RNA id: TU19151


Basic Information

Item Value
RNA id TU19151
length 10198
lncRNA type inter_gene
GC content 0.43
exon number 7
gene id G14353
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_053113.1
NCBI id CM020910.1
chromosome length 48524041
location 5548955 ~ 5559454 (+)
genome version GENO_Pfluv_1.0_2020_eurasian_perch_Genome
species eurasian perch
(Perca fluviatilis)

Sequence

AAAGTTTGATGCTATTTATTGAAGAGTCGTCCGTCCACAGAGAGTAAAATGATCCACAAGTGTTAGTGAGAAGTTTCCTTCTACAGagattaaaatatcaccgacaCATTTAAATACAATAACAACACAGTGATGACACAGAGaccacccccccaccaccccctcaGATAACAATGAAGCCCCGCCCACTTTTTACACCTGatcatctcatctcatcttGGGGTTTTGTCTTTACTAAACTTTCATTCtaccagtctgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtatgtatgtatgtgtgagtgtgtatgtgtgtctgtgtgtgtgtatgtctgtgtgtgtgtgtgactgtgtgtgtctgccattTTCACAATGAGAGGGTTGGGGGGCAAACGACTGATATGACGTATGATGATGTATGGTAtaaaccagtgtttctcaaatgggggtaggcgtccccctaggggtactttggaggactgcagggggcaCATGTCCCCCCTAGGAGTACTCTGCAGGGGGTCCCAGAGATATTttgctaaatgtttttcagttctaAAGCTGTTGGACCAGAACATCGTTCCTCTCTAAATGGACTTACTTTACTACCAAAgatgtgatgtttttgtcaccttctttggacctaatcttgccttcattccttccttccttccttctactgtcgTTTTTTGTAGATATTTTTGTCGCTGTATTTGAAGTTTGTCAATTTCGCTTTCAgaagtttttgtcccttttttagaCCTATTCTTTTTGGAATTTTCTGTCCCTTCTGTCGACCTGTTCTTGCCTTTTTTTGGCCATGTTAGAGATCCACTGGGTTTGggagacattttattttgtaggagGAAAGGGGTTCACTGTGTCATCtttcaacaaaacacaaaatgcaacatCAAATACACGTAGCACCAACATTAATTTCTGGCTAAATAAATACTCTGatgacatttacagtaaaaatataaaacggTCGAGCTCAAACATATATTTACAAAATCACAGAGAGATAAAAAAACAGAACCAGAAccacagacaaagaaaaaacacacaaaatatcgTTCCTAAATGACCGGAAAAGTCACTTGTTTCTCCTCAGTTCCTCCTGTTTAACTTTTGTAAATACGAAAACATTTTGGTTTGTGACGCGACTACAAACTTTCAGTCCAAACTATCAGACGTGTAGATAAATATTCAAGCGATGTATGACACAAAGAAACAGCCACGACTCGGATAAAAGTGGAGCTGAAgtttctggttctggttctgcaGCTTTCTGTTGAGATGTTCGACTCGGAGTCGGCCTCCTGCACGCCGGCTGCGTGGCGGGAGCGTGTCGGCTGCGTGGCGGGAGCGTGTCGGCTGCGTGGCGGGGCcgtgtccgtttttatttcagctcccatgttaacaggttagagcttaacATGCAGGCGTGACACGCGCGTCTCGTATTTCGCGTGACAcgccagcgtgttggaagcgtttccagacaacatagaataggaaaagatgtttatatgttatTTTGACACTACtacatttaataaattacattttgatgctTGAAAGTCTTGAGGTTTTGACAAAAaagcagatatataaatgtaatttaaaaaaataagaattatcgattttcaataTATGGCACCAgctgtcaatccagaaggaaatattctggagcctattctgccgtcaatactgccgacgttgtctttgctgtaatcagatcagcatatatttatgtttatgtttatgggaaacatccatgtgtccagacaaggctagcagcagcagcagcagcgccgcgtcagacacgtttctgttgtgtaaagacatagaaaacgccacgcagctgactcGCCGCGCAGCTGACTCGCCGCGCAGCTGACTCGCCGCGCAGCTGACTCGCCACGCAGCTGACTCGCCACGCAGCTGACTCGCCACGCAGCTGACTcgccacgcagccagcgtGCAGGAGGCCTAACAGGACAGATCATCACAGCTTGCTGCTCTCtttgggttgttgttttttttttaatcttttttacACTGAAACTGAAGAACATGAATAAAGAAGGTAAAGTTTATTTCAGCGAgaaactcagaaaaaaaaagtccaatcTGAAACAAATGTtcatcgtttttttttctctccacaaCTCAGGCTACGTTTACACATGGCCGGCTACTTTCAGAAACGGACATTTCACCctctctccgttttcaaaaaataacatcgtgcacagctgtcagttgttcgtttacacgcagcggtgtcaaactcattttcccagaaggccacactggaaaaagaggaTCACACCGAGGACCAGACATGGAGAgcttattgacgtgcttttagttactgcatgtcacttattttcttttttatcacttattttgttgtttttattccgacttttttgtggctttctcagacatttgtcacctttttgtaaatttgttgctttttccaacatttttgtacactttttgttgcatttttgttgacatgaagccctacaaaagtcatcaagccatcctagaatttagcaaatcaagcaaaacaaagataaatatttttttaacaacaaccagtttcacagcctgaatatgaaaactctctctctgcttctgacttTCCGAGTCTCAGAGTCAGCAAATCTGCCGTatgtctgctttgaatgtcaggtaatttcagtttaaaaaaacactttcctttgtttttggtttggcacaCAACTAGcggggccaaaatttattgtgaacccaaattgatgtACGGGccagatctaaatctgcaacgggctggatttggcccgcgggccttgagtttgacacatgtggtttACACAaacccgtgtatatatatatatatatatatatatgccgtcaagagcacgccaaacctgtaggtggcagtgtaacgagaagctcaagcccacgttagccaatcagaattctCCGTTTGCACAAACAAaggaaatgtctcagtttttcaaaaataaccacgtacgtgtaaacgggatatgaaagatattcagtttcctgtcacagaggagtgaagaaactagcagatattcacatttaacaaagcTGGAATCTGAGAAGTTtgacttttctttaaaaaaaaaaaaaaagactcggAGCGATTAATCGATTGATCGACtatgaaagaaaaacatgttttgaggTTAAATAATTTGTCAAATGTATTCACAGCTTCTCACGCGATTCTCTTAGTACTTTATTAACAAAAATACTGACTGACCAAAGCCTctcagctgaccaatcacaggccAATCAGAAGGGTTTTCAGTGCACTTCTGGGCGGAGCTGGAGGCGGAGCTAAAAGTTCACTAAGGTTGCTTTCTCTGTCGCTGCCCGATCGATCCGTACCGGAAGCCAAATTTGCGTTTTACCAACATTCCCCGACAGACTGTGAAAGCCACGTCttctagcaaacaacagaagcATGCCTAAAAGCTCCTGTGTGGTGATATTCACTACCAACAATGTAGAGAACCCAGAACTTAAGATTTTATAAGATGCCGACCCgaaaaaaactgagcttttatggagacaaaagtggatacagATGTGAGGAATCACCAGAGAGAATGGGGGAgacactaagctaacgttacgccCGATGTAGTCCCTCAtttctgtgtggactagctagaccttcctccacagtgctgcagaggaatatttaatgtaaaaaagtcaaaatatttaatgtaaaaaagtcaaaatatttaatgtaaaatgtaaaaaagtcagaatatttaatgtaaaaaaagtcagaatattttatgtctctctgctgattcctcaaCATCTGTttccacttttgtcttcataaaagctcagtttttcggCCCTATGTTCCAagatttctaagatttttttcaaaattaggccctatgttcccacattcccctttttcataaatttgtatcagattttatccccctaaccctaaaaatcttgtgggaggatagggcttaaattgaagggaaatgtagcaACAAAAGACCTAAttttgtgggaacatagggctgtgagaacatagggctgtgagaacatagggctgtgagaacatagggctgtgggaacatagggctgtgggaacatagggctgtgggaacaaagagctgtgggaacaaagggctgtgggaacatagggctgtgggaacatagggctgtgggaacatagggctgtgggaacatagagctgtgggaacatagggctatgggaacatagggctgtgggaacatagggctgtgggaacatagggctgtgggaacaaagagctgtgggaacatagggctgtgggaacaaagagctgtgggaacatagggctgtgggaacataaggctgtgggaacatagggctgtgggaacatagggttttGGGAAAATAGGCCCTAATTTGAagaaaattcttagaaatgtgggaacatagggactaattttcagtgaaaacaatttcttagaaatgtgggaacatagagctgacCCCAAAACTTAAGTTCTGGGTTCTCTACATTGTTGGTAGTGCATCCCAttacacagcagcttttaggcatGTTTCCGTTTGTTGCTATCACATGGAATAAAGAGGAGAAAACCTTCACACTATACAAGTCAACAGAGAGCGTAGAATTTTCCCCCACAAGGTTGGGGCGGGACTTACATGCGCTCTTGGCGTTTTCTTTGGCAAAGTAATAAGCTGCCCTACTCTGCCtgtgattggctagtactcgttgccttcgttggttggattggttaggTTTTAGGCACGAGGAGTGAAACATCAGAGCCAAACAGAGGCCGAGTAGGGCAAGACATTTCTAGGAAAATGCAGATTGGCGTACCAGAAACCTGATTTGTtctatgtgtgcgtgcgtaaaGATGGTATCAAGGCAGTGACCTTGATTGGTCAGagcatatattaaaaataaaattgggTTTTTCCGGTAT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Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU19158 lncRNA upstream 16826 5531304 ~ 5532129 (+) True G14359
TU19130 lncRNA upstream 20336 5513801 ~ 5528619 (+) False G14344
TU18873 lncRNA upstream 131820 5415868 ~ 5417135 (+) False G14187
XR_005638153.1 lncRNA upstream 162650 5383630 ~ 5386305 (+) True LOC120553302
TU19171 lncRNA downstream 64222 5623676 ~ 5633716 (+) True G14372
TU19176 lncRNA downstream 76190 5635644 ~ 5636188 (+) True G14376
TU19810 lncRNA downstream 161779 5721233 ~ 5721444 (+) True G14761
TU19817 lncRNA downstream 187087 5746541 ~ 5747066 (+) True G14767
TU19822 lncRNA downstream 210762 5770216 ~ 5770555 (+) True G14772
XM_039785768.1 mRNA upstream 1622 5543291 ~ 5547333 (+) True LOC120549121
XM_039821261.1 mRNA upstream 87445 5447146 ~ 5461510 (+) True LOC120572059
XM_039819901.1 mRNA upstream 318510 5219650 ~ 5230445 (+) False LOC120571154
XM_039785737.1 mRNA downstream 82200 5641654 ~ 5711859 (+) True col4a3
XM_039786321.1 mRNA downstream 156816 5716270 ~ 5720289 (+) True sst1.2
XM_039785093.1 mRNA downstream 178684 5738138 ~ 5743105 (+) True sst1.1
XM_039779094.1 mRNA downstream 453394 6012848 ~ 6013786 (+) True LOC120545109
XM_039779274.1 mRNA downstream 509971 6069425 ~ 6070366 (+) True LOC120545182
TU19140 other upstream 27074 5510757 ~ 5521881 (+) True G14344
TU19135 other upstream 30806 5513801 ~ 5518149 (+) False G14344
TU18878 other upstream 460283 5087824 ~ 5088672 (+) False G14187
TU18942 other upstream 1021578 4500173 ~ 4527377 (+) True G14209
TU18980 other upstream 1128133 4367603 ~ 4420822 (+) False G14246
TU19963 other downstream 848589 6408043 ~ 6413375 (+) False spcs2
TU19929 other downstream 855133 6414587 ~ 6416070 (+) False spcs2
TU19934 other downstream 855133 6414587 ~ 6415544 (+) False spcs2
TU19935 other downstream 855133 6414587 ~ 6415544 (+) False spcs2
TU20165 other downstream 1413391 6972845 ~ 6989396 (+) True G15019

Expression Profile