RNA id: TU17438


Basic Information

Item Value
RNA id TU17438
length 1035
RNA type TUCP
GC content 0.39
exon number 3
gene id G13106
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_053113.1
NCBI id CM020910.1
chromosome length 48524041
location 309204 ~ 363950 (+)
genome version GENO_Pfluv_1.0_2020_eurasian_perch_Genome
species eurasian perch
(Perca fluviatilis)

Sequence

TGATCAACTGGGTCACAGTTTATTGACAGGTTACACTTCTTTCACCAAGAAACCAAAAAGCACTGACCAAAACATTCAAATAGCACTAAAAACAGATTCAGACCACTAGTCAGAATACAGGAAAGCTaacgaaaaataaaaaagtaaaaacgccaggggagggagagaggagtgtgtggagaaagagagagagagaaattaaaCTGGCACACTCAAATATTCAGGATATTAGGGCCAAACACTTGTCTCTGctggagcctgtgggatgtaaTGATCTGCTGTGTGGGTGGTTTGGCTCTTAAACCAGAAAACACTCCCCAAATTCCCaacatgtgtgtctttgtttgtgtgtgcatgccaaCACTGCTCTCACTAcagtctctggtgtgtgtgtgtgtctgtctatctgtctctctatgTATgcaagtgtctgtctgtctgtctgtctgtctctctatgtatgtctgtgtgtgtctctatatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatatatatgtgtgtgtgtgtgtctctatatgtatgtatgtgtgtatgtatgtgtgtatgtatgtatgtatatgtgtgtgtgtgtctctatatgtatgtatgtgtgtatgtatgtgtgtatgtatgtatgtatgtatgtgtgtatgtgtgtgtgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtgtgtatgtatgtatgtgtgtatgtatgtatgtgtgtatgtatgtatgtgtgtatgtatgtatgtgtgtatgtatgtgtgtatgtatgtatgtatgcatgtctttgtgtgtatgtatgtgtgtgtgcgtacgtatgtgtgtgtgtttgtgtatatatctatgtatgtgtgtatatgtgtgtgtaagtatgtgtgtatatgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtatgtataggtgtgtgtgtatacgggtgtatgtgtgtgtatatgcatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtgtgtgtg

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU17416 lncRNA upstream 13355 243739 ~ 295849 (+) True G13098
TU17419 lncRNA upstream 29898 258012 ~ 279306 (+) False G13099
TU17418 lncRNA upstream 50623 258012 ~ 258581 (+) True G13099
TU17327 lncRNA upstream 81121 173277 ~ 228083 (+) True G13035
TU17323 lncRNA upstream 81417 225730 ~ 227787 (+) True G13033
TU17458 lncRNA downstream 39425 364461 ~ 383817 (+) False G13122
TU17459 lncRNA downstream 39425 364461 ~ 374380 (+) True G13122
TU17464 lncRNA downstream 53469 378505 ~ 379682 (+) True G13126
TU17496 lncRNA downstream 88107 413143 ~ 550753 (+) True G13144
TU17497 lncRNA downstream 91266 416302 ~ 416570 (+) True G13145
XM_039791684.1 mRNA upstream 134055 158592 ~ 175149 (+) True LOC120553352
XM_039780996.1 mRNA downstream 61337 386373 ~ 387386 (+) True triap1
XM_039822841.1 mRNA downstream 228130 553166 ~ 570496 (+) True gpr171
XM_039822831.1 mRNA downstream 228131 553167 ~ 570496 (+) False gpr171
XM_039787484.1 mRNA downstream 493089 818125 ~ 842046 (+) True shkbp1
XM_039819667.1 mRNA downstream 660572 985608 ~ 989953 (+) False LOC120570981
TU17319 other upstream 134073 158641 ~ 175131 (+) False LOC120553352
TU17494 other downstream 61365 386401 ~ 446553 (+) False triap1
TU17495 other downstream 61365 386401 ~ 393047 (+) False triap1
unassigned_transcript_73 other downstream 316636 641672 ~ 641763 (+) True trnar-ucu_1
unassigned_transcript_74 other downstream 317466 642502 ~ 642593 (+) True trnar-ucu_2
unassigned_transcript_75 other downstream 319012 644048 ~ 644139 (+) True trnar-ucu_3

Expression Profile