RNA id: TCONS_00075103


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00075103
length 432
lncRNA type inter_gene
GC content 0.36
exon number 3
gene id XLOC_037104
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007120.7
NCBI id CM002893.2
chromosome length 56459846
location 22312733 ~ 22313617 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

TTGTACTCCTCAACCTGTTGAAATTGGGACAAGATTTCATAGGTGAATGCTGGTATGGGAGTTGGGATAAAATTATAACATggacaaatgaaaaaataaattaaaagggcaaacaatttagatttttatctaACTCAAGGAAGCAACAGGGATGCATTTAGTATTACTAAATGATTATggaaaacatccccacacaccAGCAGCAGCATTGTGAAAGACAAATCATGAAGATGGAAAAGCACCTTGAGAATGGAagATGGCAGGGGCAGACTGGCGAGGAGACTCGGTGTGAAGATGAGACTCTTGGCAAGTTAAAACACATCACTGATGTGAGAAGACCTGAGAAGACAAAATGCTGTACAGTAATAAAatgaacttaataataataaagaataaaatgatGTTAAATTGTTTGGTAAATTTTAAAGCACA

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00073027 lncRNA upstream 319038 21993188 ~ 21993891 (+) True XLOC_037097
TCONS_00073017 lncRNA upstream 483185 21826734 ~ 21829744 (+) True XLOC_037092
TCONS_00073011 lncRNA upstream 509969 21802075 ~ 21802960 (+) True XLOC_037090
TCONS_00075100 lncRNA upstream 547194 21762019 ~ 21765735 (+) True XLOC_037089
TCONS_00074895 lncRNA upstream 549960 21761696 ~ 21762969 (+) False XLOC_037089
TCONS_00073038 lncRNA downstream 46345 22359962 ~ 22360742 (+) True XLOC_037106
TCONS_00074896 lncRNA downstream 328769 22642386 ~ 22642685 (+) True XLOC_037110
TCONS_00073062 lncRNA downstream 382016 22695633 ~ 22697854 (+) True XLOC_037112
TCONS_00075104 lncRNA downstream 675324 22988941 ~ 22998060 (+) True XLOC_037116
TCONS_00073069 lncRNA downstream 690259 23003876 ~ 23004450 (+) False XLOC_037117
TCONS_00073035 mRNA upstream 231940 22080238 ~ 22080989 (+) True XLOC_037103
TCONS_00073034 mRNA upstream 232075 22080122 ~ 22080854 (+) False XLOC_037103
TCONS_00073033 mRNA upstream 294625 22017368 ~ 22018304 (+) True XLOC_037102
TCONS_00073032 mRNA upstream 300110 22011912 ~ 22012819 (+) True XLOC_037101
TCONS_00073031 mRNA upstream 308096 22003942 ~ 22004833 (+) True XLOC_037100
TCONS_00073036 mRNA downstream 37826 22351443 ~ 22366179 (+) False XLOC_037105
TCONS_00073037 mRNA downstream 46302 22359919 ~ 22360742 (+) False XLOC_037106
TCONS_00073039 mRNA downstream 51380 22364997 ~ 22366295 (+) False XLOC_037105
TCONS_00073040 mRNA downstream 51438 22365055 ~ 22366242 (+) True XLOC_037105
TCONS_00073041 mRNA downstream 61714 22375331 ~ 22618558 (+) False XLOC_037107
TCONS_00073026 other upstream 319014 21993128 ~ 21993915 (+) False XLOC_037097
TCONS_00073021 other upstream 321717 21990058 ~ 21991212 (+) False XLOC_037096
TCONS_00073020 other upstream 326933 21984109 ~ 21985996 (+) True XLOC_037095
TCONS_00073007 other upstream 600783 21571433 ~ 21712146 (+) False XLOC_037087
TCONS_00073005 other upstream 753144 21540853 ~ 21559785 (+) False XLOC_037087
TCONS_00073045 other downstream 77949 22391566 ~ 22447578 (+) False XLOC_037107
TCONS_00073048 other downstream 263328 22576945 ~ 22577059 (+) True XLOC_037108
TCONS_00073057 other downstream 344612 22658229 ~ 22662728 (+) True XLOC_037111
TCONS_00073071 other downstream 692834 23006451 ~ 23006978 (+) True XLOC_037117
TCONS_00073073 other downstream 732650 23046267 ~ 23046385 (+) True XLOC_037119

Expression Profile

//