RNA id: TU236127


Basic Information

Item Value
RNA id TU236127
length 7611
lncRNA type inter_gene
GC content 0.40
exon number 1
gene id G174443
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_053128.1
NCBI id CM020925.1
chromosome length 37416781
location 12409324 ~ 12416934 (-)
genome version GENO_Pfluv_1.0_2020_eurasian_perch_Genome
species eurasian perch
(Perca fluviatilis)

Sequence

aaaacaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaccaaaaaaataccCTACTACTGTCTGCTACTGTCAATGAATTAAGTGTCATTACAACTCTTTTCCAATATTTATTCCAGAAAAGCCttaatttcacattttaaaaaccaCACCGACACAAGAATTCAGACTTTTctcatgtttttattgttgctgGGATATCAACACTATGACTCTGGGTGGACATTCATCGATATTGGCCCGTACAGTATAGATAGTATGGAAATCACATTCACAGGATGTCTGTGTCACAATTACTTTCTTACAAACTACTGGTACATTGGTTGTTAAATCTGAGGCTTGGCAACATTTTCCTCCAAAACATTTCTTAAAGCATTGTTTCACTTTGGAAGAACAAACTGTTTCAGAGCTACAGTTAGGACGATCAGACATTACTCCTAATTATGGACATATAATTATTCTATGTATAAACTTTGGGATGAATGGTTTTTGGTATTAACATGACAACATTTCTAAAGTGCAACACACACCGCTTGTGTCGTGTAATGTCAATTGGCGAACATTGGATGCACTATTCAGACAAAAGAAGAAGCAGTCAGGGTATGATGGCCGTGATGTGCTAATCTGAGGTGATAATGTGATAAAACGGTTGTTTTTTTCAGGAAAGTTTACGCATCTTAAAGCTGGGAAAGGAACATTGGCGCATCCTGACATGCATAATAGCATGTGGacttacattaaaaaaaaacaatgggtgCGAGTGTTTTGACATACCGCCAGTGCGTGTTGCTCTTAAgaatgatttattttgtctccttgttaaacaaaaagactcAATTTAGATCTCAGTTAGTGGCCCCACATCAGATTATTTGAACTTGTTTAGACCTCAGTTTAAATCATGAAATCAGatctctattttattttattttttcttaaatcATATTCAAAACCAAATTTGTATTTGTGAGCGCTTACTTATTTAACCTCTTTTGCGGCTGTGTTGTGTATCAAACATGCAAAAATTAAATATCGCTCTAACACTGACATTAATCTTTGTTGTACTTTACGGCCATTGTAAAACGACGGTGTtagccacacacacgcacacaaaaaacagaaaaacaaacttaaAGTGTAGGTTAACACCTTCTGAAGATCTAGTTTTGGCTGACCTCCATTGGTCTAACTTCTCTccttgctgcagtgatgtacAAGTGTACTCCAGgacactgtgacatcactgttgggtgTGGTTACAGGTGCAACAAAGCACACTTCCAAACAGAGAGGGCGGTCAAACACTGCTTTTCAACCTGGTGTTAAGTGACTCTTTAAGGAGGAGGACTGGAAGGCACTGCACACTTTGGCCGCATTTCCACCTGGTATCAAAATCTGATCCGAGGGATCCGATCACAAGTGTTCAGCTCTAAGTACGTGTGTTCCCACATGAGTCCTGAGTGaccacttgtgatcggatctcACTTTCCCGCGCTACatgcaaataaatacataaatcatTTCGGGTTGCACATAGTAGGCTGGTTGTTACTCTCACAAAAATCCTACATTAGAAACGTGCGATGACTGATAAAAAGGCGCTGCCTACAGTCTGTTAGGCAGGAGAGAAAGatgttttaaaaaggtatttttaCGTTTCATGTTCGCTTATAGGAGTCGTGTTAAGTTAATGCTGATAAAGACCAAACATTTccagattttgctgcttcataataaaagctttaaaaaaacctaaataaCGAAGAACTGTTGTTGTGAAGAATTTATTGTTGTGaagaatttaatttattttcaattaCCGTTTTTCTCATTCTAACAGGAGACATACTTTGAATGATTACGTAGTTCTGCTGACTGTTAAGTAGGCGGTCCCTAATGTGGCCCAGGACAAATGTGCATGCACACTGCTAAAAGAATGTGGTCACAGCTGGCCTAAACCATCTCCGAATGTGGTCTGAGTAATTGGACCTCAATGCATCTTCAATGCGTCCTGGGTGCATTTACAGCTGTACATAGAGTTGTCCACTAGTGATCGGATCACTCAGATTggattttaataccaggtgGAAATGGGGTCATATCTAGTTCTGGGTCACAAATGAGTTAATATAGTTTACAGGCAATGCATTAATTAGGGTCACAATACAAAAGAGCTCATGACATAAAAACCATAAGCAAAATCCTACAGTACATTTGGACAGATTATACACACTTAAatttacaaacacaaaaaatcttTCCCTTTGGTGATTAACTttgaataatatattttatatacatacatactgtacacataaACTTACAATGGTGTGCAAAGAGTGACACACTGGTAAACAGAGACATACAAAGACAGAAAGTTTAGTTGGTTTGCTATATAACCTGAATCAATACTTTGTTAGAAAAATTGTTACAGTGAATGTCAAATGTGGAGGGTTGGGTCCAGAGCCGTAGGCTGACAAAGTTTGGTCAATGAAACAATAAAtggcactgctgctgctgccactaCTCTTGCAAGGCCTGTTGTGAAGTTTACAGAAGTTAAGGATGGACAAATCAAAGAATGAAGAATACAAATATCTAAGGTTGTTTCCTTAGAATTCAGACTTTTCTcaaattgtgtatttttttttgtaaaggcaCAATCTGGAAATTTAAAAGCAAAAACTGTAACGGTAATCTAGATGGGGAAAAGACCATAAGAAATCCACTCCCCACTCTAAACAGCTAgggcacactgtaaaaaataaatccaaaaacTGGATAAAAGAACTTATGTTGCCTCATAAACAGGGAAACATTTTGGCCAACTTCGACAGGCAACAGTACCAGCTGACTTCATTTCAGTACTGCAGCTAAAATCCCTGACAAACATCTGGCTTCCTGGAAAACATTTGACTGTGTTTTTGGCCGTGGTTCTCACTTTTCTGTCAGCTTGTTTGGAGTGTTGTCTATGTGTTTTGGCCAAAATGTGTTTTGATTCAAGTCACGACAAAACGTTCAGCTGGTGATTTTTAACAATGTACGTCATAGCATCACCAGGCGGACTATTATTTTGGCTTTGAGTCTCGAGTTAATAGCAGAAGGTGGTGGAGTGCACTTGTGGAAATAAGATATCAACATTCAACACTGCATTGGCTCAACTCTGCTTGACTTTCGAGTATTATCATAAGAGTAAACTGTGATAGGTCATTGTTGTCGGTACCCCTTTAAAAAGAGTAGACCGTCACAAATGCCTAATGATACATTCCATTAAGTTGGTATAGTAAAGATTAACATTATCAGAACCCCACTATATGCCTGACACCAGGTTTCGCATGAGACAATCTGTAATATGTGCCAACCTAATTCACTGGGAAGCTTTAAACACATGACGACGTGATCTCCGTTCAAGACACCATGCCATGCGGGGGCAcgatgagggagggagggagggagggagggaggcagagatATGCAAAACATTTGAATTATTCTTATTTCCAGCCTTTGCAAATAAagacacaacaaaaaacattatcaTCATAACCCCAACCATCTCATATAATGACATAAACACAACATCATATATTTTGGATGGACATCTGTAATACTTCATATCACCAGTAACACTGCAATAAAAAGTGTATATGACATTTAGTTTCTTATTAATACGAAAGATATGTTCATTCTTTCCTTGGAGTGTTAAAAACCGAGCTGACTTATCAGGCTGTGGCACTGTAGGAGTTAACTTCAACTTTTTTCCAAATACTGCCATAAAAGATGCACGTTTAAGATTTTGGGGATTTTAAGCTAAGATTTATCAGAGGCTAAGCTGAAATGGAGCTcataagtagggctgggcatgatatgagactagatatcatcttcatttttggatattgtaatgtCATTATTTGAGTAAGTAATAtgataagtgttgtcttttcctggttttaaaggctgcattacagtaaagtgaaggtcatttctgaacttaccagactgttctagctgttctattatttgcctttacccattaATTactatatccacattactgatgattatttatcacaaatctcattgtgtaaatatttttgggaaagcaccaattgtcaacccaaCAATGTCGTCGCAATAtcaatattgaggtatttggtttaaaaaatattgtgatctTTGATTTTCGTGAAATCGCCCTGCCCTACTCATAAGCTAAGCATTGCTACAGCAGCGATTGGTCCAGACCAGAAAATTTTGGAGAAATAAGGGTAATACAATGAAATCAGTGGATATGCTCCTGGGGACCAAGTAAATCTGAGCTATGCATTAGCTTTTGGTAAACTCTGACACAATTTTGCACCACTGACAAACTTGTGACATAAACACAACATCATATATTTTGGATGGACATTTGTAATACTGCAAACTGGATTTTTAGTTGCCAAGCTAGCGGTGTGGCTCTACAGATGGCAATTCCATTGGTCGGTTCAGTCTATGGGTCACTCCACCTCTGTGGTCCAGACTAAAATGTAACTATTTAAGAGCCCCTATTACACTcattttcagcatcatattGGGGTCTGCTAGAGTAgttttacatgctttgatgttctaaaaaacatgtttctcatactgcccattgctgcagctcctctgcctgaaacactctgggccctatcttgcacccggcgcagtgcgacgcaaagcccgacgcaaagctcgacgcaagtgtcttcgctattttaagaccgtccagagtccacgtcgtttaaatagcaaatacacctgcgcccatctgtgagcccatgggtgtgctggccttacagggaggtgtgttcaggtgcatgcttggcgtattgctatcttgaggtaacggaaagtgatcgcgccattgaccaacaaaaacctggtctaaagtcaatagcgcagcatttcttttttattttaacagagaaTTACTAAAATGCatctaggctcgtgcacagcgagcacactatgcttgttagaC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Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU236114 lncRNA downstream 67036 12287414 ~ 12342288 (-) True G174430
TU236085 lncRNA downstream 154049 12254818 ~ 12255275 (-) True G174403
TU235976 lncRNA downstream 642864 11766230 ~ 11766460 (-) True G174341
TU235970 lncRNA downstream 662904 11746071 ~ 11746420 (-) True G174335
TU235962 lncRNA downstream 748462 11660525 ~ 11660862 (-) True G174327
TU236186 lncRNA upstream 148768 12565702 ~ 12569571 (-) True G174481
TU236191 lncRNA upstream 148768 12565702 ~ 12569571 (-) False G174481
TU236195 lncRNA upstream 210273 12627207 ~ 12627427 (-) True G174482
TU236206 lncRNA upstream 215467 12632401 ~ 12633496 (-) False tmem267
TU236208 lncRNA upstream 229420 12646354 ~ 12646459 (-) False cntfr
XM_039780330.1 mRNA downstream 90529 12312236 ~ 12318795 (-) True stbd1
XM_039780806.1 mRNA downstream 224841 12175383 ~ 12184483 (-) True LOC120546050
XM_039780753.1 mRNA downstream 235940 12163789 ~ 12173384 (-) False pigo
XM_039780754.1 mRNA downstream 236448 12162293 ~ 12172876 (-) True pigo
XM_039779879.1 mRNA downstream 295259 12077578 ~ 12114065 (-) True phf24
XM_039779827.1 mRNA upstream 5900 12422834 ~ 12467165 (-) True musk
XM_039779828.1 mRNA upstream 5900 12422834 ~ 12455132 (-) False musk
XM_039779835.1 mRNA upstream 73317 12490251 ~ 12497952 (-) True si:busm1-57f23.1
XM_039780700.1 mRNA upstream 214291 12631225 ~ 12637494 (-) False tmem267
XM_039780702.1 mRNA upstream 214291 12631225 ~ 12637427 (-) False tmem267
TU236126 other downstream 17840 12390555 ~ 12391484 (-) True G174442
TU236123 other downstream 51434 12356928 ~ 12357890 (-) True G174439
TU235941 other downstream 1244969 11161240 ~ 11164355 (-) False LOC120545042
TU235744 other downstream 2301041 10097376 ~ 10108283 (-) False gtf3c4
TU235686 other downstream 2534979 9861001 ~ 9874345 (-) False grin1a
TU236617 other upstream 2063528 14480462 ~ 14483417 (-) True G174799
TU236652 other upstream 2167765 14584699 ~ 14589020 (-) False G174827
TU236653 other upstream 2167765 14584699 ~ 14589020 (-) True G174827
TU236655 other upstream 2167765 14584699 ~ 14589020 (-) False G174827
TU236877 other upstream 3233803 15650737 ~ 15654486 (-) True G175000

Expression Profile