RNA id: TU157668


Basic Information

Item Value
RNA id TU157668
length 6066
lncRNA type inter_gene
GC content 0.37
exon number 3
gene id G116978
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_053122.1
NCBI id CM020919.1
chromosome length 39550354
location 22465335 ~ 22472840 (+)
genome version GENO_Pfluv_1.0_2020_eurasian_perch_Genome
species eurasian perch
(Perca fluviatilis)

Sequence

taataaaataacagaatagcaaatttatttgattttgtcacaaacaacatacacataacacacttgccaaaatattcacaaacaagaaaaagaaaagaaaagatgaaaacCAAAACATAACACCCAGATTCATTCAAGATGAGACAAATATTTCAGATGCATAGAAAAAATCAGGAATCAGGAATCCcataaaaattataaatatttaattacACCATAAATATTTAATTACACCATAGTGCTGAGTCAGAGAACCAACGTTTATGCATGGCTTACTTCAGTgcataaatgaaaaaaagaatctgGTCATCAACTTGGATTCAAGGATTCAAAGGTTTATGTCAGATATACAGAACAGGTAATGTGTGTAGTGAAATGCAATGTGGCATGCTCCAAAGGGTGTGCTAAATTAGAAAAAAGGATATAAATGATAAAAATTAATAAGAAATAATAGTTGATGAAAAAAGAttaatatgttaaaaaaaaaagtaaaatgtacatatgTGACAATTGCAAATATGCTAAATTTCCATCAATACAATCTGTAGGTAAAATTAAGGAATTATGTCAATTTCTTATCCAATAATGTAAGGGAAAACAGTTGAACAATTACTCCATACAAGTCTATAGTTTCAGAAATTACACTAGCCTAAGACCCTCTAACCTGAAGGTCTCTCAGGTCCCATATGTATACATGGATAAAAAATTATCCTTAGATGAGCCATGTCAGAGTGGTGGcagtgtgtgtttatcttttgGACCGGGGCTGCTGAGTGGCGGAAGGCAGAGCTTTCTAGTCAAGCCATGGCTACAGAGAGCCTGGACCTGACTCTGGATAAAGTAAACACATgagcatgcacgcacgcacacacacacacacacacacacacacacaCACACCTAAACAGTTCAGTTTTATTGTCCTCTGTTCATCTGCCAACAATGTATCTCAGTATTGGTTCCCATCAGCTACTTCTTCCTAAAACACAGCATTAGCAGTGGGCCTGGCCTGTAAGTGATGATTTGCTGTGTCATATTCAGAGGTCAACATTagtgaaaaaaaggagaatgagGTCAACACCTTTCTAACCACAGGGGTCAACAAGCAGGATTAGCCAGAGTTTACTAGGGTTAAACAGGACTGTCATCAAATCCAGGGCAGAGGTCTGACACTAAACAAACTGGGGTCATGGACTCTGAGTTTAGTGTAGAATTACCAAAGGTATGTTCTCAGGGATAgggttttaaaatgtaagggaatcttaccagcagggggagaagATATTTTCTGTACACCCCTGGACTCCCTTTTATGCCAGACACCATATGACAGCTACAGATGGGTATAAAGTATCCTCATGCCCCCAATTTCTCAAATTGGATAACTACTCTCTAGggtgtaggcctatatgtaggcttgtgtgctgtgtatgtgtgtgttgtttgtagcTGCTAGTCGGATTAATAAagtttaattgaattattttaTACAATGACCACCAACATTCAGCTGTATTTTACCTGGAGCTTGAAAGTAGAGTACTGGCATATACCTTAAGTCTGACTTAAACAGTAACTGTGGAGAGGAGTTAGCAGGGCCCCCTGGACTCTATCTCAGTGGTTCCCAATTGTTTTGGCTTGCGGTCCTTTAAAGCAATACATAGTCATATCACAACTCCTCATCAAAGATTCAATCATTTTTTTGAGAAAAACTATAATAAGAACATTTAATGAGAAGAAATCATAGATACATgtatttagaaataaacattattcGTCTTGTTAATCGTCTTGCCGACCCTCAAATTCACAGCTTTTTGTTTAGCTGCAGCTAAACTAACCAGCAGATGTCAGCAAAACATTACTATGGTTTTATTGTGGTATACCCTCGTTTCTTTCTTGTGTCAGAGCCTTGATGTAGTatgaaacatactgtacaaaaaTAGATAAACAAGTCAGCAATGCTTTCTAAATATGTAGCTCAAAATTGGAATAACAGAAACACtataaaaaataacatcagAGAATCTCAGTGCAAAAGTATAAACTTTTACAGTGAGTGTGATCAATGCCACTGTAATTGCAGTGAAACCCCCAACAGATAATATGATTCACGTGTGAAGGGTAGTAAAAGTAATAACATAATGAGATGAGAGATATTTACAcaacacataggcctacaatGTTACAGTGATTTTTGTAACACATTTTGTCGCTTCTTTTTTGAGGTGGAAACATTACGCATAAAGATTAACGCAGCATATTATTGTATAATGTGTCACTATCTGCCCAGACAGATTAATCATAGTCACTGAGTCAAAATGGAACTTTCTGTTGGAGAAAGTGTTGCATGTGGTATGCTTATGGTAGTTTCATTTCTCTGTAAAAACCTGTTTGGGTTATTGACTAAACTGTTTGCTCCAAAGCTTCGACTGAAGGGCCAGGGCCATGTCAATTGGAGTAACGGCTCATACAGGGCGGAAAAACTGAAGCCTGACTACAAATGATGTGGCTTCCTgcagaggggggaaacaccatgtgaaatgtgtgaatttgcttttctttagtctttttttttcttcttcattttcttACCAATTATGACTCTCTCATTCTTCCTCCCTTTGTTTGCAAATCAAAAAGAGCTCAAAGATAAAACAGCACAGCAGACGTGAGTAGTAAAAGATTGATacgtttatttaaaaaataaatcatgtggCAATTTTATATTAATCAATCTCCTTATAATCTCTATTCCTTGTCATTATTCTGATATTTTGTACAAAATGCTGGAACTATTTTCTTTAGTATGCACTTAATTTGTGATTTCCtgaatgttttactgtaactgtaTAGTGTGATGTGAAATgggtgtgcgtgtctgtgtttgaGTCACTGACGTAGGTGTTTTATCATGAGTCCATAAATGTCAATTCCTGATAACAGTAATAGTGCAACTGTGTGACACATGCGTACCCAcctacacatatgcacacacatggccctttaccacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacagtgtttacCACAACAGAACACTGTACATGGAGCTGGTAATGTTTTCACTATTAAGATTTGATTTGGATGAGTTAAATGTCTGACTGTGAAGTAATGTAAAACAAAATTTCAAAATGTTCAACAGCACAGAATCAGACTGGCTGATATGTTTGAGAGTAACAATGATTTATGGTTCAGACacgcaccaaaaaaaaaaataacattcccGCCTGTGATTTTGGTCAGACTTTTGAAGCCATTGTGAAAGTGATGTGGTTGAAGTGTGAAGGAAGTAAATGCAGAGATCGAAACTCTGGACCACAgaagaaaaacataataaaacctTTATCACTTGATGCATGAGCCTTTAGGACTTCGACAGCATGAGGAATTGCATTATTTTCACTATTGGATAAGTATGATGATAAGTATGATACATTCTTAACTAGGTTGTTAGGATCTTATGATAGCTTTTGTGTGGACGTTACTTCCAGTGAGTGAACCTCAACAGTATCTCAGGGAACTCAGGGTATCTCTGGCATGGGAACCAGAGAGCTCCTCCCTGGCTAAACTTGCACGCAGACCACAAAGGTAGTTTTTCTTCCCATTTGTGAGGCCTAAAGTTTCAGGTGAAGAGGAAATGGTCCGGTGTCCTTGCAAGTTACAGGATGAGTGTGATTTTTCCAGTCAACAGTCCAAAAGGTCAAGGTCACCCACTCTTTCCACAGAACCTGATGCCCAATCTGCTCTCTGATAATGTGTTGTAAGCTAGTGGTCCCCCACCTTTTTTCGCTTGTGAGAATTTAATACAAAGCCATGTCTACTTGCAAACACTTGTCACAAATTTCATGTCGATAAGTTGTTACCCGTTCAATCGAAAATTGAGTTTTTAAATCTGATTGTTTCAGAGACCTGAAAAAGTAAAACTATACACTATTTTACAAGAAAAATAGAATAGACATGATATTATgcagcaaataaaaaatgttttttactaTCTCTGTAATCATCTGGGGACATCTTAGATTATCTTATGATCCCTTTTAGGTGTTTGTTCAGTTTGATGTAATTTAAATGAATATGATATTTTTAAAAGCTGGCCAGATTCAGTAGAAATAGATTTCTGTAAGTGCGTCctgcaacatactgtatgtagcagCCAAGAGATAAGAATTGTGTGATAACGGCTTCCTCTACTACACCAGACCAGTGATAACATCGATTTCTCTCAAACTTCAGTTGTAGCTTGCTCTTTTTTTGCGATAAAAAACAGAATTGAGGTCTACAATGGACCAAGCATTGATATTGTTGACTGTTCACTTGCTCACCAAAGcacattttattattgtgtacatTAATAAAGTCCTGTATGTAATAAAAGTTTTGAATCACAAAAGAAGTTGTGTCAACTGAGTTTAAAAGGCAGAGTTTGTGAATGTGCCACTTCAGTGTGTGAGCGTCAACTGTTAcctgtgaaaatgcaataaatatTCATTCATACTCTGTTTTGTCCCTTTGACATATCAGTGTTTGTCTTAGGGGCCATTCTTCCTGTGCACCTGTGCTAGTACTTCCTGTCTCAGTCGCCCTCCGCTCTCCTCATCCCCCCCACCCTCAAACCGCATCCTTCACACTGTCACAATAATacttgagagaaaaaaatacattactcTACagtcacagacagaaagactaCAACGCATAGGTGTGCAAGTGAAAACAACAGGGTCTTCCCCATATCTACCCCTCAGTATCATGATAGCTTCTATCATTTACAGTACACAGCAATGCAGTCGAAAGGGGTGAGAAACGGTCAGCGGTTTACTTTCACATTCATGCCctcttgcatgtgtgtgtgtgtgtgtgtgcgtgtgtatgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtcactcctGAATATGCTGTAGAGATCTCTGGGAAGGATAGTCGTTTGTTGGAGATGTGTTCTGTTCCTGGATGTGATCAAAGGCCCGCATGTAGTGGCCATTGTTCTGCTGGTAATAGTACACCAGTTTTCTGGCAAACACTGGCTCCACCTAAAATGAAATTAGGTCTATGAAATATGCCTGTGACTGCTGAAGCATGTTATCCTATTGTGTCCTACAAAGGAAGAGCGCAGTACCTAAAGAAGCAGTGATCTAGAAAGATGGTTTGGTGGCTAGCATAGGCTACTCCGTAGCCCACCAATGATTGTAATGCCTTCATTGTATGTCTTTTCAGGTtcccaaattttttttattatcatagaACCTACATAATACCtaaaatatgtatatttgtttcAGCATTCTTGTGAATAAGTTttcatacatttatttactttattgtgATTATTTACAGTCcattaatatgaaaaaaaatgtatctctgTTTTGCTAGTTGTCTGTCTGTTGGACTCGACTATTTATATTTTCATTGAATTCaatataattaatttatttacattttaatacatttaatggTAGGTTAACCACACTGAATTGCATGAACTGAAATAGCTAAGCTAATTAGCCTTAGTAGGAGCTGTTTAGCTTTAGTTTTAGCTACTCATCAGCTAGCGTGATATAGGGATCTTGCTTTAGCTGCCCTTAGCTTTGTTTTGTAGTAAGTGCAAATTTAAGAAAGTGTTTTCACAGAAATTACACACATTTATGGTATAATATGTGTAAACAAAGAAATAGATTCAGGTCTTAACTTACCTTAATGACTTAATATAATTTTGACATGCATTTTTCATATTGTAAGACAGTATTGAAGTCTCTAATGTCTTAAATTAAGTATTGCTAACAACCATATTATAAGGTTGTTAGAatgataaataattaaaatatatttcaccACCTGAGAATGTAATAGCTCCTatgctttaaaaatgttttcaattaCTAGGTAAAGCTTTGTAGTGTGGGTACCTGTGCTGTGATCATCTTCCTCGGGCGCTGGGGGTCGGGGTACTCGTCTCCAAAACATAGCACCACCTGGTGTCTCGGTAAATGTCGGCCATTATGGGCAAAATCTTGAAGCT

Function

GO:

id name namespace
GO:0005085 guanyl-nucleotide exchange factor activity molecular_function

KEGG:

id description
ko04670 Leukocyte transendothelial migration

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
XR_005640771.1 lncRNA upstream 150388 22307767 ~ 22314947 (+) True LOC120568744
XR_005640796.1 lncRNA upstream 226830 22235912 ~ 22238505 (+) False LOC120568856
TU157612 lncRNA upstream 228736 22234819 ~ 22236599 (+) True LOC120568856
XR_005640669.1 lncRNA upstream 428385 22025113 ~ 22036950 (+) False LOC120568180
TU157787 lncRNA downstream 274280 22747120 ~ 22747732 (+) True G117077
TU157795 lncRNA downstream 279412 22752252 ~ 22754490 (+) True G117082
TU157860 lncRNA downstream 445036 22917876 ~ 22918106 (+) True G117128
TU157944 lncRNA downstream 900870 23373710 ~ 23374199 (+) True G117187
TU157950 lncRNA downstream 904293 23377133 ~ 23378516 (+) True G117190
XM_039816503.1 mRNA upstream 196776 22257208 ~ 22268559 (+) True LOC120568797
XM_039816575.1 mRNA upstream 239209 22220708 ~ 22226126 (+) True LOC120568851
XM_039816573.1 mRNA upstream 254597 22204495 ~ 22210738 (+) True gpaa1
XM_039816586.1 mRNA upstream 261142 22201552 ~ 22204193 (+) True exosc4
XM_039816585.1 mRNA upstream 264687 22189503 ~ 22200648 (+) True prkacbb
XM_039814973.1 mRNA downstream 14997 22487837 ~ 22495325 (+) True ripk1l
XM_039814975.1 mRNA downstream 43438 22516278 ~ 22524115 (+) True mep1bb
XM_039815106.1 mRNA downstream 135209 22608049 ~ 22614189 (+) True LOC120567968
XM_039815107.1 mRNA downstream 135215 22608055 ~ 22620131 (+) False LOC120567968
XM_039815105.1 mRNA downstream 135215 22608055 ~ 22614189 (+) False LOC120567968
XR_005640709.1 other upstream 567944 21870953 ~ 21897391 (+) False LOC120568354
TU157037 other upstream 1550047 20882706 ~ 20915288 (+) False LOC120568904
XR_005640618.1 other upstream 2089702 20373235 ~ 20375633 (+) True LOC120567833
unassigned_transcript_559 other upstream 2948390 19516853 ~ 19516945 (+) True trnar-ucu_13
TU156400 other upstream 3446609 19017058 ~ 19018726 (+) False LOC120568770
TU157733 other downstream 135224 22608064 ~ 22612409 (+) False LOC120567968
XR_005640697.1 other downstream 168670 22641510 ~ 22678731 (+) False LOC120568311
TU158062 other downstream 1204239 23677079 ~ 23685804 (+) True LOC120567964
TU158130 other downstream 1378039 23850879 ~ 23855157 (+) True G117319
unassigned_transcript_561 other downstream 1395414 23868254 ~ 23868325 (+) True trnaw-cca_13

Expression Profile