RNA id: XM_039817793.1


Basic Information

Item Value
RNA id XM_039817793.1
length 8446
RNA type mRNA
GC content 0.42
exon number 6
gene id LOC120569747
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_053123.1
NCBI id CM020920.1
chromosome length 39440604
location 26099440 ~ 26127111 (+)
genome version GENO_Pfluv_1.0_2020_eurasian_perch_Genome
species eurasian perch
(Perca fluviatilis)

Sequence

CACACATGCAGCAAGCAActacatttatgaaatattcCGACTTTGTCAGCTTCTCATTCAGCCGGCAGCTTCAGTCACCAGGACGGAATGGATGCCACGTAGCCTAAAGTACTTCACTCCAAAGACCAGTCACTGAGCTGTTAACTACCAGCAGTAACAGTGGGGTCTGTCAGGTGCCTGCGAGCTCACGGAGGGTGTGGAGCTGGATGTATGAGACAGCTTCATGGGCGTGAAAAACCATCTGGAGGATGGGACAGGCCACATCCTCAGCCTGGGGCTGGATCTAGACTACCTCCATGTGGAAGGTGCTAAGCGACAGGTCAGCCTGAGCACTGTGAGGGATCCTGGGAATATAGGGGTCTTAAACGTCAAAGCTGGTAACGGCAGTAACAGTATTGGTAGTAGTAGCACAAGTTTTAGTACTAATTCAAtctgtagcagcagtagtagttgCAGTAACTTCTCAGACAGTGACGATGAACGGCTCCAGAATGGGTCTGGTTCAGAATCTCAATACCCTCAGCAAGACCAGCCTCACCTACAGCACCAGGAGTCATCTTCAGTCTTTCAGACAGTCAGGCTGGACCTGGCACCAAACCGATGCCCTGGAGACCCCCCACAGCCAGAAACATCAACCCCCACTGACCCCGTCACAGACTACCGCGCCAAGGTGGAGTTTGCTCTCAAGCTTGGCTACTCTGAGGAGCTGGTGCTGCTGGTGCTGAGGAAACTGGGGGCAGACGCACTCATCAATGACATGCTGGGCGAGCTGGTCAAACTGGGAACCAAGACAGAGATGGAGCAACAAAGAGGTTTGACTGTCTCCCagtctccctccttctctttgtCATCTGCTTTggtctgctcctcttcctcttcttccttctcCAACTCCTCCACGGACTCTTGTCGGCTGCTGTGTCCGTCCCAGCTGCTGGAGGACAAAGAAAACCTTCGGCCCGTTGTGGTGGATGGGAGCAACGTAGCCATGAGTCATGGAAATAAGGAAGTGTTCTCCTGTCAAGGCATCCAGCTGGCCGTTGATTGGTTCTTGGAGCGAGGCCACCGTGACATTACGGTTTTTGTCCCTGCCTGGAGAAAAGAGCAATCACGACCTGATGCCCTCATCACAGACCAAGAGATCCTACGGCGACTAGAGAAAGAGAAGATCCTGGTCTTCACCCCATCTCGCCGCGTGCAGGGACGCCGTGTGGTTTGCTACGATGACCGATTCATCGTCAAACTGGCCTACGAGTCAGACGGCATCATTGTTTCCAACGACAACTACCGTGACCTAGCCAATGAGAAGCCAGAGTGGAAGAAATTCATTGATGAGCGTCTACTGATGTACTCCTTTGTAAACGACAAGTTCATGCCACCAGATGACCCACTGGGACGCCACGGACCTAGTCTGGAGAACTTCCTGAGGAAGAGGCCTATTGTTCCTGAACACAGGAAGCAGCCATGTCCTTATGGGAAGAAGTGCACATATGGCCACAAGTGCAAGTTTTACCACCCTGAAAGGGGTAGCCAGCCCCAGCGTGCCGTGGCTGATGAGCTCCGTGCCAGTGCCAAAATGTCATCAGTAGCTTCTAGAGGCCTACTGGAAGATGCCCTGATGGTGAAGAGCCAAAGTTCTGGTCAACCAAAAAGAACGACTGAGGCCGAGCCAAGTCGGGGCATTCCAAAGAAACAGCCAAGCCCCAGCCTTCGGGGGTCCTTCACTGACCTCTTGGAGGACAAGCTTCGGATCAAGTCCAAAGTGGAAGGACGTAGGGgaagcaacagcagcagcagcagcagtagctgtAGCAGTAGCTTTCTAGGGTATCCTGCTCCAGGCGGCGGGCCTTCATCAGGAAACTTTGACCGATGGGAGCACCCTGGGGGAAGTGGTGGAGGCAGCTTGAGGGTTGCTGGAGCATCTGGACCAAGCCAGACTGAAACTTACCACAGATGTGAGTCTCCAGAGCTGGGCTACAGCTCACTGGTAAAGGCCTACTCTAGCCTCAGTCTGGTAGTGCCACAGAGTCCTGAGTGCTTCTTCCCAGCTGACCTGCGAGCTGGATCACGACTGTCCGACTGTAGCAGTGAAGGCAGTGCCAGCTCAGACTCTTTCTCCCCTGACCCTTTGTTAGACGATGGTTCCAAGtgccaccatcaccaccaccatccTCACCACCATCATCACTGCTCTGGCCAGAATGCCCACCCTGTAAGCCGTGTTCCTCCTGGACTGGGCCAACATGCTCCTCATAGCTATCCTGTTCCTCAAGCACTACGGAGACAACATGGTTTTGGCTTGGAAGACCCCCCATCTTCTCTTACCTCTCATGTATCTCCACGTCCCTTCAAGTCCCCTTCACCCTACATCCCACCCCACCTTCGGCATCCATTGCTGAGCAGTTTCCCAGGGGAATTCCCAGCTCGTTCACCCCAAACATCCACTGCTCACTCCCACTCTCAGAGCAATTTGATGGGCTCCCTTTGGCAGGAAGGTGGGCTCCAGGACCCCCAAGTGAGAAGAAACCACTCGGGGCTAAACCAACAACCACAACATCAGATAAACTGGGACCCTCATTACCAGCAGCCCCCTAAGCCTTGCTATGATCCGTATGGCTTCCAGAGCCTTCCAGAAGTCCACGAGAAGGCTTGGCACTCTCCTTGGGGCAGGCAAGCCCATTCATCACCCCGTGGCCTTTCAGCATCCAGTCTTCCACCTCTCCCCCAGCTGTCCCTTCCATCTATCACTACCCACAAAAGCCACCTGTCCTCAGTGCCCCAGCAACAGGTACCCCCTGTCTCGGGTCAATACCAGGACCTTAGAGAGAGGGTGTTTGTTAACTTGTGCCGCATCTTCCCTCCAGACTTGGTGAGGATGGTGATGACCAGGAACCCTCATGTGGTGGATGCTCAGGAGCTTGCAGCTGCGATTCTGATGGAGAAATCGCAGCACGGTTCTTGAATTAAGCCAGAAGGTGGAGTTACAGCCTCATCTCAACTAGGCTCACTTCTGCAGGTTTATTTCTTCTTATCATCTTAATTATTAAAGTCAGGTTGGACATACACAAACCAAAAGCACAAGCTATGAAGCTCATTTAGCTGTTCATGGACTGCTTAATTTTATAACAGGGAACTTGTCTCAATATCTTTAATGGTATTTTTGTAAAGGGAAATTGccatatttttcaatgaatatGCTTGCAATTTGAGCACTTAAGATCAGGGAAAGTTGGGGTTCAATGTGCATTTTGTGAGCTATTTTGGGTTATGAGTAAATACCTAAAGGTAGTGTGCTAAGGGAGgcttttaatgtgttttaagGGTGACagtgttgtttattttaaattaatttatttgttatattttaagttattttgatgatttttttaaataattcggtttttggcactttttatgTTATTGCTGTGTTTCCTTGGCAATCATATCAGGGTATAAGTATATCTAATATTCCTATTTACCATCTGAGCGAAATACTTCTGTTTTCCAGTCATGAAGATGATGACAGCGTGGGTTatgtaaaataatatatttaatcgTGAAATTTCATTACACATCGCAAATATATTCCTACCTTATTTAATGTTGAATCAGCTAAACAAACAGATCAAGGGTTTCTCTCTAGACTGGCAGGTGGCCGATCAGATGCTGTGGTGAGATTTTGTGGATTTCCCCCACACGGAAGTGAAAGTCAAGCGGCACCGACAAAGAAGATAGCAAAAACTCCACTTGAAAACCCCAAGCTGTTATTCACTTTTGAATACGTCTATTTCCTCTGCTAGGAGCCCTGTCAGCTGACTTCACAGTTCATCAGCTTTCAGtactatttgtttttaaacatccCTCAGTTCTTTTCCATCTTTAAACCATATCAAAATTCTAAATCATATGAAGGTGGCTGTGGAGAGCACCAGAAATGTTTAGGGTTCAAAGAATATTgttggtattattattttaatttaaaatatgtgttaatttattacttttcaatgtgtgtgaatgtctgtCTTGCATGAGACACAGGGTCTCCGTTGTCAGTGGTGACATGACGAGGAGGGTTTAGCCGCCTCAAACAGGGTAAAACTCTTTTGTACCcttctgtaaaataaagccacagcTTTGCAGTAAAAGACAGGAACAGACTGGCAAGAGTTGGGAAAACCGTCCTCCCACAGACTATGTTGCCAGTCACTTAATATCATGGAGACACCTATAGATAGTAGTTTTTAGGTCTACAAACTTTTCTCAGATGCGCTAATAATCTCATTGGTTAAATTAAAACTCAGTTGTTTATTAAAGAAAGAAACtttaagaaaaatacaaaactaTAAGTGGTAATAACTTGAATTCATTCATTACATCAAGGACATGAACTAATTACCTTAGTTAGACAGCAATAAGCTAATATAGTTTCAACTTTGCAAGTCtagattcatttttaattttagatTTATCAGAggactgcaactaacaattacttCCATTACTAATTATCtgttaaaataattaatttgtatGAATCACTTCATAAATTAAATCGATTAAATGTCCAAACGCGGTACAAAGTCCGACCAAAAGTAAGTATTATAATTAATTTGACGTAATTTTAAACTAAGCATCTTTCCTTTTTATCTGCCTTCTCTTTCAAAGTATTTTTAGGTTGTCATCTCTTaatgttaagcactttgaaCTGTATTTGTTGTATGAAATAGTaatattcttatttttattattatctccACCAATGGGATTATTTTAATGTCTGAGGAAGTGTTTGTAAAGCTAAACTAACTCTTGCCTGGTTAGCACAATATGTAGTAGCCAGATGACACCTCTCTTTATTGATACAAATTGTATCCTATACACTTTTTTAAACAAGATCAATGTTATATATAAgaatatttaaacaaaaaatatttcgAGTTGAATATTTTGAGTATTTGTGGCAGATTTTGTCACCTATGGACATAGCCTTTATT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Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU171040 lncRNA upstream 899 26098273 ~ 26098541 (+) True G127095
XR_005641034.1 lncRNA upstream 14935 26081889 ~ 26084505 (+) True LOC120570231
TU170998 lncRNA upstream 273150 25825272 ~ 25826290 (+) True G127054
TU170754 lncRNA upstream 879764 25216958 ~ 25219676 (+) True G126904
XR_005640984.1 lncRNA upstream 882930 25213266 ~ 25216510 (+) True LOC120569827
TU171174 lncRNA downstream 140774 26267885 ~ 26268101 (+) True G127203
TU171175 lncRNA downstream 165332 26292443 ~ 26292789 (+) True G127204
TU171182 lncRNA downstream 225776 26352887 ~ 26356909 (+) True G127209
TU171246 lncRNA downstream 314285 26441396 ~ 26442298 (+) True G127264
TU171247 lncRNA downstream 350095 26477206 ~ 26483232 (+) False zmym2
XM_039819168.1 mRNA upstream 3443 26086729 ~ 26095997 (+) True LOC120570670
XM_039817102.1 mRNA upstream 25101 26027828 ~ 26074339 (+) True il1rl1
XM_039817101.1 mRNA upstream 25101 26027829 ~ 26074339 (+) False il1rl1
XM_039817103.1 mRNA upstream 83625 25995584 ~ 26015815 (+) True LOC120569283
XM_039817099.1 mRNA upstream 109805 25972198 ~ 25989635 (+) True LOC120569280
XM_039817850.1 mRNA downstream 187675 26314786 ~ 26373904 (+) True rnf17
XM_039817851.1 mRNA downstream 187675 26314786 ~ 26373904 (+) False rnf17
XM_039817854.1 mRNA downstream 268959 26396070 ~ 26410761 (+) True ttf2
XM_039818320.1 mRNA downstream 284366 26411477 ~ 26439285 (+) True mphosph8
XM_039818026.1 mRNA downstream 322332 26449443 ~ 26484088 (+) True zmym2
TU170822 other upstream 440714 25630107 ~ 25658726 (+) False cacnb4a
TU170823 other upstream 440714 25639806 ~ 25658726 (+) False cacnb4a
XR_005641105.1 other upstream 1232001 24867321 ~ 24867439 (+) True LOC120570682
TU169945 other upstream 3284338 22807193 ~ 22815102 (+) True G126363
XR_005641000.1 other upstream 4410638 21655131 ~ 21688802 (+) False LOC120569986
TU171231 other downstream 284400 26411511 ~ 26417667 (+) False mphosph8
XR_005641067.1 other downstream 2261539 28388650 ~ 28409839 (+) True prkag3b
TU171918 other downstream 2901791 29028902 ~ 29041224 (+) True G127814
TU172007 other downstream 3169373 29296484 ~ 29299361 (+) True LOC120569952
TU172063 other downstream 3332033 29459144 ~ 29459978 (+) True G127932

Expression Profile