RNA id: TCONS_00075104


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00075104
length 9120
lncRNA type inter_gene
GC content 0.35
exon number 1
gene id XLOC_037116
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007120.7
NCBI id CM002893.2
chromosome length 56459846
location 22988941 ~ 22998060 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

AACTGAAGCACAGTTTCCCAAAGCAAAACCGATGTGCAACGTTCACTTGTGAAAGTTCACGCGACATCATCATTTTGTAAGTCATGAGTTAATTACCAAGAAAATTAGGTTTAATACATGTTGTGCTGGGGTGAGGGAAACAACTGTTTATGCAAACATGATTTGACCTTTAACAGTGCAGTCTGCCTGAATGAATGAGTGTCATCATATTGAAGGAATGTTCCGACTACAGACTATTGATTTACCAAGGTCAACAAGTCAATctcgatttttaaaaatgtatgtatttttaacaaataaatatgttataatagttgatttaaaaagtttacaagcacttttagcaaattttttttaattaataaactaaaaactATTAACCTGCTGTGCTTTTACTGAATAGGCACTGTGCTGCATCTGACAGATTATTATAAcacataatttaaaacatttttatctgttttttttttcatttttattatttgtttttatttttcttatactttatctatttttcttatctattttattcttgtttatgtaaagcactttgaattgccactgtgtatgaaatgcgctatataaataaacttcccttgccttgcctaaatacCAAGAAAAAAGGTATAaaacttcaaataaataaatgacagaattccaAAGCACGGGCACTACTCTGTCCTGGAACGCCATGCTGGATTGCGTGGCATTCCTCAGTATCCCCGTGAGAGAGCTTTCAGAGCATATTGGCTGTGCTGTGTAATTACAGTATGCTGCATGGGCTGCAGTGACCAGGCCATATGGACAGAGCTAATCCTCCACATCAGCACACACTCCTCCATACAGTCATCAGCATGCTAAACAGACATCAGCCGTCAGTCTGCTGTAATCCACACACTGGATCTCTACAGCTCAAAGCAAGGGATTTCCTTTTTGTGTGATCAATTGGGATCAAGTTCTGCAGCCAATGCATTATCAGCATTTGATACTGAGCTCCCAGATTTACTATCAGCttcttacattacatttttactgtACATTAGCCAAAGTGGCACTTTTATCAGAGACTAACgacttatttagcattttattgtgTCATTTATCTTTATAAGTTATTCATCTTAATATGTAGCTGTATTCGGGACTTTAATAGCTAACCGCATGCGGTTGTGGTGGAAGGGGGGCTTGACATAAAAATCCAGGTCCCTGCAGTTCAGTTGGGTTGGTTTAATGCACTACACTACAGCCAGTAAATGCTTCATCCATTAGCTTGAATGTCTCTCCAGAGGGCCGGTATTTTTTATATAGTCTATTTATGAGCAGTGGCACACGGTGCAAATACAATATGGCAAATATTATCCGATTAATAGTAAAACCCACATGGCTTCAATTAGAAACATATACACCAaaagtaatacaataaaaaaaaacatccactttTGTAGTATGATGGTATTCTTGAATGTACCAtgaactacactcaccggccactttattaggtacaccttacttgagtggttatttaagttaccgttgcctttctttcagctggaaccagtctggccattctcctctgacctctggcatcagcaaggcatttgcacccacagaactgccgctcactggatttgtttttatgaacattctctgtaaaccctagaaatggttgtgcatgaaaatctcagtagatcagcactttctgaaatactcagaccaaaccatctggcaccaacaactatgccacatttACCAGGGACAACAACCAGTCCCTTAAATCATCTTTTCCCCATTCCGacgctcagtttgaactgcagccaTCTTGACCATGGGCtacgtccgaaactgcatacttccatactatatcgtatgctaaaatcagtatgcgagctgcgtagtatgtccgaattcatagaattggaaaaaatcagtatgcaagaagttcCCGGAtgacttccggcgagattctgaagtgcacatcccatgcatgctgcgctttCCCATGATGGcttgcgagagaattcatgaatgggtgtgaagcgacgcaactgacacaggtaggtcacgtgaccataacaaaatggcggatgtagtatgtccgaattccattcatacttttcacattcatactgtatagaatataGTTTTCCAACGGCCGAGTAGAACGTTTCAATtcaaaatgcagtacctactgagtagtaggtggtttcggatgcagcccatgtttacatggctaaatgcattgagttgctgccatgtgattggctgattagagatcTGCGTTAAAAAACAGTtgaacaagtgtacctaataaagttgaaCAGCAATTacataggtgtacctaataaagaggctaGGGAGTGTTtagttcatatttttatttataggcagtttcttaatattttgtattttaccaAAGTTCCATTGTATTATTTAGTGGTTAATATTCTGCAATGAAACAGTAAACAGCAATATTCTGTGAATATTCAGtttgaattattaaaatttaCTTAAACACTACAATTTTTGGAATTAATCGTGTGACCCATTTGTTTTGTTAAGCTACACTGGCAACAATTTCTtttagaatctacagtaacttactagtagcagttcaccagtaacttactgtaaattaattacagcaaaaacactgtatttacatttacagtccCATTTATCTTGCTCTATTTACAGTCCTTTTCACAATGCAACTCTAAAATATAgaaacatactgcataactgtcctacagtataattcagttcatattatagttaaatactgtgtaaattataaaaattgtttaacctaatatttaaactaaacctaaataatatttacatagCTTCAAAACTAAAGATTTATTGGTGATTTTgcaaaataacaaaatgtaattaaCATTCAATATTTCTTATAACAGATGTCTAGGTATGGAACAAAAGAAACAGCAGGATCAGactacataatatttttatttgtaacaaaAATCACTGTGTCAATTTATGTGATTATAACTTGTATATAGAAGACAATAAGGGCCAAAGTCTTTGAATGAAATGTAAGACATTTCGTTGTGTCGGCAAGCACAGTTTGTCAATGCATCAGCAAACAGAACCAGCCAATGAAATTGCTCCATTTGAAACTATATTTGTCTCTGTGACACAATGGTTCATTACGATATAACTATATTACAAATGTCAGACTTCATGTTTATTCATACTGGCATGGATTTATACGCAAACACCAGATATTATATTACCATGCATAAAAATTGCTGTAAAGCATTACAAGATGTGCGCTGTCCAGTATGATGCATCGTATAAGATGAACTGACTGAATATCAAGCTAATATGCCGGTATGAAACAATAAATATTCTCATAACATGCTACAATTCAAGTTTTAGATGAGCCTCTTTACCAATGCTACAACAATGCGTTAATATATCAATTCCATGACCTTCCAAACTTCACAGTGCCCTTCATTTAGCTAATAGTTTTACTACAAGTCAAGTTAACCCACTGGACATTAAATTGCCTTCATTAGAAAAAAGCATAAATTTAGAGCCAAtgaattacacatttttaaactgaCAATGGTACAGAATGGATCCAGGTTTTTAATACAGAGCGTTTGTTGCAGTGTCTGGGCCAGTGGAAGCATTAAAGAGATTGATGGACCTCTGGGCTTGGAGCTGGTGGCCATGACACTCAAGATGCAGAGCGTCCACTGAGCAGCGGCCGTCACCCTGCCCAAAGACTCGCCATTCCTAATTTATGAGGGCTCTGCCAGACCTCAATAATTCATTCAGCCAGCTCCACACAGTGATCACTGGAGCACGCACCGCCTTTCAcacaagaccaaaaaaaaaatgtaataaataaattctcTTTCAGACTAGGTTTGCCTCTCCATTGTGAGATTCTTTTTTTGGCAACAGATGGACTATATTTGGTCCTGCACATGAATCAGCATATGACGCACAAATAGAAAAAGATGAGAAAGCTGATGCGGCATTCATTAAACTATCAAACCCACTgaacattatatataaaaataagcaaTATGCAATGTTGTTTGTATCTGCGATAGCAATAATTCTTAAGATATTACATAAGCATGTTATTTATACCTATTACATAAAATGCTATTATTGTTAgatatgtttttaaatcatttatttactgaatgatgttaaaataaaaaggtaaaagacattcattcattcattttctttttcggcttagtccctttattaagcgtcgccacagcggaatgaaccaccaacttatccaccatatgttttacacaggggatgcccttccagttgcaacccatcactgggaaacacccatacactttcattatCCAATTCAATTATACCTCCTCAAAGCCTGACTGCATTAAAATCATATTAactgacttttgcagcatgggatgtgattgttatttgtattatcaagtgtttattttatattattaagtactttattcatgttttaaaagcgtgaaacagaatttgtgctgttcaatGCATGAGCTAGGGATGTCTTCACCAACGTCAAGAGCCAATCTATATGCCCTTGTAATTAATTCTAATTtagaccaaaaaataaataaaaaaaaactgttggatGAGTGAAAATGGATATATGGATGAGTGAAAACttcagcagatattctgactctgattgtcTGTTTATTTTGAACTCGGCTTTGGGCCACTCCAGCCAATATCAGAACAGCAATTACTGTGGAGGTGGGGGAGAAACATAGtaaggccccatctgattggtcaaatttatatgaacaattaattcatttaataaatctAATTTATCACACATCCGCAAtaagtttattatatataatattatcaaCAATAATCTATTATCGATGATAATCTTGCAATATATTGGATAAtatatacactatacatatatttGCAATgacatattgtatatttttagttAAAAGCTCtacaaaatttgtttaaattatttt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Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00073062 lncRNA upstream 291087 22695633 ~ 22697854 (+) True XLOC_037112
TCONS_00074896 lncRNA upstream 346256 22642386 ~ 22642685 (+) True XLOC_037110
TCONS_00073038 lncRNA upstream 628199 22359962 ~ 22360742 (+) True XLOC_037106
TCONS_00075101 lncRNA upstream 675324 22312733 ~ 22313617 (+) False XLOC_037104
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TCONS_00075105 lncRNA downstream 5816 23003876 ~ 23006978 (+) False XLOC_037117
TCONS_00073070 lncRNA downstream 5876 23003936 ~ 23006666 (+) False XLOC_037117
TCONS_00074897 lncRNA downstream 128096 23126156 ~ 23128231 (+) False XLOC_037122
TCONS_00074898 lncRNA downstream 128483 23126543 ~ 23127995 (+) True XLOC_037122
TCONS_00073067 mRNA upstream 49431 22929675 ~ 22939510 (+) True XLOC_037115
TCONS_00073065 mRNA upstream 186769 22781019 ~ 22802172 (+) False XLOC_037114
TCONS_00073066 mRNA upstream 186769 22782027 ~ 22802172 (+) True XLOC_037114
TCONS_00073064 mRNA upstream 187037 22780901 ~ 22801904 (+) False XLOC_037114
TCONS_00073063 mRNA upstream 209128 22764235 ~ 22779813 (+) True XLOC_037113
TCONS_00073068 mRNA downstream 5148 23003208 ~ 23007941 (+) False XLOC_037117
TCONS_00073072 mRNA downstream 11548 23009608 ~ 23023288 (+) True XLOC_037118
TCONS_00073074 mRNA downstream 51440 23049500 ~ 23056240 (+) True XLOC_037120
TCONS_00073075 mRNA downstream 126192 23124252 ~ 23162384 (+) True XLOC_037121
TCONS_00073076 mRNA downstream 226701 23224761 ~ 23231203 (+) True XLOC_037123
TCONS_00073057 other upstream 326213 22658229 ~ 22662728 (+) True XLOC_037111
TCONS_00073048 other upstream 411882 22576945 ~ 22577059 (+) True XLOC_037108
TCONS_00073045 other upstream 541363 22391566 ~ 22447578 (+) False XLOC_037107
TCONS_00073026 other upstream 995026 21993128 ~ 21993915 (+) False XLOC_037097
TCONS_00073021 other upstream 997729 21990058 ~ 21991212 (+) False XLOC_037096
TCONS_00073071 other downstream 8391 23006451 ~ 23006978 (+) True XLOC_037117
TCONS_00073073 other downstream 48207 23046267 ~ 23046385 (+) True XLOC_037119
TCONS_00073080 other downstream 366182 23364242 ~ 23367209 (+) False XLOC_037128
TCONS_00073088 other downstream 549585 23547645 ~ 23555977 (+) True XLOC_037129
TCONS_00073090 other downstream 698864 23696924 ~ 23700456 (+) True XLOC_037131

Expression Profile

//