RNA id: XM_039791124.1


Basic Information

Item Value
RNA id XM_039791124.1
length 4763
RNA type mRNA
GC content 0.38
exon number 3
gene id LOC120553059
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_053134.1
NCBI id CM020931.1
chromosome length 29109922
location 29090957 ~ 29099400 (+)
genome version GENO_Pfluv_1.0_2020_eurasian_perch_Genome
species eurasian perch
(Perca fluviatilis)

Sequence

AGGTGACAGGAGATGGACAAACTGATGTTTGACTGTCACTGAAATGATGAAGCTGTCAGTGTTGTTGCTGCCGGCCCTGCTGGCTATTTCCTCTAGTGCTAGTCTGCAAGACATCGTGAAGAAGAGCTCACAGATCggaaaagTTCCAATTCTGAACCCAGATCTAGGGAACAGGATTCCTCAAATCACCACCAACGGATCTTTGTTGGCTCTTCCGCCCCCTGCTGAATTTGAGAACAGGCTGGGTCAATCTTCCTCCTTTGTGTTTGGTGACTCCAACCTGAAATGGCAGACCTCGTCTGGCTCTCTCCCGTCTGGTGCCGTTTCAATTTACAATGGATATGCCGATCGCACCGACTATGTCTGCAAATATGGGTGCTCATCTGGCTTCTACAACCCCAACTGGAGTGGTCATTACTGCTACTACCCCTTGTCAGGTAAAGAGCATCGTGCCAGCTCATTTGAGTTCCTGGTAAACAAAGACAACTTAGAATTTTTAGAATGGAAGGATGGCTCCTGGGGTTCAGTGCCTCGCAATGCAGTCTCCACATGCGGAGACACATATGTTGGGAAGAACAAATATGGCCTTGGGAAGGTGAGTGTTAAACACGAGGCCTTCTTCCTTCCCTGGAACGGTAAGGAGCATTGGTACAAGAGCTACCAGGTCCTGACCCTCAATAAAGAAATAAGCAGCGAGCGCATTTCCAATGTCAATTACAACACTAATGTTAAAGTCTTCCAGCATCCTCCAGAGACCATGACCAAGTCCATCATATCCAACAATGAGTGCAGCCCAGTTGTGAAAAGACTTGAGCTCTCAAAAACCTACATGGAGGAGAAAAGGTGGGACACCAGCACTGCCATCACGAGTGGGGTCAGTAGTAGCATCACCGCCAAAATCCCATTCATCGGCTCTGCAGGTATTGCGCTCAGTGTTgaaacaacaaagcaattcTCAAGAGGAACCACTGTGGTGGAGTCGAAAACCTACTCGGTCTCTGTGGAGCAAACTGTTCCACCAAACCACTCCTGCAGTGTCAGTATGGTGGGATATAAGTATAAGGCAGACATCCCCTACACAGCTCGCCTCAGCCGCACCTACAGAAATGGGAAGACGACATGGGTGTACATCACTGGGACCTACAAGGGAGTCGATGTTGGAGAAGTCCACTCTGTTGTGGATCGCTGTGAACCTATACCCAATTCCAAACCTTGTCCCTGAAAGAAAAATTTTATCTTAAGATATCTGACATAATCAATGTTAAATATTGGTGAAAATGATAAATGTACTATACTAATTCTAGTTATAATTGGCTGGGCAACAGGATAGGTTTTAGGAGTGGTGAAGAAGGAGTCCAGAAAGCTCCCCTGAGATGACATATCCAATGATTTCAGCAGAACACTGAAAAATGAGTAACTTTTCACCACAGAGAGCAGAGAACATAATATGGTAAAGGGCTTTTTCATGTTGAGCTTTATATTTTTCTCTGTTAAGTCCCAGTCAGTAATTTTTGGAACGTACTGTATATGTTGCAGTTATagtaaaaatacaatgatgatgagtttttgtttgttttattacaaaTGAATGTAGGCTTGCAATAAAATGATTTATATATGTAAGGAATTGTATTGTTACCTCTGTTTAATGATAAGAGGAAGTTAAGCCatagagcttttattgtgaaggggaAAGCAGAAGTGTGAAATGCTGTGATAAGTTTCCAttgattgtgtttttgattAATATCTGAACCGAGACAGCACTGCATGTCTTCTCTTTTATTAAAgcttgtgttttcattttatagtttcatagtatagtatataggtGACATACAAAACCCTTTGTTacatatgtgtgcatgtatgaggAAGCATTTTTCTGATTCTTgaatgattataataaatacagTGGCGAATCGGGTGATTTACTGATGTAAACAAACCTATCATCAGCAACAGAATACAATAACAACTTCATAGATTTAGTTTTTGTACACTGTTAGTCCATAACGGTCTTGTGAATCAAATTAAGCGCAACTGAAGACAATACACAGCCTCTTTTGGTTACTGAAGCATGAGGAGGAAGAGCTGTATGCACTGTGAAGGGGATCAAGCCTTTGCTGTTGTGGAACAGCATCGCTGTAAGACGTGCCCCCACAATTTAATTTTAATCCCACCACAAAGGCAATTTTAGGCTTTTGGACCTGCAGTGTGTGTTTCTTCTGTGATGCTTGTTTTCTCACATGTGATTTTTAGGCTTTTTAGAAAAGAAGGGATATACACCATTCATATGGACGCTTCGATCAGTGATatagaaattgaaattgaaaattatgttgttttaagaaaagatagaaatcGTAATGGGGGAGGAGTATGTGTTTATATTACGGCTGATATTTGTTTTAACCGCAGAATGGATTTAAATCATGATCTTATTGAAGCTGTGTGGTTTGATGTACAGTTAACTAAAAGTAAGCCTATTTTAATTGGGGCTCTGTATAGACCTTGTATGATCCATGTAGTGATTTTAAGGGTGAGGTTATAATGAtaggtgattttaatactgATGTTTCTAACAAAAATCATGGGATGTATAAAGCCTTTAATAGGTTTTGTCAGGTTCTGGATCTACAGCAAATAATTAAAGAGCCCACACGAGTAGCTAAAATGAGTCAAACGGTCATTGATCTCATTTTGGTATCAGAGCAATCTATGATTTCTCAGAGTGGGGTTGTAAATTGTACTATAAGTGCCCActcattaatttatttttcaaggaaaaaatttaaagttgcattgaagaaacaaaacacaattaagatcaggtcattaaaaaaacatagtCGTGAGGTTTTTATTGAGTGTTTTAAATCACTGAATTGTCCTCTAGTGTTATGTTTGGATGTTGATGAGGCATGGGAGCAGTTTAAACATTTGTTCTTAGAGGCATTAGATAAAGTTGCTCCTATAAAAACGATTCGAGTAAAACTGAGGTCAGAGCCATGGATGAATGATGATATTTTAGAAGCAATTACTAATAGAAATAAAGCCTTTTCTGTTTTTAGGAAGAGTAAAGAGCAAATTGACTTAAGTTAAGGAATATGGTGCAAAAGAtgattaaaatgtgtaaaagagACTTTTTTCATGATAAATTAACTGAGCATTAAGGTAACCCAAAGAAACTTTGGCAGTCTTTGAAACAAATGGGGTTCAGTAATAGACTTAAGACAAAGTCAAATAATATTTGCCTTAATATTAATGGGGAGTTCTCTTCAAATCAACTAAAGGTTGCGGATAAATTTAACTCATTTTTTTACTACTATAGCTGGACACTTAGTTGAAAAATTACCAAGAAAACCAGGGTTATATGATGGTGAGGCCATGTCTAAGTATTACTCTAAGCTTGGAGTTGTAGCAGACTCTTTTTGCCTTTCTATGGTTTCACAGGATGAGGTATTAAAGTTATTGAATGAACTTAAGTGTTCGAAGGCAATTGGTCTAGATGAAATACCGGCCAGATTTTTAAAAGATGCTGCAGAATTTATTTCTCCATATCTCACTCATATTTTTAATCTTTCAATTATGTCAGGTAGATTTCCGAAAGATCTGAAGCTTGCTAGGGTTGTTCTGCTATATAAAAAAAGGGAACAAATTAGAAGAGGGTAATTATAGACCAATTTCGATTTTGGGAGTCGTTTCAAAAGTCTTGGAGAAAATATATAATTACATTAGTAATTCTgatttgttttatgatttgcaATCTGGTTTTAGAACATCTTATTCTACAGATAAGTGTTTATTATATCTAACAGACTATTTAAGAAGAGAGATCGATTTGGGTAAACTTTGTGGCATGGTATTGCTAGACCTCCAGAAAGCATTTGACACTGTTGACCATCAGATCTTGCTGATCAAACTAAAAGCCCTAGGTTTTAACAGTATGGCATGTAATTGGATTCGATCGTATTTGACTGAAAGGCATCAAAGAGTTGATATTAACTGCACTCTATCTGAGGCAAGAGAAATAACATGTGGGGTGCCACAGGGTAGTGTCCTGGGTCCATTGTTCTTTCTCTTGTATATCAACGATATGAAATCTGTTTGCAATTGTAATGTAGTGAATCATCTCTATGCGGATGATTCAGCCTTGGTGTTCTCCAATAAGGACATAAAAGTTATTGAGAATCATTTAAGTGATGAGTTACAAAATATAAGTGAATGGCTGATAGAAAACAAACTGTCTTTGCATTTGGGGAAAACTGAATCTATTTTATTTGGTTCTGAAATAAGGTTGAGTAGGACTCCTGAGCTTTAAATTTCTTTGGGTGGTATCCAGATTGAAGCTAAGAATTGTGTTAAATATTTGGGCTGTGATTTAGACAGTTCTGTGAGTGGAGAAAGTATGAGTCAAAAGGTTGTCAAAAAAGTGAACCAAAGAATAAAATTCCTGGCTCGTAAGGCTCAGTTTCTAAataaagaaactttaaaaatgttggcAAATGCTTTAATTCAGCCACACTTCGATTATGCCTGTACTACATGGTACAGTAGCACACCCAAGAGGATAAAAGTTCAACTTCAAACGGCACAGAATAAATTAGTCAGGTTGATTTTAAATCTCAACTATAGAGAACATATTGGCTCTTctgaaattaacaaaattaaaatggctgacagttgaaaaccaagggggtaagcttcgcttctgaacgcgaacctccgatggcgccattttgttgctacaaaggtatcac

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU313447 lncRNA upstream 14513 29076114 ~ 29076444 (+) True G231203
TU313443 lncRNA upstream 20493 29068330 ~ 29070464 (+) True G231199
XR_005638195.1 lncRNA upstream 59596 29028977 ~ 29031361 (+) True LOC120553663
TU313401 lncRNA upstream 115127 28975036 ~ 28975830 (+) True G231166
XR_005638111.1 lncRNA upstream 213857 28876463 ~ 28877100 (+) True LOC120553132
XM_039792477.1 mRNA upstream 460945 28617255 ~ 28630012 (+) True LOC120553776
XM_039792180.1 mRNA upstream 797411 28149732 ~ 28293546 (+) True LOC120553593
XM_039792181.1 mRNA upstream 797411 28149733 ~ 28293546 (+) False LOC120553593
XM_039792183.1 mRNA upstream 797411 28149733 ~ 28293546 (+) False LOC120553593
XM_039791037.1 mRNA upstream 1067339 28016843 ~ 28023618 (+) True LOC120552999
XR_005638236.1 other upstream 25189 29065653 ~ 29065768 (+) True LOC120553838
XR_005638223.1 other upstream 25711 29065051 ~ 29065246 (+) True LOC120553822
XR_005638240.1 other upstream 26189 29064654 ~ 29064768 (+) True LOC120553842
XR_005638226.1 other upstream 26714 29064058 ~ 29064243 (+) True LOC120553825
XR_005638242.1 other upstream 27184 29063655 ~ 29063773 (+) True LOC120553844

Expression Profile