RNA id: TCONS_00000060


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00000060
length 115
RNA type rRNA
GC content 0.57
exon number 1
gene id XLOC_000029
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007112.7
NCBI id CM002885.2
chromosome length 59578282
location 1218691 ~ 1218805 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

gccagcagctagctctttgcaattctcacatggtcacccagtgaagctaagcagggctgcgcccggtcagtacctggatgggagaccacatgggaaagctatgttgctgccggaa

Function

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000187355

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00003007 lncRNA upstream 185053 1015812 ~ 1033638 (+) False XLOC_000028
TCONS_00002805 lncRNA upstream 195357 1015824 ~ 1023334 (+) True XLOC_000028
TCONS_00003006 lncRNA upstream 307140 794976 ~ 911551 (+) True XLOC_000026
TCONS_00003005 lncRNA upstream 320511 794976 ~ 898180 (+) False XLOC_000026
TCONS_00000055 lncRNA upstream 632190 580688 ~ 586501 (+) True XLOC_000023
TCONS_00003008 lncRNA downstream 96484 1315289 ~ 1321953 (+) False XLOC_000030
TCONS_00003009 lncRNA downstream 96484 1315289 ~ 1342237 (+) True XLOC_000030
TCONS_00003010 lncRNA downstream 139926 1358731 ~ 1360451 (+) False XLOC_000031
TCONS_00003011 lncRNA downstream 140092 1358897 ~ 1360831 (+) True XLOC_000031
TCONS_00002806 lncRNA downstream 353042 1571847 ~ 1576390 (+) False XLOC_000032
TCONS_00000059 mRNA upstream 247740 961607 ~ 970951 (+) True XLOC_000027
TCONS_00000058 mRNA upstream 610444 604127 ~ 608247 (+) True XLOC_000025
TCONS_00000057 mRNA upstream 610636 594736 ~ 608055 (+) False XLOC_000025
TCONS_00000056 mRNA upstream 615294 594584 ~ 603397 (+) False XLOC_000025
TCONS_00000054 mRNA upstream 627360 580642 ~ 591331 (+) False XLOC_000023
TCONS_00000062 mRNA downstream 381174 1599979 ~ 1614500 (+) True XLOC_000033
TCONS_00000063 mRNA downstream 470970 1689775 ~ 1706159 (+) False XLOC_000035
TCONS_00000066 mRNA downstream 493335 1712140 ~ 1731564 (+) False XLOC_000036
TCONS_00000072 mRNA downstream 570552 1789357 ~ 1796832 (+) False XLOC_000036
TCONS_00000074 mRNA downstream 586489 1805294 ~ 1815660 (+) True XLOC_000037
TCONS_00000053 other upstream 642170 576444 ~ 576521 (+) True XLOC_000024
TCONS_00000052 other upstream 672474 537589 ~ 546217 (+) False XLOC_000023
TCONS_00000047 other upstream 703369 514013 ~ 515322 (+) True XLOC_000021
TCONS_00000036 other upstream 924797 260040 ~ 293894 (+) False XLOC_000017
TCONS_00000003 other upstream 1205434 12129 ~ 13257 (+) False XLOC_000001
TCONS_00000061 other downstream 356678 1575483 ~ 1575563 (+) True XLOC_000032
TCONS_00000067 other downstream 493348 1712153 ~ 1718527 (+) False XLOC_000036
TCONS_00000068 other downstream 498892 1717697 ~ 1723157 (+) False XLOC_000036
TCONS_00000069 other downstream 499806 1718611 ~ 1793371 (+) False XLOC_000036
TCONS_00000070 other downstream 500402 1719207 ~ 1732326 (+) False XLOC_000036