RNA id: TU152878


Basic Information

Item Value
RNA id TU152878
length 9801
lncRNA type read_through
GC content 0.39
exon number 10
gene id LOC120567814
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_053122.1
NCBI id CM020919.1
chromosome length 39550354
location 9536637 ~ 9666053 (-)
genome version GENO_Pfluv_1.0_2020_eurasian_perch_Genome
species eurasian perch
(Perca fluviatilis)

Sequence

GACACTGAAGTTAGTGGTTGGTGGATTTGCGCTCAGATCTGGTTAAAGCTCTTATAgataaaatgttttctgctgatgAAGACTGAGCATGGCACATAACAGAAAAACAGAGGAAAAAGAATCATAGGCTTCTATTGTGAAACAACACAAGGAATGAGACACCCCCCGCAAGTGTACCTCAATACCAGAGGATCCTGTTGGGGAAGCCCTTTCTGCAGATTCTGATGCCTTCCAGCACACCGTTACAGCGCAGCTGGTGCATCACCAGAGGGTTCTCCATGGCCCCAGGAGTCTTGGTCTCATTGGGGATGAGGCAGCGAACAAAGTGAGGACTGTGGACCTCTGTGTGGAATCAAATCCTGAGTACTCCTTGTCTTCGATTCGAACGACTAGCACTTGGCGAAATAATGGAAAGGTCTCGCTTGGATGACAACCCCTGAAGTCCAGATTATCTATTGTCAGCCAGACATATTTGTCAAGTCTGCCTCTTCTCTGTTTTCCACATGGCCCTTCCTTGTCTGGCTTTGGAAAGAAGATGCTTTATACCAGAGAAAGACTGACCTTCACTACTGAGATAAAGAGGATCCTGTTGGGGAAGCCCTTTCTGCAGATCCTGATGCCTTCCAGCACACCATTACAGCGCAGCTGGTGCATCACCAGAGGGTTCTCCATGGCCCCAGGAGTCTTGGTCTCATTGGGGATGATGCAGCGAACAAAGTGAGGACTGTGGACCTCTGTGTGGAATCAAATCCTGAGTACTCCTTTTCTTCGATTCGAACGATTAGCACTTGGCGAAATAATGGAAAGGTCTCTCTTGGATGACTACACCTGAAGTCCAGATTATCCATTGTCAGCCAGACATATTTGTCAAGTCTGCCTCTTCTCTGTTTTCCACATGGCCCTTCCTTGTCTGGCTTTGGAAAGAAGATGCTTTATACCAGAGAAAGACTGACCTTCACTACTGATATGAAGAGGATCCTGTTGGGGAAGCCCTTTCTGCAGATCCTGATGCCTTCCAGCACACCATTACAGCGCAGCTGGTGCATCACCAGAGGGTTCTCCATGGCCCCAGGAGTCTTGGTCTCATTGGGGATGATGCAGCGAACAAAGTGAGGGTGAGTAGACCTCAAGTTGGTCATCAGCTTGTTCAGGTTCTCCTGAGGAGGTAATTTAACCCTGTGGTTAACACTCAGTTTAGGTTATTGATGTGTTGCATATCTCTGTTATCAATGTAGAATTTAGTCTCAGTCATTGTTTTTCATATGAAATAGCCATTCAGACATTTATGTTTACTAACCCTGTGCAAGGCAGACACTGTTTGGAAGGATGCACCCTTCTTTTTGCTTCCTCCTCCTTTGCCGCCCTTTCCACCTTCAACTACTGTAATAAGCCAGTGTACAACGCATTAGATTGCATTAACAAACCCAGTTCTCTTGCAGTTCCCACTATGGCAAATGCAGTACATTCAGGGGCAAATTCATCATAGGATTGCGCAGCTTTTGCAGCTGCTAAAGCTGAAGGTATGTGTTCGAAAACACCAACAGTACTGACAGAATCCCAAATACTGTTTCTTTCTGTCATTGATTAAATTCCTGCCTGAATCATACCCATGATTTAGGCTTATGCAATGGCAATAGGCTTATGCAGTGTGCAAAGAAATCATCTCTAACTCAAAAACTAAATTAACAATATGATCACTTTAATAACTTTAACTCTTTTTACTTGAGATGGGGCAATAGTGGTTGCAAGTGATGAGCAATTCGGTGTTCTATTAGCGGCTGCAATCCATTCTTTTTGAATTTGCCCTTCCGTTTATTCCTACCTGCATCTGATCCAGCATAATTTGCAAAGAGGACAGATAACAGCTTGAGATTAGACTTCTGGTAGAGTCCTACAACGGTTTCATTCAGAGGATCCTTGTTCTTCACCAGCCAGTTGTTGATATTATAATCAACAGTTCCAGCATAATGCATCAGGGCAAAATGGGCCTCTGGTCTTCCTTTGATAGCTCGGGGCTTCTGGAAGTTGGCGGATTTCCCCAGATGGTTGTCATAGAGCTTAGTTTTAAAGGTGGTATCAGAAGCTTTGGGGAACATGCACTCCTCTTCAAGGATGGACATGATACCCATGGGCTGAAGGGACAAAAATATGAGGGTTATGAACATTTTCAATCAATCTTTATGTATGGCTGAACATACAGAAGTCCATTTCTCACCTTTTCAATCAGGTCAATGCAGGCCTGCAAGTCCATACCAAAATCTATGAATGTCCATTCAATGCCCTCTTTCTTGTACTCTTCCTGCTCCAGCACAAACATGTGGTGGTTGAAAAACTGTTGCAGTTTTTCATTGGTGAAGTTGATACACAGCTGCTCAAAGGTGTTGAACTGTAATGAAAAAGTCCACAGTATGACAGGCTTAATACTTTCTCCTTAAGCTACTACTACTATCTAGACTACTTCATATAgagtatgtgttttttttcaaactcacATCAAAGATCTCAAATCCAGCAATGTCCAGTACACCAATGAAATACTGGCGAGGCTGCTTGGTGTCCAGGGATTGATTAATTCTCACCACCATCCACAGAAACATCCTCTCATACACTGATTTAGACAGTGCACTAACAGCATAGTTCACCTAAAAAGGAAATATACATAAAACACCTTAGTAAAGTTTCTGGACTTTATTTTGGAatttaataaacattttcatattctCTTACCTGGGCGACATTTTGTCCCTTGGTGACCCACTCATTTCCTACTTTGACTCTTGGGTGACAGAGACCTTTGATGAGGTCAGCAGAGTTCAGGCCCATCAGATATGCAACTTTGTCAGCAACTGTTGAGGCATTTTGGTATTTGGATTAATTAATCAAGGTTTTCACTgcttttcaaggtttttgtcattcttttatCCCTGATTCctttagaatagaatagaatgcctttattttcattgtactgtatcattaaaaatgtacaacGAAATTCAGAGTGCTACTCCTACAGGGTGCCActagtgaaagaaaaaaaaaaacattctcccCACACATTCATTCCacaagataataaataaatagataaaataaagtagttaaaaacTGCATTAAGAAATGGCACTTTTAAGAATATTGAACACTTGTCGGTTTTTGTCTGTGGGGGAAAAGCTGTGTTTGAGTCTGTTATTCTGGGTTTTGAGTGATCTGTAGCACTTCCCAGAGGGCAGCAAGTCAAATAGGTAATACGTTTGGACCTTCTTCACGCAGTCACCATCTATAGATAGCAGGAGGGGTCTGTGCTGCTCTTTCTGAAGTCAATGATGAGTTCTttgggtttttttgtgtttagcaCCGTTTGCTgtagtttgtttaaaaaaaaacatttctcacCTTCAGTGCCATCAGCCTCTGCCTGCTCTTCACGTTGCTTGGTCTTGAATTTCATATTTCCATGATGCATGATGGCACCAGTCAGCTTGTAAATGCCGTTCTTCTCTTCTTGGGTAAAGCCCAGCACATCAAAGGCTTCCtgaaaaaaacataagatcAAAAATGCATTTCTGGCAGAGTAAAAGTTGATGTGAAAATTCATTTTGGACTGGGATTTGAAGATTCAGCTCACATCGGTGGCCATCAGCTCTTCAGAATCATTGATAGAGGCTACCGTTGTCTCTCCTTGGGAGATGAAGGCGTAGTCGTAAGGGTTGTTGGTGATAAGCAACATGTctgaggaggaaaagaaaaaaatgtgctgTAAAATATCTAACTGTATTAAGATTCAGCCATAACTCACTTTTGATGGAGATTTACAGCATTTTATCAGATTTATACCCAGAAGTTCCGGCTTTGCCTGAGACAAGATCTGGTAGAAAATGTGGTAGTCCCTCTCAGCTTTGAGCTGGTAGGTCACACGAGACTTTTCCAAAAGGTCTGTTCAAGAAAACAATTGTTATTGTGCTACACTGATAAGTTGGTAGgtaatacatttaaatgtgttaCATAAACCATGTTACTTACAAGTTTCAATATCAGCAGAGGCCAGCTTCCCACGGTTATCAAAATGAATGCGGATAAATTTACCCTAAGAGGAAGCGAGACACTCATTTTAGTCCTGTTAATTCAATCACTTCAATTTAAAAATGACCATTTGcaaccacacagacactcacaaatCTAGAGGAGTTGTCATTCCTGATGGTCTTGGCATTCCCGAAGGCCTCCAGAGCAGGGTTAGCCTGGATGATTTGATCCTCCAGGGTACCCTGATTTTGTCAAATAAAGACACACCTTCAGGTTCAGTGCCAAGtaaaattgcaaaatgtgtttcagctattagaaattatttttaattgaaGTGTGATTGTGCTTTACAACTGATACTTTGttaaatattatatttaatatatgtaatatattttgtAGTACAGACCTTCTTTTCAGCAGCCAGATCTTTCTTCGCACTCGGGGCAGCAGCGATGCTGGCAAAGTACTGAATGACACGCTTGGTGTTGACAGTCTTTCCGGCACCGGATTCTCCACTGAGttgaagagagacagaaggtTTTAGACCAAGACCTATGACCCTTAACTACTTAAGGGATTATTTTTGGCTGTGTGACTTACGTGATAAGGATTGACtggttttctctgtctgtcagcaAGAGAGATTTTCAAAGTATtagtaaaacataaaatgaCGTCAGCGttgaatatttaaagaaaatgagGCTAAAATAGAATATTTACCTGACAGCATGTACTGGTACGCATTGTCAGAGATGGAGAAAATATGGGGAGGAGCTTCAGACCTCTTCTTTCCTCTATAGGCAACAACCACCTCTTGGTTGTAGACTGGCAGCCACTTGTAGGGGTTGACAGTCACACAGAAGAGCCCAGAGTAGGTCTGTTGTAGTAAGCGAAAGGCAGCAGATAGTAAAATGATAAGATATGTGTAACCTTGTCATAACGATGTTGCTTATTAAACAATGCTTTAT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Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
XR_005640715.1 lncRNA downstream 76713 9459503 ~ 9459924 (-) True LOC120568399
TU152853 lncRNA downstream 101444 9433642 ~ 9435193 (-) True G113364
TU152852 lncRNA downstream 102122 9433642 ~ 9434515 (-) False G113364
XR_005640717.1 lncRNA downstream 105023 9429413 ~ 9431614 (-) True LOC120568402
TU152834 lncRNA downstream 116860 9388310 ~ 9419777 (-) True G113356
TU152931 lncRNA upstream 6399 9672452 ~ 9672672 (-) True G113426
TU152946 lncRNA upstream 156384 9822437 ~ 9823757 (-) True G113438
TU152960 lncRNA upstream 240871 9906924 ~ 9913482 (-) False LOC120567726
XR_005640607.1 lncRNA upstream 240919 9906972 ~ 9913666 (-) True LOC120567726
TU152966 lncRNA upstream 373604 10039657 ~ 10039885 (-) True G113457
XM_039815912.1 mRNA downstream 26140 9400787 ~ 9510497 (-) True LOC120568397
XM_039815913.1 mRNA downstream 26140 9493218 ~ 9510497 (-) False LOC120568397
XM_039815914.1 mRNA downstream 178104 9352318 ~ 9358533 (-) True cryz
XM_039815911.1 mRNA downstream 184473 9343577 ~ 9352164 (-) False lrrc53
XM_039815910.1 mRNA downstream 184473 9343577 ~ 9352164 (-) True lrrc53
XM_039814914.1 mRNA upstream 8831 9674884 ~ 9788220 (-) False map4l
XM_039814916.1 mRNA upstream 8831 9674884 ~ 9788220 (-) False map4l
XM_039814913.1 mRNA upstream 8831 9674884 ~ 9788220 (-) True map4l
XM_039814915.1 mRNA upstream 8831 9674884 ~ 9788219 (-) False map4l
XM_039814917.1 mRNA upstream 8831 9674884 ~ 9711321 (-) False map4l
TU152848 other downstream 26156 9507048 ~ 9510481 (-) False LOC120568397
TU152847 other downstream 40885 9401742 ~ 9495752 (-) False LOC120568397
TU152846 other downstream 133025 9401742 ~ 9403612 (-) False LOC120568397
unassigned_transcript_549 other downstream 641514 8895050 ~ 8895123 (-) True trnan-guu_8
unassigned_transcript_547 other downstream 644633 8891931 ~ 8892004 (-) True trnan-guu_6
TU153067 other upstream 1220954 10887007 ~ 10888847 (-) False LOC120567758
unassigned_transcript_557 other upstream 1221036 10887089 ~ 10888952 (-) True LOC120567758
TU153382 other upstream 2552009 12218062 ~ 12218267 (-) True G113805
TU153584 other upstream 2935127 12601180 ~ 12602909 (-) False nedd8l
XR_005640810.1 other upstream 3094862 12760915 ~ 12768625 (-) False LOC120568934

Expression Profile


Homologous

species RNA id representative length rna type GC content exon number chromosome id location
zebrafish (Danio rerio) TCONS_00047106 False 21509 lncRNA 0.38 1 NC_007135.7 40739393 ~ 40760901 (+)
mexican tetra (Astyanax mexicanus) TU125863 True 7822 lncRNA 0.38 6 NC_035906.1 26431081 ~ 26452062 (+)