RNA id: TCONS_00006677


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00006677
length 117
RNA type rRNA
GC content 0.49
exon number 1
gene id XLOC_003409
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007122.7
NCBI id CM002895.2
chromosome length 45484837
location 21052228 ~ 21052344 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

GCCTGCTACtgtagctctctgcaactctcacatggtcacccactaaaGTTAAGCAAGGCTGTGCCCAATCAGTACTTGGAAGAgagactacatgggaaagctagattgctgctGGAA

Function

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000175181

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00008589 lncRNA upstream 121904 20928241 ~ 20930324 (+) False XLOC_003407
TCONS_00008588 lncRNA upstream 121904 20928241 ~ 20930324 (+) False XLOC_003407
TCONS_00008587 lncRNA upstream 121904 20928241 ~ 20930324 (+) True XLOC_003407
TCONS_00008586 lncRNA upstream 161347 20888110 ~ 20890881 (+) True XLOC_003405
TCONS_00006647 lncRNA upstream 2218982 18832913 ~ 18833246 (+) True XLOC_003395
TCONS_00006682 lncRNA downstream 133125 21185469 ~ 21186684 (+) True XLOC_003413
TCONS_00008590 lncRNA downstream 250368 21302712 ~ 21306762 (+) True XLOC_003414
TCONS_00008591 lncRNA downstream 354343 21406687 ~ 21408834 (+) True XLOC_003415
TCONS_00008592 lncRNA downstream 560327 21612671 ~ 21627413 (+) False XLOC_003417
TCONS_00006685 lncRNA downstream 560327 21612671 ~ 21672419 (+) False XLOC_003417
TCONS_00006675 mRNA upstream 146050 20899029 ~ 20906178 (+) True XLOC_003406
TCONS_00006674 mRNA upstream 152961 20896122 ~ 20899267 (+) False XLOC_003406
TCONS_00006673 mRNA upstream 154154 20896122 ~ 20898074 (+) False XLOC_003406
TCONS_00006672 mRNA upstream 225475 20371206 ~ 20826753 (+) True XLOC_003404
TCONS_00006671 mRNA upstream 677449 20371179 ~ 20374779 (+) False XLOC_003404
TCONS_00006678 mRNA downstream 1144 21053488 ~ 21061302 (+) True XLOC_003408
TCONS_00006679 mRNA downstream 24528 21076872 ~ 21086254 (+) True XLOC_003410
TCONS_00006680 mRNA downstream 43995 21096339 ~ 21099783 (+) True XLOC_003411
TCONS_00006681 mRNA downstream 85604 21137948 ~ 21139503 (+) True XLOC_003412
TCONS_00006683 mRNA downstream 533991 21586335 ~ 21598527 (+) False XLOC_003416
TCONS_00006668 other upstream 1019043 20033066 ~ 20033185 (+) True XLOC_003402
TCONS_00006652 other upstream 1961416 19060099 ~ 19090812 (+) False XLOC_003396
TCONS_00006645 other upstream 2375671 18676442 ~ 18676557 (+) True XLOC_003392
TCONS_00006630 other upstream 3067454 17964689 ~ 17984774 (+) False XLOC_003382
TCONS_00006627 other upstream 3538596 17441957 ~ 17513632 (+) True XLOC_003377
TCONS_00006686 other downstream 598178 21650522 ~ 21650638 (+) True XLOC_003418
TCONS_00006698 other downstream 1661671 22714015 ~ 22714131 (+) True XLOC_003425
TCONS_00006700 other downstream 2344926 23397270 ~ 23397385 (+) True XLOC_003428
TCONS_00006723 other downstream 3126479 24178823 ~ 24178938 (+) True XLOC_003444
TCONS_00006731 other downstream 3287018 24339362 ~ 24345423 (+) False XLOC_003446