RNA id: XM_039823114.1


Basic Information

Item Value
RNA id XM_039823114.1
length 6592
RNA type mRNA
GC content 0.41
exon number 3
gene id LOC120573398
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_053125.1
NCBI id CM020922.1
chromosome length 39125861
location 38229862 ~ 38252888 (+)
genome version GENO_Pfluv_1.0_2020_eurasian_perch_Genome
species eurasian perch
(Perca fluviatilis)

Sequence

GGAAGTGCCGTTGTTCCCCTGTGATATATCTATATGTCTCGTGCTGGCGGTAGAATAGCTGTGTAGTGTGTTAGCTGCTGATCTTATTGGACCGTTTTAGGAGACAGAGCTCGaggtaaagacacacacacactcaggtaaagCCTCTAATGACTGCTCTTTATCACGGAGATCAAAGCGAGGAGAAGGCTGAGCTGCGCATGCGCCGACACTCAATGATTTCTGAATCCAGAGTGAGTCCAGCAGCCCCAGTGGAGATCTGAGAGGAATGGAGgacaaccagaaccaggagcACCGGACAAACGAGGTCCCCAGGAgtccagcagcagactgggactctgataCCAACGAGGTCCCCAGGAGACCACCAGCAGCAGACTCAGACTCTGATAGCAGCCATGTTCAGAAACTGAGAGGAGGAAAGGGACCCAAACGTCACCACTGtcaacactgtgacaaatccttcaaAACCTCTgcatatttaaagattcatcagagagttcacactggagagaatctacacagctgtgatcaatgtggggcagctttcataCACCAGTGTCACCTTAAAGCACATCAGTGCATTCATGCTGGAGATAAACCTTACAgatgtgatcaatgtgggacaGCTTTCGCACGACAGAGTAACCTAAAAAGCCATCAACGCGTTCACGCTGGAGATaaaccttacagctgtgatcaatgtgggacaGCTTTCAAACGACAGAGTACCCTAAAcagacatcaacgcattcacactggagataaaccttacagctgtgatcaatgtggtaaAACCTTTACTAGGAGTAGTGAAATAGTAATCCACCGACGTATTCACAccggagagaagccgtactggtgtgaacaatgtggtaaAACTTTTGCTCGTAGTGGTAGCCTTTACTCTCACCAGCggattcacactggagagaagccgtactggtgtgatcaatgtgggaaaatgttttctgaaaataGTAGCCTTAAAACTCACCAACgcatccacacaggagagaagccgtatgggtgtgatcaatgtggggcagcttttgCTCAGAGTAGTACACTTAAAGCTCACCAGCGCCTTCACACTGCCTCGTAGTGAACATGTTTcagagccaagctgtttcctcctgcctcctcctcatgccctgatagctgagttgttatattctgatcttctctccacattgaaggctgaccagcAGTAACTTTATCTTCTGAACACCATGGATGATATTCTGGCTACCACTACACATTACGCTCCTTCCCTTTCAAGGGATTAATTCCACTCAAAATTAGCTTTTATTCCTGTAATGAAATATTTTGAGTTCAGGGTTCAACTGGTAGCGCTATTTAACTAATGCTGCAACGAAGGAGTATTTGTTCTTAATTTGAAAAATCCCATCAATGTTTACTAAGGTAATCTCAAATTACTGAAATATTTAGTCTATTGTCCCTTAAGATGAAGAAAAGAAGCATTCATAACTGGGAAGCTTTAATCAGAACATGTctgctgctttaaaaataacttaaccagttaatgtgtttaaactGCGTTTgtgccgccgccatcttgggacgaacaactaaagtaactatttgcaacttaaaataatgtttccaaaattgtttcagtggttcatcaacttgTAACAGGGTGAATGGCTCTTTGCTGCCCTCTACCGGCTATAACCAACTaagcaagtttgccagatcgggtagctgatctgtagttccaatgagacataATCTTAATGGGACAATTcctcttccaacctgtagggggactgagagagaaaagttacatagtgttgctttaaaggacaaatccggcacaaaatgaccctaggggttattaacacgtgtaccgagtcgaccgttctctgggatctgttttcatgctaatccaaTGTGATCAGTTTTAGTGCTAACTGCTAATTAGCTCATAACGCTAGtagtcggggcagagggtaaagtaaaaacaaatctctatttctccaccactaacaaggctcaaaatatcaccacacttccacggtagcataatgagggtccctacatgttaacccCAGCATTGAGATCTTTGTAAGtgcacagacagtttattaaaaagatagtatAGAAAGACATTACCGTTcatgtatacaggcaggcgccatcttggaaaaacAGTCAAGACCAGTCGAACGGCGAACGCCGTGCAGCGGGAGCTGAACTGTCACTTGAAATCTCCCGTGGTCCGTGGTTTCCCAATGGGTCGTTTGTGAAATGTGACTACGTGGGAATGCATGAATTATAtctgtttattaaaatatatggGTGACTAACTACAAGGGTTAGGGTTCTACTGGTCCTGACTGTTTTCCCAatatggcgcctgcctgtataggTGAACGGTAATGTATTTCTAGACCATTGgcaattttagaccctttttaggggggctcaagaaacatagtgttggccaatcagaggaggttATGGTGTCAGACTCCcacctttggctgagtctctatctgatctgttagagggagagcaggagactgttgggtagtttaaggttggtagtccccagagaagaaggtGGTCATTTTATGTTTATTAGATTATAGCCCAAATTGAAATGTAAGCAACTGAAATTGCTGAATCTtggaacattgtgtcaaattacAGACAGACTCAGATCACCAGAGCTgttgtaaacagggactgtgaGGTTCCTTTTAGAAAAATCTATTAAAGCAGGGATGTCCAAACGTTTTTCACCAATGGCCACATACAGAAAAATATAGGAAGGGCTGGGCCACTCAGTAGGGGGGAGATTCTCAACACAGCCTCAGATTGATTCTTCAGTCAGGGTGGTGATCCCCTTCACAGCCCTGTATAAAGGGGGAAACATAAGGGGATGGGTATATTTTAGGCTTGCTATGCAAATAAGTTATTAGGGTTGTTAACACACCAACTATagtttgttaaaaaatattatCAACTTTAATTGAGTGAACTAATGAAGTAATTGTGCTTATTAACACATGATTACTGTGTATTATATTTCTAATTTATCTATAATGGGAGCAGCATTGCACTCAGTGGGAGCAGTGATGCTGAGCTTTGGACTGAAGGATGGCTGGCAAGTCAGGAGTCAGTTTGGTGGTTGAGATGGCTGTCGGTCATTGTGGTTCTCAATCTGCTTTTATTCAGAGTTAACACAGAAAATGTTTGCTCACATATGCATGTTGAGCCGAACAGACTCATCATTCTTTTTGCGTGGTGTCTCATCAGAGGGAACTTGTCTTTTTCCAAGCCTTGGTAGAAGTCGCGTAGAGAGAGAAGCTGATTTTTCTTCTCCAGAGAATTATCACACTGCATTTCAATAAGTTCTACTTTGAGTCTCTCTTCCAATTCTGCTGTGTGCACCAGGAAGGGAGTCGAGAACACTTTGATGTCTTTCTCAATGACAGAAAAATCTTTTTAAGTGCTGACTGAATTCTGTGATGAGAGATGTGATCACAGACACGTATTTCCCATTTTCAGCAGAAAGCTTGGCATTTGGAAAAGCAGATTTGATTTCGGACAGCGTGGGGAAGTGTGCCACATTGAAGTTGCGTAGTTGCATTTCAAAGTGACGGAGCTTCACGAATGCTTTCATGTGTGCGAAAAGTTGTGGCACGAGCTGATCTTTGCCTTGTAGGCTCTTGTTCAGTGTGTTAAGTAAGATCAACTAAAAAAGCCAGGTCTGCTAACCAGAGAGGGTCACTCAGCTCATGAAGAGGCCGGTCCTTCTCTTTCAAAAACTGGTCCATTTCTGATctcaggggggaaaaaagctgCAGCACATCAGAGTGGTAGAGTATTCAGCATCAACATCAGATAGAAAAGCTTGGAATTGTCTGTGGTAGAGCCCTCATGCTCGAATTATGTTGACAGTTTTCACAACAGTGTCCATCACATTGCCAAGCTGGACTGTCTTGGCACAGAGGGCTTCTTGGTGGATGATACAGTGCATTTTAACAGCCGTGGCTCCACTGTCTTACACCATAGAGGCCATTCCTCTGCGTTCGCCTGTCATTGCTGGAGCCCCATCCGCTGTAACTCCACACAGTTTGTCCCATTTAAGTCCCATCTCGTCAGTTGCATTTGACACAAATGTCCTTACCCGTCCTTACACCTTTTAAGgtggttacacaccaaccagactgCCGAccgtctccccgagttggtccaaaaagttcctcagaacacaccaaaaggacgagacgtaatacgtctctataacagcaggcggcgctaatctgtattgttgcccaaaaaaattaaaaccggcagctgattggacgaacgcgtcacgtgggtcatTCTGGTTCCCAAAAACAAAGCTCGCTGCCATTTGCTTAACTTTCTGTTCTCTCTCAGCACCAGTGGTAGTCTGGATGCTTGGTTTCATAGTGTGGTCCTACATGATAGTCTTTCATCACTGCAACTGTTGCATTACAAATCAAACAGACACACTTCCCCTTGACTTCACTGAAGAAATATGGCACTCACTTGCTATTTTTCGTTTCTTCGGATCTGCCATTTTTGGGACAAAGTTTTTCTTTGACTGCTCTTGTTTTGTGTTGAGGCTGTCTTGTTCAAGACAGTAGCTCCCCCTAGCGGTAAAACTAAGAAGTACAATACAGTCGAGCACGAATTTCATGCGTGGGCCATATGCCATTATATTTTTAGAATTTGCTACGGGCCAATTAAAAATGTAGTTTGGACACCCCTGTATTAAAGGTAGTGCATTATAGAACATGCTACCCCCCAACTATAAGCACTAAAACTGGTCATAttggattagcatgaaaacatatcccagagaacggtcgactcggaacacgttattaacccctagggtcattttgcgccggatttgtcctttaaagactaataaatgctaaactaagcaacatggaataacatttcacagataaagaCGTTTTACAATATTTAAC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Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU202800 lncRNA upstream 74509 38152222 ~ 38155353 (+) True G149902
TU202797 lncRNA upstream 86636 38141864 ~ 38143226 (+) True G149899
TU202758 lncRNA upstream 201285 37959920 ~ 38028577 (+) True G149878
TU202828 lncRNA downstream 883 38253771 ~ 38368000 (+) False G149912
TU202760 lncRNA downstream 32950 38285838 ~ 38456157 (+) True G149880
TU202831 lncRNA downstream 34328 38287216 ~ 38289354 (+) True G149914
TU202829 lncRNA downstream 69658 38322546 ~ 38323124 (+) True G149912
TU202846 lncRNA downstream 87006 38339894 ~ 38340425 (+) True G149925
XM_039823099.1 mRNA upstream 123667 38064701 ~ 38106195 (+) True LOC120573389
XM_039823097.1 mRNA upstream 123667 38064702 ~ 38106195 (+) False LOC120573389
XM_039823124.1 mRNA upstream 166400 38035815 ~ 38063462 (+) True eif4e2rs1
XM_039823126.1 mRNA upstream 166400 38059023 ~ 38063462 (+) False eif4e2rs1
XM_039822680.1 mRNA upstream 279763 37911219 ~ 37950099 (+) False LOC120573166
XM_039823128.1 mRNA downstream 94768 38347656 ~ 38352838 (+) False LOC120573406
XM_039823127.1 mRNA downstream 94826 38347714 ~ 38352838 (+) False LOC120573406
XM_039823123.1 mRNA downstream 171989 38424877 ~ 38428658 (+) True LOC120573404
XM_039823122.1 mRNA downstream 199115 38452003 ~ 38456179 (+) True LOC120573403
XM_039823102.1 mRNA downstream 290230 38543118 ~ 38561745 (+) False LOC120573390
TU202708 other upstream 381286 37843221 ~ 37848576 (+) False G149853
TU202698 other upstream 414983 37803093 ~ 37814879 (+) False G149853
TU202665 other upstream 548753 37676995 ~ 37681109 (+) True G149843
TU202808 other downstream 11549 38264437 ~ 38351833 (+) False LOC120573406
TU202809 other downstream 11549 38264437 ~ 38351833 (+) False LOC120573406
TU202810 other downstream 11549 38264437 ~ 38351833 (+) False LOC120573406
TU202813 other downstream 11549 38264437 ~ 38351833 (+) False LOC120573406
TU202806 other downstream 94676 38347564 ~ 38351833 (+) False LOC120573406

Expression Profile