RNA id: TU205092


Basic Information

Item Value
RNA id TU205092
length 8827
lncRNA type inter_gene
GC content 0.43
exon number 3
gene id G151347
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_053126.1
NCBI id CM020923.1
chromosome length 38831509
location 3253008 ~ 3261883 (-)
genome version GENO_Pfluv_1.0_2020_eurasian_perch_Genome
species eurasian perch
(Perca fluviatilis)

Sequence

tgcattttattacatttctgcactatgggctttttttttgcattgtttttcttttacaacAGTGGCTAGTAAATATGTAGCAATGTATGTAAAGGACAACAGTCAGAAAGTTGTTGCTGTAAAATAAGAAATCAAACACTTGGACAAAGATGGACATGACAGCAACATCACAACTTCAGACGTTAGGAATGAGCGTCAAAACGGCACACAACAGAGCAGCTACGCCGATTTTGGTCGATTTCTCAgtctaaaatgtaaaatttaTAAATAACTAATTtcagtagtaaaacataaattCACTAACTGATgacgtgtaaaaaaaacacttgaataaataaaaaaaagtgtaataaatagaatagaaaagcaatcaaataaatatacatgagcaataagtaaaaaaaaattaaaatatttgacacaaaataaaGTGCAATTTTCTCACATCAcacagaacccccccccccccaaaaaaacacagatcCAACATTGGGATATTAGTCTAAAGAGCTCAGACTGGACAACTCGTGTGAAATTGATCTGAATGGGTTCGTCAACACAAGAATTATGCATCCGAATAATAATGTATGAAATGGAAAGATCCCCAGGCAAAATGTACACCCTCCTTTCTTTGCGCATCAGTACAGTTGGTGTAATGAGACATGTCGTCCACAAGGTGGCAGCCTAAGACAGATTAGTGCCCTATAGGGGTACTAGGTCTGATCCTGCATAGTGTCCAAAAACTATCGAGATCTTTTTTTCTATACTACACAAGAAACAAACACGACCTCACGCACTAAAATATTGTCTCAACACACTCTACTACTGTATCACTGACACTAAGAGTCCCCTGTTTTATAAAACTGGGCACTATTGGATTGCATATTATACATTTAAgtgtaaagaaaaagaaaaagaaatcacatCATTCTTAAATAAAGACTGGCACTTTTCCTTCACACGTAACATTacacaatatactgtacatctgcATAAATAGAAAAGAGTTAAGGCTACATCTACGCTGctacgttttcatttttaagcggcatttttgagacaaaaaaaacgatctccgtccacacaagagtttcagctccagtagcagaactaatctctgtccgtattaacacgtctgacatcacatatcacatgaccagggctttaaattgatTTGTCGGGTAACATTGTAAAGTCACTAGCCGATTTGGCCGGTGATGAATGAAGCAAATAACTCTGTATCTGTTTGAATCGGCCGGCTGCAGAAATGTCGCCAGATTGGTCGGTTTTCCGCCAAAAGATTTTGGGcgtttttgtgtgcgtttggCTTGGAAACATAATCTTTATCCGACAACGCTGCTTGTAGTACTGATCCGGggtcagcccaatggtcccacagccctatgttcccacgtttctaagatttttcttaaaataaggccctatgttagggttacagtccatctgtagtccattgctactggataatatgttgggtgtaattggttaccaaattgggagaaagggggctCAAATCTGATAAATGTgcgaacatagggcctaattttggaaaaaaaaaatcttagaaatgtggtaactgtgggaacatagagcctaattttcagtgaaaaaaaaaaaaatcttagaaatgtaggaacatagggcctaatttagaaaaaaaataggcacgcataggcacgctccccctGATCGTACATTTTCCATGAGCAGTATGTCGTGACGTGTCGTACAACCGTTGGCTACGTTCAGAGCGTGAGGTATCGATTACGAGCTACACTGAAACAGAGAAGACGAACGGAAGGAAACAAACAAGAGGAGCTGAGATTAAAGTAAAGTTAGTTagggaaaaaactaaaacaaacgtGAGGCTAGGGAAAAGTCTaattggctggtaactttaaaaatctactagccatgttggctggtgatcaaaGAAGTCCATTTAAAGCCCTGCAcatgaccattcacacacactgggcatgtgtgtgtcggtgtaaacaggaagcagattgtctgacgttactctgTGGTTGATAATCATGGATGTAGAATttgaaaacacagaaaatactttggagacAGAACGGTGAGAAGTAATAGCAATTGATTCATTATCTTGGAGCGACGACGAGGTCCGTAAGCTGCCTAACCGATAAGACCGACttactagcctagaaatctagacgctaattggttgtagcgctatcctatagCGTGAAGATGGAATttaaaagacaaccgtttatcccgcccctcggattgagccctgccaatggcgagttcccagacccaacatctggatgtgggtctggcttgtcaggctaaacACGAGGCGTAAACcaaaacgtagtagtgtagatgtagcctgagTGAAAGAGCATTTCTAGCCTACACCCTCCTATTTCAGAATGGTTCTTTATGCACTTTGTCTCCTGACCAAACACACTAGTGTATTCACTTTACAGCCTAAAATATATAATTGCACATTTCACTACGATCAATGGAGACAACGTTTGGCTTATTGCAACCCTTGTTCCTTTGTCTTCTCTTCTTGTCTGGAGCACAGTGTAAACTTAGTAATTGGGgacaccaaaaataaaaatgtggcaTTAATATTAGCACATTGCATAGTGTCCCTGTGCAAGTTCATCTTAAATCTAACTCTTAATTCCACTCAAATTCAGCCCTTAAACAGATCCCAAGCACACCGGCTGATTCACCAAACATGTTGGTGTCTTGGTCCAGTTTCCAGTATGAGTTTGATGTGTTCTCCACTACACAACACAAGCTGGAACTCTTTTACAATTTCCACTGAACTAAAGGATGGCCCTGGAGCGGATAATGTGAGTAATGCCCATTCATAACAGAATCCTGCtcgtagggatgtaacgatgcatcgtgAATCCGTCAGCCTGgccgtgaaatgatcacgaactgttaacagcgcattacgtggtggtggcacacAATGTGGGAAAATTTcctaagcccacccacgaccttttcatTAACTTAAAGGGGCCGTGTTTATTTAatggaattcttccgtgggcccatcacgggaATGTTTTGCGATTCCATGAAACtgttgtcactgcccgatgtgagtcgagcgcAAATTTGAGTCGCACATGCGTCACTTTtcgacgagtgcagatgtgagttgtgcatgcgtcactttgcgacaagtagcctccaAGATGCTAACTGCTTTTTGAGCTAACGCACAGTcgatgagctaacgttagcaatcaaacaatcatagagagctaaaacgtttttgaaatgactgctgctgctggctacaagttagcaatcataCACAACAAAGGCCATCACTTGAAtggtgttttgagctaacgttagcaatcaaacaatcatagatagctacaacgtttttgaaatgatttccatcttctgttattgtatgtaaagagaaacgtttattattttatggatttcacaaatttccgTATGACATGTTATGCAGTAAACCGTtgaaatctgagcatgcgcgactcacatctgcactcgactcacatcgggcagtgacaacTACCACAGATTTTCATGTTAATTTCacgaattctgtgagatcaggttggaaTCCGTTAAAAATTGATATAAATGTGGGAAGATTACAACCggcagaaataaaacaaaatgaatcctGATGCGATTTTTAAAACGTCCTCCTAGGGCCTAATCTACTTTAGATTTCACTTGTTAGACTTCAGATGTCACTATGTGttcttactttatttatttgaagagatttatttctatttatcgagttatttttgatgtgggatttgttttagaaaatctaataacaaaaaaatgaaatacaattccagtgtcacttttgataagaggccacatctgttgttttgcgcagtttatagaaataaaaggaatatttttcactcgtttgtctgcagctcattcgGTATGAGAAATCCTGAGAAAATCTTACAAACCGTGAATCAAATCATGCGTGAGgtgtatcgttacatccctacctGCTGGTTTTAAACATACATTACAGTTTGCCTGTTGAAAAGTTGTTCACAGTGTTCACCACCTTAAGGtctgctttgtttgttttttcagtttttctttcattttccatGTACAGTGTCAGAcatgcattttgtttttcatataTTCAACACACTGAACATACACGGGCCTACATTACAATACCATTTGTGCACATTTTCCAACATGGCTGATGCATCTTTGTTTCTTAatgagtacgtttacatgcacactaatattccactattattccgaatatgacaatattctggatttgatacaggtcatgcaAACTGCATATTCCGTTTGGCTATtcagaataaggccttttttttctcaaaatttagcattttctgattaaccctcatgttgtcctcccgggtcaaaactgaaaatcaacactttttcaAGTTTTTCGACACATTCTTCCGTGTGTTTTTCAAGATTTTTCACGTTTTTGACGCCGTTTCAAACATTGTTATCACCTTGTTTGACGCTTTTTTCTGCTTTCAACTAGAGAATGGATACCCGGCccggttcggacagatatttagaaatgatgtcggggttcgggtcgggctcggtcacatcagcgcgataaggcattgaacattttaaatttaaaactgcTTATTATGTAAGgtgtgcgcctgtgttaacatgcgcttgttgccccgtgtgcgctgatgcctcatctgttgacatcaccgggggctctacacatgaactccagcatgaactctgggtacacaaacaatgttgtcaatgctttcgttaaggtgtagagctcctggtgatacttggagcaaagtctcatgttgtgtcgagccttcttagggttttaaaaatagctattttgaggctagcataaaggtgcccctagcactcccattcaaaaggccatttgaccgaaaaacgaaaatacggtaaatcttaaa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Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU205078 lncRNA downstream 45968 3206511 ~ 3207040 (-) False G151337
TU205079 lncRNA downstream 45968 3206511 ~ 3207040 (-) True G151337
TU205081 lncRNA downstream 45968 3206511 ~ 3207040 (-) False G151337
TU205032 lncRNA downstream 105384 3146450 ~ 3147624 (-) True G151316
TU204993 lncRNA downstream 202760 3050011 ~ 3050248 (-) True G151289
TU205091 lncRNA upstream 13945 3275828 ~ 3315788 (-) True G151346
TU205122 lncRNA upstream 56221 3318104 ~ 3321853 (-) True G151374
TU205123 lncRNA upstream 60310 3322193 ~ 3322479 (-) True G151375
TU205124 lncRNA upstream 65261 3327144 ~ 3327367 (-) True G151376
TU205149 lncRNA upstream 113996 3375879 ~ 3380665 (-) True G151399
XM_039825164.1 mRNA downstream 111298 3120685 ~ 3141710 (-) True rtbdn
XM_039824171.1 mRNA downstream 217996 3008089 ~ 3035012 (-) False hook2
XM_039824170.1 mRNA downstream 217997 3008089 ~ 3035011 (-) True hook2
XM_039824168.1 mRNA downstream 249616 2999650 ~ 3003392 (-) True trir
XM_039826331.1 mRNA upstream 141117 3403000 ~ 3407242 (-) True s1pr5a
XM_039823719.1 mRNA upstream 256041 3517924 ~ 3527374 (-) True si:dkeyp-69e1.8
XM_039826125.1 mRNA upstream 267583 3529466 ~ 3541172 (-) False hmgxb4a
XM_039826126.1 mRNA upstream 267583 3529466 ~ 3541050 (-) True hmgxb4a
XM_039824414.1 mRNA upstream 281141 3543024 ~ 3549032 (-) True ankrd54
TU204921 other downstream 337641 2911326 ~ 2915367 (-) True G151227
TU204905 other downstream 356665 2873918 ~ 2896343 (-) True G151216
TU204768 other downstream 654026 2542429 ~ 2598982 (-) False G151146
TU204751 other downstream 654026 2596802 ~ 2598982 (-) True G151146
TU204533 other downstream 1091286 2155596 ~ 2161722 (-) False farsa
TU205089 other upstream 49844 3311727 ~ 3316915 (-) True G151344
unassigned_transcript_716 other upstream 768296 4030179 ~ 4030260 (-) True trnas-aga_11
TU205621 other upstream 1099965 4361848 ~ 4367333 (-) False LOC120575464
TU205622 other upstream 1099965 4361848 ~ 4367333 (-) True LOC120575464
TU205631 other upstream 1154294 4416177 ~ 4428301 (-) False LOC120575466

Expression Profile