RNA id: TCONS_00073100


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00073100
length 428
RNA type processed_transcript
GC content 0.45
exon number 3
gene id XLOC_037136
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007120.7
NCBI id CM002893.2
chromosome length 56459846
location 23884356 ~ 23887281 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

aTTTCACGTGGAGCAGGTCGCCCCCTAATGGCCACAACATCATTCGACCAAATTCATCgaagctgagactgcatctcaGTGATGCAAATGTCACAATAACACTCATGGAATTggtggttcaatctgctgtggcgacgaCTGATAAACcatgggATTTGGTCACATCACATGAACTGACCCCTTAGTTTCCTTTGGCTGGACTGGCGCCAGGGTGATTTTCCGCTGCTCTGCAAGAAGATACCGCTGCAGTGACTTTGGCACAGGAAGGTTGGGAATGATTGACCAGCAGTTCTTTCCAAACTGTTTTCTCAGAGCAGACCGACACAGATGCAGCAAACTACGTGGTTTATATTCCAGTGCAAAAAGAGACTCATAAAATGGTCTGTGAAgctaaaaaaagaatattaaaatgcaataaagtgtATGCA

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000141274

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00073098 lncRNA upstream 76221 23808654 ~ 23809422 (+) True XLOC_037134
TCONS_00073086 lncRNA upstream 359391 23511983 ~ 23526252 (+) False XLOC_037129
TCONS_00075108 lncRNA upstream 466113 23416749 ~ 23419530 (+) True XLOC_037127
TCONS_00073083 lncRNA upstream 518434 23364611 ~ 23367209 (+) False XLOC_037128
TCONS_00073082 lncRNA upstream 518639 23364611 ~ 23367004 (+) False XLOC_037128
TCONS_00073102 lncRNA downstream 9056 23895793 ~ 23904416 (+) True XLOC_037137
TCONS_00073107 lncRNA downstream 133776 24020513 ~ 24023369 (+) True XLOC_037139
TCONS_00073116 lncRNA downstream 179500 24066237 ~ 24088688 (+) False XLOC_037141
TCONS_00073122 lncRNA downstream 234369 24121106 ~ 24123115 (+) True XLOC_037142
TCONS_00073129 lncRNA downstream 306302 24193039 ~ 24197859 (+) True XLOC_037145
TCONS_00073099 mRNA upstream 43939 23825440 ~ 23841704 (+) True XLOC_037135
TCONS_00073097 mRNA upstream 73007 23808546 ~ 23812636 (+) False XLOC_037134
TCONS_00073095 mRNA upstream 106118 23770666 ~ 23779525 (+) False XLOC_037133
TCONS_00073096 mRNA upstream 106144 23772516 ~ 23779499 (+) True XLOC_037133
TCONS_00073094 mRNA upstream 106146 23765587 ~ 23779497 (+) False XLOC_037133
TCONS_00073101 mRNA downstream 8974 23895711 ~ 23906205 (+) False XLOC_037137
TCONS_00073103 mRNA downstream 13966 23900703 ~ 23902215 (+) True XLOC_037138
TCONS_00073104 mRNA downstream 122142 24008879 ~ 24021162 (+) False XLOC_037139
TCONS_00073105 mRNA downstream 122142 24008879 ~ 24023353 (+) False XLOC_037139
TCONS_00073106 mRNA downstream 122276 24009013 ~ 24023369 (+) False XLOC_037139
TCONS_00073090 other upstream 185187 23696924 ~ 23700456 (+) True XLOC_037131
TCONS_00073088 other upstream 329666 23547645 ~ 23555977 (+) True XLOC_037129
TCONS_00073080 other upstream 518434 23364242 ~ 23367209 (+) False XLOC_037128
TCONS_00073073 other upstream 839258 23046267 ~ 23046385 (+) True XLOC_037119
TCONS_00073071 other upstream 878665 23006451 ~ 23006978 (+) True XLOC_037117
TCONS_00073118 other downstream 204170 24090907 ~ 24102291 (+) False XLOC_037141
TCONS_00073134 other downstream 497397 24384134 ~ 24387531 (+) True XLOC_037147
TCONS_00073135 other downstream 537055 24423792 ~ 24427240 (+) True XLOC_037148
TCONS_00073139 other downstream 1179924 25066661 ~ 25067730 (+) True XLOC_037151
TCONS_00073140 other downstream 1186802 25073539 ~ 25074199 (+) True XLOC_037152

Expression Profile

//