RNA id: XR_005640644.1


Basic Information

Item Value
RNA id XR_005640644.1
length 4711
lncRNA type inter_gene
GC content 0.38
exon number 3
gene id LOC120567953
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_053122.1
NCBI id CM020919.1
chromosome length 39550354
location 13942055 ~ 13948115 (-)
genome version GENO_Pfluv_1.0_2020_eurasian_perch_Genome
species eurasian perch
(Perca fluviatilis)

Sequence

AGAACTGACTCCAGCAGCCACAGCGCTCAAACCCCGTCTGTGTTTTCGGTCACGGCTGGTGTGCGCGAGTGAAACCATTCAACGCGGACTGGTGCAAACTTTATTTAGTCTCCTTCACGCCATGGCCGAGGCCCTTTAAGACGTGACAGATGTCAGGACTTGTGAACTGGTAGCCGGTTTGTTGGAGTGCCAAAACACACCGGAACACGAGGTGACAGCAAGTGACAGGAGCTTTGATTGACAGGTGAATCATTTTGAATGGACTTGGATCTTTGTGATGCTGTTAGATGGATGCAGTGAAGCTCCGTGACCAGAAGCTGGTTTTAGAGATGAAATGAGCTGGGATTGGAAGGGAAGTTGCCTTTGAACGGCCGGAGCTGAAAAACACAgagcaaaaaaaggaaaacttaAGATTGAATATGATGACTTCTGGAACTTCTTGGGAGGCTGTGCTGAGATTGTGACTCATCCTTTTGGAGTTCTGCTTGTATTGATATTAATGTCTATCACCTCACTATTTTCACCACAGAACACCTCCATTTTCTTCTGGCTTCAACCTCCCCTCATTCATGCCAGCACTAGTCATGACAGAATAAGAGAAGCATCACTTTAATTTGATATAATTTTGCTACAAATGGGGCACAGAATTTGTTAAATGTAAGACCACATACATTGCCTTCCATAATCAGATTTGTAAAGATACATTTTCTTACTAAGTGTGTGAACAGAGCCTCTGTACTGCATGGTGTACTAGTGTATTGACTTGCTTGCCTGGATGTAAGCCATATAGATTTTGCAATATTTGTACTGACAATTCTGAGAAATTTGAGTTGCctaattatttatttcaaacTAATTTATTCAAGTAATGAAGAGCAAGGTGTGGGAGGCGTTTTGGGGAGGTGGGTGTGGATCACAGTATTAGCATAACAGAGCAGATGGACCATGGGTGTATTTTAAGACATATTATATGGACCTGAAAGCAGGCGGCATGCCTacaatttttttacaaatagcAAATATACTATAGCACACCTTACCACTAAAGACTTAATTACAATACATTTgtctataaaaacaaataaggaATAAATATGAATGCAAagactctctgctctctctacTGTAGATGTCCTACAGTAATGTCTTAAAATTGGTTCCTTATGATTCTCATCATGAGGAAACTTGTAAGTCTGTGGAATTCCTTCAGtaattgaaattaaataaatagttaaataaGATTAGCCAGAATCTTCTTACTGTTGAGTTTGAACCTCAGTGTATGTTACATGATAACACTCTGTAAAGCTGCGTTATATAAAAGTTCTCATCCATACAAATCCGGTCACCCAGGATGAATAGAATACCTGCAGGACAAAATATGCAGTTGAACTCCATGAGGACTTTTCTGGTTTCCACTtgctgtgtgtgttatctctctctatcttcctCTTCTTGTTTTCACTTGCTGTGTGTTACTGTAtctcgtcttcttcttctcctttctcACTCCCTCACAAACACCGGACACACCTGGTGTCAGCCTGAGGGCAGCGGAACAAAGCTTTCTACCTCCTACTCTTTTAGATTAATTGCCTTAGCTGGGTCCCGCCTTCTCTGAAtcccacaaaaaacacacacacgcgcacacacacagacagacagacagacagatgcacGCCTGTCATGTCATACACACTACCAGCTTGCAGCAATAACTGTCTTTATCTGTACATCTATAAGTAATGCTCATAGTTTTATGCTTAGCATTATCTAAGCCATTTGCACATAATttgcacatttattttattggtacAATTTACCTTAATGGTTGCCAGTGTTTGACTATAAAATCAGATTGACCCACTGTTGTCCGAAAGGGTAAAgtccagggcactttcacacAGTAGTCGTTGCTAAATcttttaatgtttacattaatgtGTAAGATGAATGTCTTGCTTGCATCTCAATTCAGCTTGGGGCAATCAGTTAATACACATTTGAGTGTCTGTCTTTCAGAACCTTATAGTGTGATGATAATAATTCTTGGCTTTCAGTTTGACACAATCAGTATATCATTGCAGTTGAGGTTGTAAAATGGAAATGTAAGGCAATGGGAACTTAAATGGAAATGTTATCTACCTAATTTGCTCATTTAATGCAGGATATTCAGTACATATTTACATCTAAACATACTtccattgtttttatatttgtatttgtatttaagtCGATAAATTAGAGAATAGACAAAGTCAGATTATTTGACAGTAGATGATGCTAGAAAATGTGTAGGATGTGATGTTCCTGTGCCACTGTGTTGAAGCTTTGATGTTTTTGATACCACTGGAGACTGGAGAGAGTAACTTTTAAAGCTAACAATATTGTTTAAAAATCTACTAACCTGTGTCGAAAGTATACTTTTGGCTAGTTTGTCTAGGGTCTTTGAAAATGAAAGGAACCGGACTCTTCTGCCCGAAATATTTAAACACAGACCTCTAAAGATGTTAACATTAAAACTGTTGTTACTGCTCTGAGACAGTATGATTACAGGTGATTGGACATGTAAGATGGGTTGAGAGAAAACTGGCATGACGCCCAGGGAGCAGTTAGAAATACAGGAATAGTATCAAATGCGGGCAGTGCCAACTCCCCAACAGGATGTAACAGTTTGCAGTCTTGCACCACCTTCCTGCATGAGTAAAATGTAATGACTCAGAGCAATTCAAGCTTTAGTTTATACTGCAAGTCCAAGTCAGTAATTAAAAATGACAGCCGGCGATTGGATGTCAGCGTGCCAGTTTGCACAACGACcatgtacaaaaaaacatggTCTCAAATGACGATGTACAAAAATCATTAATCTCATTCAAAGAGATGAGATGTATTGTTCCAGATTTAGCTACTAGCtaattttatataatattgCTTATTCTACTGTGCcaaaaaccattaaaaaaacactgtgAGCCAAACTGTTGACAAGTTCCTTCATTATGATGATCACAAGcaatgtagtttattttgagtaaaTTTTGAATGTCCTGGGgctgtaaatactcactagacCGCCAACCCTATATTaatccacagctgaaaatagtccccgaCAAATGCACTTATTATTCCTGCTCAAGTAACATTAtttaggaaataaaaaaaaagaataaaaaaaaaaaaagagtcttgCCACAGAGAGGGGGTGGGATGTAGAGATGTTGGTTCTTGAGGAGGGTCTTTTTTTGTCTTGCCATGAGGTGTGTTGGTGGTAAGAAAAACACCAGCCTTTAAGCTGTCACTTCTGGCAAAGGTAAGTTACTAACCGATTAAGTAATTAGGTAATGtctaaacaaaaataatataaatggaACCCTGTAATGGAGACTTGTGTGGCTAAAAGTATATTAATAATGTTAcattgtgatttattttcctTCTCTGTCCACTATGTTACACTTATGTACTATAGATGTGTGGGTGTGAGACACAGAAATAATGGTTTCCCCCCACTGTCTCCTCTGTTGGTGAGAGAAGATTGTGTTTCACTCCCCTCACCTCTTCATGGTGGCTCGTCTTCCTCGTTGCAGCTTTGCTTTGTCCTCAGGAGAGAATAAAGTTGGCCTAGCCTCTTAGTTCATCTCTTATTACCATAGTAGCCTGATTATGGGAGTATTATCATTTAGTGTCCATAGAAACCACATCAAAAGAGTTCTTTTACTAAACTGATTTAGAGTTAAATATATTACACATATAATGTATATTGAGTTTTAATGCTATGGTGAAGTTAGTGTCATGAATACCTCATGTGTCGGTATAAAAATTATTGATATAAATGGTTAGCAGACGAGTTTAAAATACAGCGCAGTCTAAGACAAAGACCATTGTCAGTGTTCAAGAGGTCCtggtaaaatgcaattcaaaacacttttttttttggtgagtgGTGCCATGTTGACTTCATCAGTGGGGGGAGGCAGCATGAATGAAAGGCTTTTCTGTTGACAGTGGAGTGCATGAATCAGCAGTGACTCTGCAATGGAAAAGACAGGAGAGGCAGGCTTTCTATTCAGTCTGATGAATCCTGCTTAATTATAAGCttatttaaaaagacaaagagcTAGGAGAACGGATGAAGAGCTTTATGTACTAATAATGTTTTCGTAATGATGTAATATGTACAGATGATCTTGTAAGTTTTGCGGTAAACTGATATCAGCAACCTAAGTTTCATACAGTTGGACTCTGGGAATACATTTTGCATTGTTTCAGACTTCAATTTGCATCATGTAAGCTTGATATGCAAATGTAGAGTGCAAGGTCACCATTTTAAGTTGAATACTCTCACCATGTCAAGGTGCCAACAAGCAAGGCACTTGAACACCAatctccagtggagctgctcagtgaccAACATTAAATAAATGGTGCTTTATTAAAAACCCAACCTAAAAACAATAGCTACCGCAACCAATGTTAAATCTGATGTTCAACCAACCCTTTACCCAAGAGCCCAGTATCTTTGACTGGTCATACTGTAATGAAAGAAGACAGACATGAAGTGAagccaacacacaaaaaaaagaaatacatgcaTCACTCAAACTTTATTATGGGCCTGAACTTTATTACAGCAAACTTATCAAGGAGTCAGCGGTCGTTagaggtaaaggtactttattgtcacatacacatagcgaaattcattctc

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU154129 lncRNA downstream 313388 13625776 ~ 13628667 (-) True G114257
TU154127 lncRNA downstream 316576 13622903 ~ 13625479 (-) True G114256
TU154108 lncRNA downstream 377252 13556604 ~ 13564803 (-) True G114247
TU154088 lncRNA downstream 392589 13533138 ~ 13549466 (-) True LOC120568710
XR_005640752.1 lncRNA downstream 392613 13536474 ~ 13549442 (-) False LOC120568710
TU154347 lncRNA upstream 1756 13949871 ~ 13952153 (-) False tfr1a
TU154346 lncRNA upstream 1852 13949967 ~ 13952153 (-) False tfr1a
TU154384 lncRNA upstream 101379 14049494 ~ 14055523 (-) True G114456
XR_005640651.1 lncRNA upstream 176588 14124703 ~ 14171474 (-) True LOC120568036
XR_005640652.1 lncRNA upstream 180204 14128319 ~ 14171474 (-) False LOC120568036
XM_039815061.1 mRNA downstream 26700 13888299 ~ 13915355 (-) True tnk2b
XM_039815060.1 mRNA downstream 119291 13774982 ~ 13822764 (-) False LOC120567950
XM_039815059.1 mRNA downstream 119291 13774982 ~ 13822764 (-) True LOC120567950
XM_039814928.1 mRNA downstream 254247 13661538 ~ 13687808 (-) False LOC120567848
XM_039814925.1 mRNA downstream 254250 13661538 ~ 13687805 (-) False LOC120567848
XM_039815199.1 mRNA upstream 1839 13949954 ~ 13968810 (-) False tfr1a
XM_039815200.1 mRNA upstream 1839 13949954 ~ 13968810 (-) True tfr1a
XM_039815201.1 mRNA upstream 4446 13952561 ~ 13968811 (-) False tfr1a
XM_039815202.1 mRNA upstream 30135 13978250 ~ 13984589 (-) False c11h7orf26
XM_039815203.1 mRNA upstream 30135 13978250 ~ 13984440 (-) True c11h7orf26
TU153973 other downstream 853492 13084561 ~ 13088563 (-) True G114152
XR_005640810.1 other downstream 1173430 12760915 ~ 12768625 (-) False LOC120568934
TU153584 other downstream 1339146 12601180 ~ 12602909 (-) False nedd8l
TU153382 other downstream 1723788 12218062 ~ 12218267 (-) True G113805
unassigned_transcript_557 other downstream 3053103 10887089 ~ 10888952 (-) True LOC120567758
TU154602 other upstream 665498 14613613 ~ 14615772 (-) False LOC120568687
TU154687 other upstream 847803 14795918 ~ 14797044 (-) True G114680
XR_005640598.1 other upstream 1342071 15290186 ~ 15304610 (-) False mfsd8l2
XR_005640597.1 other upstream 1342071 15290186 ~ 15304610 (-) False mfsd8l2
XR_005640842.1 other upstream 1463047 15411162 ~ 15411347 (-) True LOC120569139

Expression Profile