RNA id: XM_039795792.1


Basic Information

Item Value
RNA id XM_039795792.1
length 10047
RNA type mRNA
GC content 0.42
exon number 15
gene id igdcc3
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_053114.1
NCBI id CM020911.1
chromosome length 46923577
location 23443149 ~ 23517263 (+)
genome version GENO_Pfluv_1.0_2020_eurasian_perch_Genome
species eurasian perch
(Perca fluviatilis)

Sequence

ggaggagagagagaaagagagagagagagcgggatGCTGACAGATTCCTGATAGATGGCTAAAATGGCGAAAGCGTGCTCGACCCCGGCGAGCCACCAAACTGTAGTACTGTAGGTCGGAACATGTAGCCTAGTTGCTGAAGCTGGATATCTCCGTGTGTGTTTTTAGCCCCCAGTCTATTCACCTCACGTTGTCTTCTTGGCAAGTGCTGGAATATTTTCTGTTAAGTGTTTAAATGGCATCCGCAAGGCACCGCCGCCTTGTTCCGTGCTTTTTGGGAATACTCGTAAATGCTTTAATCGGTGTGATGTGTGAAGCGGAGCTCTCCTTCACACTGGAGCCCAGTGACATCATCGCTGTACAGGAGCAGCCCCTCATGCTCCACTGCCAGGTGAACGGCATCCCCCCAATTACGACACAGTGGAGGCACAACGGCCTGCTTTTAACTCAGGATCAGCATCACACCACCTTCATCAATGGCTCACTCCTGGTCGCTCACTTCCAGAAGACCAAATCTGATGGCTCATCTGATGAGGGCGACTACGAGTGTATGGCCCAGAATTCCTTTGGGCTGGTGGTGAGCCGCAAGGCCCGTATTCAGGCAGCCACCATGGCAGACTTCCATGTCCAACCAGAGTCAGTGCATGCTGAGGAGTCCGGTGTGGCTAGATTCCAGTGCCAGATCCATGGTCTGCCAGAGCCCCTCATCAGCTGGGAGAAAGACAGCCGTCCGGTGGACACCAAGGACGAGAGGTACACTCTTCTGCCCACAGGTGTTCTGCAGATTACAGGAGTGCGTGGGGAAGACAGTGGGAAGTTCTGCTGTGTCGCCCATAACAGTGCAGGAGTGAAACACAGCATAGAGGCACTCCTCACTGTTTCAGgcTCTCAGTCATCTGTTTACAAAGAGCCTATGATAGTGGTCGGTCCAGAAAACCTCACCCTCACTGTTCACCAAACTGCTATCTTGGAGTGTGTTGCTACCGGATACCCTCGGCCTATCGTATCTTGGAGCAGACTAGACGGCCGTCCCATCGGTGTGGAGGGAATCCAGGTACTCGGCACAGGGAACCTAATGATCTCAGATGTGGGTGTGCAGCACTCAGGGGTCTACGTGTGTGCCGCTAACAAACCTGGGACCCGTGTTCGTAGGACTGCTCAGGGACGTCTGGTGGTCCAAGCTCCAGCAAAGTTTGTTCAAGCTCCGCAGTCCATCGCTCGGCCTGTCGGCACCACCGCCATCTTCACCTGCCAGGCACAGGGCGAGCCTGAGCCCCAGCTCACCTGGCTGAAGAATGGGCAGATTCTGGAGCCCGGGGGACACGTCAAACTCAGGAACAACAAcagCACACTGACGATATATGGTATCAGCGAGGATGACGAGGCTATCTACCAGTGTATCGCTGAGAACAGCGCCGGCTCCACACAGGCCAGTGCCCGCCTGACAGTTCTTTGGGCTGATGGACTGCCCGGTGTGCCCACCCACGTGCAGGCCGAAGCCCTCTCACCCACCAACATCCAGGtgtcctggagggagcctgatCAGAACACTGAGGACATCATCGGTTATGTGCTCCACATCCGCAAGACTTCAGACACAGCGGAGATGGAGTATGAGGAAGCCGTCAGTAAGGTGACGCTGCAGCAGATCATCAGGGACCTGGAGCCCTCCACCAGTTACACCTTCTACGTCAAGGCCTACACATCCCATGGGGCCAGCAAACCATCTGACAGTGTCACTGAGAGCACTCATGGGGAGGTGCCAGCGCCTCCTTCCCTCTACACCAATGTGGTGAACAGCAGTGTTATACAAGCAACGTGGGAACCTTCCTCCAAGATGGGCCAACATCAAGGCTTCAGACTGTATTACAGAAGAGCCCACACACCGCTGTTCACTGGTCCCATCACCTTCCCTCGCAACGTCACCCATTACAACATCACTCAGCTGGATCCTGCACTTGTCTACGAGATAAGACTGCTTGCATACAACCAACACGGAGATGGCAACGCCACCATACGATTTGTTTCGCTTCGGGAGACGGTGGAGAAATCTGTGTTGGACGCCCCATGCGACTGTGTGAAAGACGAACAGAGCAAAACATCTACGACAGGCATCATAATCGGCATTCACATCGGAGTCACATGCATCATCTTCTGTGTGCTCTTCCTCGTCTTCAGCTACCGCGGCAGGTTAATGATGTGTAAGACGGTTCAGGCCACCCCCCAGGCAGGGCACAGCACAGGGCTGGAATCATCTTCCTCTTCCCAGGGGGCCTCTGGGCTGAATGGGGCTGCCAGAAGAGAGATGGAGGGCAATGGAAGCTTAGCGGGGAAGAAAGTGTCCGACAGCAACGAGCTTGAGAGACTTTTCACTCAACCAACCCCACATGATACGTGCACGTCTGACTGCTACGTGCTGAACGACACCCAGCTGTCTACGATACCGCTGGATGAGTTTGCAGTAGCGCGAGAGACGCAGTTCCAGGAGCCTCCTGCAGCAGGAGCGGCTCGGCAGGACCATGTCTAATCATACTCCTGCCGCCTGCTTTCACCTACCAATGATTCCACCATCCTCGCTCACAGAAGACCTCAGCCTTCGTCCAGGGATTTGATGTATTCTGTCTCAGGACTTTGTTTAAATGATATCAACTTTTTCTTATGAGTTCTTGGCCTTCATACAGACACTAGACTTGGCTGTGTGAACCTTACGATTCAACAAAAACCTACCTCGGCCGGAATGAATGTGTTGCGGGAAGCTTTTAGGAACTTTACCTTCCCCTGTGTTCACAATTACTTTACATGCAGAGGAACTGATTGGTTTGAAAATTTCAAAATCAGGTGCCACACTACCTCAGATGTCAAGAATCATCTCTCTTCTCCTGCTTGTCGAAGAAGAACGGGGGGAGAAAACGAGTATCCAACATGAAGCACTTCCAAATGCTGAAGTTAATGTTCTACCTCAAGATAACAATGTTAATGTTGtcgctgttgttgttgttgttgtttgtctgtttattgCATAATGAAAAACCCTCTTTTCGCCCCTCTGTGAAATCCTGGCTTCCCTCTGTCGATGAATATGGTGTTTGTAGATACATTGTCAGTACCTCATGCAAGTTGACAGACTGATAACACTGTTGTATGGATTACAGAATGATAGGACAATGTATGAATTATGCTTTTTCATTGtaattttgaatttgaattttgaatttaattttatTCGAAAGATCATAATTCCTTCAGTTGAATGAAAAGAGCGTTAGAGATACACTGTATTGCTGAACATATTTTCAGGACTATTACTTGCTCAATGATACGTGATACAAAATGGTCAATTGGAAGAGAGGCAAAATATTACATTATACAAACATCATGTATGTGTCTAAATTTAGCGCTATAATtgaatttaatgttttattgatttcatgtttttatatgtatatgatATTTGTGAGTAGAAAGTAGAAAAGTAGAAAATTAGGCACAAATCTTATCAAAAACATTATTCCACTGTTGTTGGTGTAATGACTTAAAGGGAATAGTTTCACATTTTGGCTTTCTTGCTGACAGTTAGACGATACCACTCGTGTCTCTGTGTTAACAATGAAAGCTATAGCTGGTAGGCAATTAGCCTAGCAATTAGCctattagtgagctttagaggtgctagcGTGCAGATTTGTTTAAACTTTGGctggctgtttccccctgcttcaagtatttatgctaagctaagttaatTGCCTCTAGCTCTAGATTTATACTTAGTTTGACATGTtggaaaatacacacattttctttctgGTGGATAGCTTGATAGAAAGATTGatatcactctcatgtctgtacggtcagggtgcgatttgtgatAAAAGACAATGCACatgcacaacaacaaaaaacatgcaATAATTAAATCCCCTTTCAATACCATAGATATAGTGCCACTCgaccagccatgccaaaacacttatttatcaATTTCAATATGCAATAGAAAATAATCTcgaaatgaaatagcacaatgtggtgtcaacataaaacgcagcgctttcaagccggagagcgGAGTTTACTCAcggcaaaaacaaaatattttcaaccAGGAAACGCTTGTTTGTTCCTCGGGAGTAGCcagcgtcccggagctctgtagcggctaatacaaccggcaactgctgctcagattttatcgttctatcgcactatagactgttcacgttacagcgctttacttagtttaaaatacttcaaTTTTAGGTATGTAATATATGGTCTATgtgtgaagtagcattgatcacttcgAGGGGGAGCTacataattcagcagaggcagtgATATGTAGActagaaagggggaaatcccatgcaccccccccccccagcaaaTCGCACCCTGTGTACGGTTAATATGAAGCTAGAGCCAGCAGACGCTTAGCTTAGCtttgcttagcataaagactggaaacagggggaacgGTAACCGCAACAAAATAAACCTACAGGCACCTTTAAAGTacattaattaataaattatatatttttggtttaatcaaaaacaaaagtttaaaaacaacGCTTTGCTGTTTTACGCCGAATTATGTGTCAGACTATTTCTTGACTGAGcagtaacttcctggagtctttACTGGTTGCCTAGCAACTGCTTAGTGATATTTAACCGGACATATGTGAGAGTGTTATCGATCTTTTCCAATTTCTTACCAGAAGGCAAAtaagtgtttcccaaaatgttcaaCTATTCCTTTGATTTAAATTTGGCAGCAGTGTATTTCTAACCTCATCCTGGATATTTGTTGCTGCAGTGCTcttagtgattttattttcacGTCACATGATCTGCCTCCTTTTTAAACAAAGTAGTAGCCTTTCAGACTTATGGTGCCCAGGAGACGTGACAGTTGCTGATCATGCTTGACTATTGTTACTCTCTTCCCAAAACCACAACTGCTGCTCAGCCTTCTCCCTCCTGTCAAC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TTTACTGGCACTACAGTTCATTAAACATGTGTATAACTTCTATTTTA

Function

GO: NA

KEGG:

id description
K22654 IGDCC3, PUNK; immunoglobulin superfamily DCC subclass member 3

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU39015 lncRNA upstream 21411 23418711 ~ 23421738 (+) True G29378
TU38969 lncRNA upstream 69053 23369180 ~ 23374096 (+) True LOC120555420
XR_005638711.1 lncRNA upstream 71252 23369342 ~ 23371897 (+) False LOC120555420
TU38953 lncRNA upstream 148742 23286897 ~ 23294407 (+) True G29323
TU38918 lncRNA upstream 282232 23160593 ~ 23160917 (+) True G29294
TU39052 lncRNA downstream 79696 23596452 ~ 23599250 (+) False G29410
TU39057 lncRNA downstream 79696 23596452 ~ 23599696 (+) True G29410
TU39058 lncRNA downstream 83745 23600501 ~ 23600768 (+) True G29411
TU39069 lncRNA downstream 98840 23615596 ~ 23616946 (+) True G29421
TU39083 lncRNA downstream 204441 23721197 ~ 23722650 (+) True G29432
XM_039795219.1 mRNA upstream 88948 23345487 ~ 23354201 (+) True tmem276b
XM_039795217.1 mRNA upstream 99941 23328610 ~ 23343208 (+) False slc39a13
XM_039795218.1 mRNA upstream 99941 23328613 ~ 23343208 (+) True slc39a13
XM_039794303.1 mRNA upstream 188564 23219189 ~ 23254585 (+) False lgr4
XM_039794304.1 mRNA upstream 188564 23228908 ~ 23254585 (+) True lgr4
XM_039795662.1 mRNA downstream 33436 23550192 ~ 23568550 (+) True LOC120556218
XM_039795663.1 mRNA downstream 35156 23551912 ~ 23568550 (+) False LOC120556218
XM_039795661.1 mRNA downstream 45418 23562174 ~ 23568550 (+) False LOC120556218
XM_039795600.1 mRNA downstream 351198 23867954 ~ 23870221 (+) True terb2
XM_039794767.1 mRNA downstream 354301 23871057 ~ 23875520 (+) True sord
TU38916 other upstream 306122 23136732 ~ 23137027 (+) True G29292
TU38851 other upstream 450647 22992137 ~ 22992502 (+) False LOC120555548
TU38801 other upstream 561497 22764719 ~ 22881652 (+) False ankrd11
TU38802 other upstream 561783 22867720 ~ 22881366 (+) False ankrd11
unassigned_transcript_140 other upstream 895877 22547201 ~ 22547272 (+) True trnag-ucc_7
TU39086 other downstream 210256 23727012 ~ 23731706 (+) True G29433
XR_005638781.1 other downstream 718968 24235724 ~ 24309279 (+) False plekha7b
TU39283 other downstream 934556 24451312 ~ 24454877 (+) False sox6
TU39277 other downstream 934618 24451374 ~ 24454877 (+) False sox6
XR_005638876.1 other downstream 2447923 25964679 ~ 25964758 (+) True LOC120556589

Expression Profile