RNA id: TCONS_00072407


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00072407
length 4054
lncRNA type inter_gene
GC content 0.32
exon number 1
gene id XLOC_036297
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007119.7
NCBI id CM002892.2
chromosome length 54304671
location 14491293 ~ 14495346 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

GAGGAAAAGGGTTAATATATGGTTCTGTTATTGTGGCTCATTTATACTCTGACCCCCCTGGATGCTACATTTAGTCTTAAAGCAGGAGCCAAACAGGTCAGATTAATCTCATTTTACTACCGTCATTCCTTCCCTTACCATCATCCGTATTTTGAGATGCAGTCTTCATTCACAGGTTTAAAACTGTCAGTCGAAATGGAGAGATGGCCTGTTGATGGGGGAGATGTGGAAGACATGCTAAACCACTGCATGGCTCTTGAGGAAAAGGTATTAGGTTCtgttatgttatttatttcaattattataattatattaagggggacacggtagctcagtggttagctctgtcgcttcacagaaagaaggttgttGGCTCTGCCTGagttgggtcagttgacgtttctgtgtcaAGTTTtgatgttctctccgtgttcagctgggtttcctccgggtgctccggtttctccggtctaaagacatgcactataggtgaattgaataaactacattggtCGTAGGATatgagtgtaaataagtgtgcatgggtgtttcctagtgctgggttgcagctggaaggacatccgctgcgtaaaacatgtgctggataagttggtggttcattccgctgtggcgacccctgatgaataaagggactaagccgaaggaaatcaATTACATATACTTGCACACTATTATTAAgcattaatatttcatattatttgtaTGCATGTACATTATGTATTtatacataacaaaataaaagtacCATATTATAATCtacaaactataataataataggttatttacttatatatttctAAGTATCTATACATAAGTAAGTACATTCAGTgcatgctcagcataattgagtacaccctattttgaaaatgattattttttatccatttctcaatgattattgttaatgtattttggtgcatttaaacaaaacagatttattaaacggatatatttattaaaataataatttagtcactaaatatatttagaaataagaAGACATTACAATTAGattcaagcaaaatataaaaaaataatacaaactacaaagtttcaaactaaaaacatttttagcttcccttgatttttcctcttttttatttgtatttaatatttttctataacatcaatttgggtgtactagtttttgaaccaATGTTGTATGTTATTTTCCAATGTtgtatgttattttgttagataagctccagatttggcttcagtactgactaatctaatgcacaaatataatattgtatagatCTTTCTTTTAAATTAGTATGTTTTATGGGatgctttacagtaatatatttgtgcgtctatattagattagtcagaaccaaagccaaaactgaaactaatataACAAAAAAGATCATAGTCCAAAAAATAGTACaccaaaatttacatttttgaaaaaacatttaatacaattttcaGAAACTGAAAAAGTCAAGAGAAACATCACAAAATTTAAATTGTTGAAATATTGAAATTTgtactattatatatttttttgcaattactCATTTGAGTTTAAATGAATTATCTTTCTATtattaaagatgtttggtgaccaaACTCTTGCTTTTACACTTTAACTGccccacaaaaacaaaaacaaaaaattggattgcatttcttaacccctaatgttgctagttaacacactcatttaattttttttcaacaaatcccataatttctaaaatatcaacctcgaCCAAATAGTAGCTATGTCAATATATGGTAAAAGTACTGGGATTTATACATATACtaagaaaaatctgaaaatataaagtgtaagaccagtttatttaaaaacataggCAAAATGAAACAGTTTTGaactctttattttttgaagtatgccataaaatatttcaaattctcATTAAACATGACTTTGGATTTgctgaaaaaaaagagaagaaaaaaacaagtgtagtgtatacacacacacacacacacacacacacatatacgcatGCATAAATCTATATGCCATCATTATACTAAATTTATATAAGGAGATTTTTGATAAGCCCCCCAAATCTAGTTGAAATGTTCAATGAAAAAAGCCGTAAAGAGATTACCTTAAGGGGTTTAgggttaaattacttttaaaggtTCTTACTATCTCCTGTTGTTTAaagatgtttactgtattttgaaaGTAACAAATGTTGCATAGATTTTCCTGCATGATAcataaccatagactgtaaaatatacataacCAAACTTATGTGGGCACTTCTttttctccctccctctctctgaAAGTCACATGCGTTTGTTTGCTTTTATGCttgtaaaataaatgcatttggtCCCATTAGGACATTGTAACGTCACTAAGGTCAGGCTGAGATGTTAGGTGATGCATTCTGACACACACCCATTAGTCATATTCATTGACATTGGTTTCAGGTCTGAACTTTGTGCAGGTCAGTCAGGTTTCACTCAATAAATCATGTCTCTATGACTCTTGATTTGCTTACAGGGCACCCCAGCTAACAATTTTAGATTCTTAAACACATTCACTTAACATTCCCATTGAAGAAATAGGAATTATTATACAgtaatatatatttcattcattaattttccttcccttatgcagtcccttatttatcagtggaatgaatcgccaactattccagcatatgtttttttttctcagctgatgccctaccagccgcaacccagtactgggaaagaatatattattatataacctTACATTTTTTAGGTTATCTGAACTTTTAAAACATCCAGTTTTTTACACAATGTAACATTAGTAACATTAGTAACATAGTTTTATTAATGTTCTTAgaatgttatttaatgttattagAACATTCCATCCACATTAGATTAatagtttatattaattttttatcaACATTATTAGAACATTCACCAACTAACATTCTATAGACATTCCAAGAATGTTGTTCtaagaatgtttttttattaatgttacaaGAATGATCCAAAAACataaatttaaagggatagttcaccacaaaattaaaatgactgCATGATTTACATGTGATagtaaacctttatgagtttctttcttctgttgaacacaaaagaagatactttaaaaaATGGTGGTTGAtagtacccattgacttccataacagGAAAGAaattactgtggaagtcaatggatacattcttcaaaatatcttcttttgtgttcaacagaagaaagaaactcaaattggtttggaacaacgaatagtgagtaaataatgacagaaatttctttctttctatattttcatttttaaatgatttctaTCTCTTTACTGTATATCCCTTGTAGCATTTAAGGAATGTAAATTCCGAATGGTCTTCTGAAGCTGTTCCCAGTTAGCTGGGACAGTGACGCTGGACAAGAAAAAGTACACTCTGTTCAGGTAAACTATTCTCATCATATGATCCAATGCCATGTCAAATGAAGCAGATGAAGTATAAACAAAACTCTTGAAGGCTGGATTGAGATCAGTGTAATAACTACAGAGCAGAGTTGTCTTGAGATCAGCATAAGTCAACCTCTGTCCTAAAAGCTTGCATTCTTTTCACAGAAGAGGCTGTGATGTCAATAAGATGAGTTTGGATCTCTTCCCGAGAATGGCCGTCAACATGTGTTAATGAAGCAGAATGAACGGCCTTGTCAACGAACAGCAGAAATGTAATCTCCATGAAGACGCTTCAAAGATGTGCATCAGTGCCATTTAAGCAGTTACATATTACTGACTAAAGCCCCCGCTCTTTTACCTCAATCTGTCTTGGATAGGACACCTCAACTACTCAAATTTTGTaagtaaatttattattttatttggatAAAACCTAAACGTGATCACATATTAGCCTATACAtgcaattgtttttgtttgctcaATCCAAAACAACAAAATGCATGATGTATATTGGTTCAATTCCCTTCTTATCTAGCTATATTATTAGATGTAGAGTATTTTTCCAAATGAATTACTCCCCCAAAAAATATCA

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00072014 lncRNA downstream 8836 14481859 ~ 14482457 (-) True XLOC_036296
TCONS_00072012 lncRNA downstream 8998 14474769 ~ 14482295 (-) False XLOC_036296
TCONS_00072013 lncRNA downstream 12436 14477492 ~ 14478857 (-) False XLOC_036296
TCONS_00070937 lncRNA downstream 38855 14438790 ~ 14452438 (-) True XLOC_036294
TCONS_00070929 lncRNA downstream 311519 14172076 ~ 14179774 (-) False XLOC_036290
TCONS_00070943 lncRNA upstream 82769 14578115 ~ 14578768 (-) True XLOC_036299
TCONS_00072408 lncRNA upstream 287868 14783214 ~ 14790721 (-) True XLOC_036300
TCONS_00072409 lncRNA upstream 582690 15078036 ~ 15081665 (-) True XLOC_036301
TCONS_00072410 lncRNA upstream 755837 15251183 ~ 15251469 (-) True XLOC_036303
TCONS_00070957 lncRNA upstream 1566826 16062172 ~ 16064410 (-) True XLOC_036310
TCONS_00070938 mRNA downstream 6694 14453933 ~ 14484599 (-) True XLOC_036295
TCONS_00070935 mRNA downstream 115403 14244476 ~ 14375890 (-) True XLOC_036293
TCONS_00070934 mRNA downstream 252270 14211746 ~ 14239023 (-) True XLOC_036292
TCONS_00070933 mRNA downstream 281441 14185295 ~ 14209852 (-) True XLOC_036291
TCONS_00070932 mRNA downstream 306870 14180064 ~ 14184423 (-) True XLOC_036290
TCONS_00070939 mRNA upstream 8264 14503610 ~ 14554785 (-) True XLOC_036298
TCONS_00070940 mRNA upstream 64032 14559378 ~ 14609284 (-) False XLOC_036299
TCONS_00070942 mRNA upstream 65876 14561222 ~ 14604606 (-) False XLOC_036299
TCONS_00070941 mRNA upstream 65876 14561222 ~ 14604606 (-) False XLOC_036299
TCONS_00070944 mRNA upstream 589040 15084386 ~ 15129573 (-) False XLOC_036302
TCONS_00070936 other downstream 39510 14414353 ~ 14451783 (-) False XLOC_036294
TCONS_00070922 other downstream 396777 14092794 ~ 14094516 (-) True XLOC_036286
TCONS_00070909 other downstream 613448 13877728 ~ 13877845 (-) True XLOC_036279
TCONS_00070885 other downstream 1252201 13238973 ~ 13239092 (-) True XLOC_036261
TCONS_00070876 other downstream 1478466 12998252 ~ 13012827 (-) False XLOC_036256
TCONS_00070951 other upstream 797021 15292367 ~ 15305523 (-) True XLOC_036304
TCONS_00070954 other upstream 1137386 15632732 ~ 15632847 (-) True XLOC_036307
TCONS_00070956 other upstream 1420864 15916210 ~ 15916327 (-) True XLOC_036309
TCONS_00070966 other upstream 2070491 16565837 ~ 16566479 (-) True XLOC_036317
TCONS_00070975 other upstream 2114902 16610248 ~ 16610319 (-) False XLOC_036322

Expression Profile

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