTGAGTGGGATTGAGGCTTCAGAGTTCACCCAGGAGGACCTGAAAAAAGGCGTTGTCTCATATGAACATAATTATGAGAGTCTGAGGTCCAAGGACTCCTTCAGCTTCTCTGTCCAAGCAAGAGGACATTCTGAAGAGAGCACATTCAGAATTAAAATATTCAAGCAAGATTACTTATCTGAGCCTGAGGTAATAACCAATGAGGTCATCATTTCCTATGAGGGAGAGCACACCGTAATCACCCAGGATAATCTCAAGGTGGATCAAGCTGATATTCTTCCTACAGAAATGGTGTTCACCATTAAAAACCCTCCTCGTCTCGGCCATGTGGTCAAGCTGACAAACAGCTCGGACAGCACAGCCTCGCCTGTCCTCGACTACATTCACTCCTTCACTCAAGAGGACATTGATCAGGGACACATTCTCTATGTGTCTGCATCCATCCAGGGCAATGACGCCTTCACAGTTGATGTCAGTAATGGTTTTACGACAGTGGAGGACCTGCACATCTCTGTGAACATTGTGCCCCAGCTCATCCCCATCCAGACCTTCAACTTTACAGTGAAGGAAGGCCTCAGCAGAGCAATTAACGCAGAGATTCTTAACATCTTGCATCCCTTCTACAGCTTAGCAAACATCTACTTTGTTGTGGAAGAGGCACCACAGCATGGGGACATCCGTTACCTGGATGGAGAcaaacttacttactttacatgGGAAGAGATAAAACTTGGACACGTCTACTACATGCATGACAGCACCGAGAGCAAAGAGGACAGTTTTACACTCTCTGCCTCGGCTTATGAGATTGAGCGCCAGAGCCTCCCTGTCACCATCGCGGTGACTGTCATACCAGTCAACGATGAGCCGCCACAATTGACACGTAATACGGGACTGGAGGTTCTTGCTGGAGAGGAAGCGGACATCACCTCCAGCATGCTAAACACTGAGGATGCTGATACCCCTGCAGAGGAACTGGTTTACCACATTGATGTGCCAAACAATGGGATGGTGGCGTTGAAAGAGGCGCCTGAGGAGAGCATCCTAAATTTCACACAGGCTCACATAAACAAAGGGGAGGTCATCTTCATTCACGAGGGTGAGGAGTCCGGTGGTTTCAGTTTCACAGTGACAGACGGAGAGCACACATCTCCTCTCTACCAATTTGTTGTCACAGCCAGGCCTCTCACCATCACCATGGTAACGCAGGAGGAGCTCATGGTATTTCCAGgAACAAGGCAGTCTATAACAAGTGCCAATCTGGGGGCTGTAACCAATGAGGATGGAAATGAGATAAGCTACTCTCTTATCCGCCCACCTCGTTTGGGAAGGCTCATCTTGGCCAATGACAGGAACCAGTATGAAGAAATTACCCGCTTCTCACAAACACAGCTGGAGTTAGGAGCAGTCTACTATGAGCACCAGTTACCTGAGGAGCCT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Function

GO: NA

KEGG:

id description
K08115 CSPG4; chondroitin sulfate proteoglycan 4

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU113141 lncRNA downstream 4207 11175449 ~ 11260961 (-) False ptpn9a
TU113072 lncRNA downstream 203864 11061067 ~ 11061304 (-) True G83974
TU113035 lncRNA downstream 252766 11011298 ~ 11012402 (-) True G83942
TU113034 lncRNA downstream 253930 11010862 ~ 11011238 (-) True G83941
TU112979 lncRNA downstream 340150 10924503 ~ 10925018 (-) True G83911
TU113174 lncRNA upstream 28030 11370399 ~ 11370649 (-) True G84050
TU113175 lncRNA upstream 52179 11394548 ~ 11394883 (-) True G84051
TU113177 lncRNA upstream 180340 11522709 ~ 11523000 (-) True G84053
XR_005639951.1 lncRNA upstream 519992 11862361 ~ 11862788 (-) True LOC120563423
TU113208 lncRNA upstream 544533 11886902 ~ 11887621 (-) True G84082
XM_039809719.1 mRNA downstream 49675 11205454 ~ 11215493 (-) True snupn
XM_039808176.1 mRNA downstream 65703 11173553 ~ 11199465 (-) True ptpn9a
XM_039807907.1 mRNA downstream 97505 11148431 ~ 11167663 (-) False sin3aa
XM_039807908.1 mRNA downstream 97505 11150157 ~ 11167663 (-) False sin3aa
XM_039807904.1 mRNA downstream 97507 11146670 ~ 11167661 (-) True sin3aa
XM_039808778.1 mRNA upstream 910215 12252584 ~ 12258264 (-) True LOC120564089
XM_039807863.1 mRNA upstream 1211114 12553483 ~ 12563363 (-) False kras
XM_039807861.1 mRNA upstream 1211139 12553508 ~ 12563371 (-) True kras
XM_039807860.1 mRNA upstream 1211139 12553508 ~ 12563369 (-) False kras
XM_039809860.1 mRNA upstream 1242942 12585311 ~ 12587491 (-) True bhlhe41
XR_005640086.1 other downstream 602490 10644032 ~ 10662678 (-) False scamp2
TU112851 other downstream 833024 10427562 ~ 10432144 (-) True G83826
XR_005640102.1 other downstream 1085171 10174824 ~ 10179997 (-) False tdg.2
TU112643 other downstream 1176568 10086364 ~ 10088600 (-) False pik3c2a
XR_005640161.1 other downstream 1191746 10073293 ~ 10073422 (-) True LOC120564824
TU113209 other upstream 545658 11888027 ~ 11888398 (-) True G84083
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TU113814 other upstream 1888248 13230617 ~ 13231095 (-) True G84530
TU113910 other upstream 2231462 13573831 ~ 13617896 (-) True mafb
TU114030 other upstream 2688735 14031104 ~ 14033215 (-) False zgc:77752

Expression Profile