RNA id: TCONS_00075171


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00075171
length 617
lncRNA type inter_gene
GC content 0.44
exon number 3
gene id XLOC_037308
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007120.7
NCBI id CM002893.2
chromosome length 56459846
location 36124753 ~ 36177421 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

GTTTAGAAACGTGACAGCAACGTTTAGATGCTCGCCGACCTGAACGGATGTCCAATTTCAACGTATCCACTATTAGGACGACAAAACATAACAGGCCTATAAGCGAGCGTGAACTGCAGAGAAAGCCTGAAGCAGAGCAGACAGATATTACAGCAGTGACCCTGGCCTTTTATCAGCCTCGCTGTACCACAGCCTTTAATAAGACTTTATGGATCTAGTGATGGGCAGGCATTATAGCCAGAGGCTTCACCCAAACACCGCTGTGATTCTTGGTGATATGTTTTCATGATGAATTGTAGAGCGAGCGTATCTGTTTGTCCCAATGTCAAAGACGCGATTCTGCTTGGAACATTTATTTTGGTGAGGACAGCTGTTGCATTGGTCCCCTACAGCAGTCGGTGGTGCCAACCACCTTGGCACCCCTTAAAAAATGATGTAGATAAAAGGGGCTGCATTTGAGGCCATGTCTCAGAGCACACAACATATTGTCAGccctgaataaataaaaaagaggctCGTGGCTTAGAATAGATCACATTAAGCTGCTTTTTCAACCGCTGCATGTGTGCTGCTTTTTTAAAGCGATActctcaaataaaatatttttttaatggttt

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00075170 lncRNA upstream 22081 35987844 ~ 36102672 (+) True XLOC_037307
TCONS_00073414 lncRNA upstream 261857 35861072 ~ 35862896 (+) False XLOC_037304
TCONS_00075169 lncRNA upstream 956819 35160698 ~ 35167934 (+) True XLOC_037301
TCONS_00075168 lncRNA upstream 961089 35160644 ~ 35163664 (+) False XLOC_037301
TCONS_00075167 lncRNA upstream 1042757 35077550 ~ 35081996 (+) False XLOC_037300
TCONS_00075172 lncRNA downstream 593243 36770664 ~ 36775514 (+) True XLOC_037310
TCONS_00075173 lncRNA downstream 750634 36928055 ~ 36930192 (+) False XLOC_037312
TCONS_00075174 lncRNA downstream 750634 36928055 ~ 36932532 (+) True XLOC_037312
TCONS_00075175 lncRNA downstream 813742 36991163 ~ 36991851 (+) True XLOC_037315
TCONS_00075176 lncRNA downstream 1297726 37475147 ~ 37492914 (+) True XLOC_037321
TCONS_00073417 mRNA upstream 202552 35901554 ~ 35922201 (+) True XLOC_037306
TCONS_00073416 mRNA upstream 239493 35876927 ~ 35885260 (+) True XLOC_037305
TCONS_00073412 mRNA upstream 259225 35843732 ~ 35865528 (+) False XLOC_037304
TCONS_00073413 mRNA upstream 261181 35860975 ~ 35863572 (+) False XLOC_037304
TCONS_00073411 mRNA upstream 288579 35832370 ~ 35836174 (+) True XLOC_037303
TCONS_00073418 mRNA downstream 137446 36314867 ~ 36694998 (+) False XLOC_037309
TCONS_00073419 mRNA downstream 179319 36356740 ~ 36694998 (+) True XLOC_037309
TCONS_00073424 mRNA downstream 768919 36946340 ~ 36956667 (+) True XLOC_037313
TCONS_00073425 mRNA downstream 789873 36967294 ~ 36974879 (+) True XLOC_037314
TCONS_00073426 mRNA downstream 964415 37141836 ~ 37296908 (+) False XLOC_037316
TCONS_00073415 other upstream 260911 35862084 ~ 35863842 (+) True XLOC_037304
TCONS_00073409 other upstream 695437 35429202 ~ 35429316 (+) True XLOC_037302
TCONS_00073405 other upstream 1102439 35017847 ~ 35022314 (+) False XLOC_037299
TCONS_00073397 other upstream 1155186 34969450 ~ 34969567 (+) True XLOC_037296
TCONS_00073390 other upstream 1333866 34790750 ~ 34790887 (+) True XLOC_037293
TCONS_00073420 other downstream 616963 36794384 ~ 36795322 (+) False XLOC_037311
TCONS_00073421 other downstream 617298 36794719 ~ 36797775 (+) False XLOC_037311
TCONS_00073422 other downstream 617298 36794719 ~ 36797828 (+) False XLOC_037311
TCONS_00073423 other downstream 617298 36794719 ~ 36797834 (+) True XLOC_037311
TCONS_00073428 other downstream 1004019 37181440 ~ 37181557 (+) True XLOC_037317

Expression Profile

//