RNA id: TCONS_00075172


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00075172
length 707
lncRNA type inter_gene
GC content 0.39
exon number 2
gene id XLOC_037310
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007120.7
NCBI id CM002893.2
chromosome length 56459846
location 36770664 ~ 36775514 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

TACGTTGGTGGACTagagatgcagagcggagttgaccacgacgatgggGTTCCAATCCAGttaaaaacagttccagaaagcagCGCTCCAGGCTGACAGACCTCCTGCGCTCTTTCACACCAGCAGCGCCATCCTCATCTTGCCAATTAGAGAAGGGGGACCAGAGAAAATTGCCCTTGTCTGATAACTCACTGACTAACTAGCTTCTGGTTTTGCAACTTCTCACAGACTACTGGAAGACTCAAAGAGAAAAAGCAGGCAGTCGTCTTACTGGAAGCATCCTATAAAGAAATCAAAACCTGTGTCCAAAGCTACTCATTCACTATTCCTTATGTAGCATATGACATTCTATTACTCTGGGAACAATGGGGTGGAAATATTTGAGCGAATTCAGTTTCAGACATGGACAAAAATAGCATGCATCAAAGAGGACTCTATAGAAGCGAATTTCTCTTTAAATGTTATGCCTATACTGTATCATATATGGAGTATAACAATACACTAAAGTCATGATATGacatgcactctcagaaataaaggaaaaagGTGAAATTGAGGCTGTACTATTTCAAAagttatatgtttgtattttgtaggttttaattgatatagactatttcaatgtggtcatgtcattagcCCTTGAAcatttttctgctttttattaaactatttcacaGCTGTAATGAGGTTAACCTGTACTGTAA

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00075171 lncRNA upstream 593243 36124753 ~ 36177421 (+) True XLOC_037308
TCONS_00075170 lncRNA upstream 667992 35987844 ~ 36102672 (+) True XLOC_037307
TCONS_00073414 lncRNA upstream 907768 35861072 ~ 35862896 (+) False XLOC_037304
TCONS_00075169 lncRNA upstream 1602730 35160698 ~ 35167934 (+) True XLOC_037301
TCONS_00075168 lncRNA upstream 1607000 35160644 ~ 35163664 (+) False XLOC_037301
TCONS_00075173 lncRNA downstream 152541 36928055 ~ 36930192 (+) False XLOC_037312
TCONS_00075174 lncRNA downstream 152541 36928055 ~ 36932532 (+) True XLOC_037312
TCONS_00075175 lncRNA downstream 215649 36991163 ~ 36991851 (+) True XLOC_037315
TCONS_00075176 lncRNA downstream 699633 37475147 ~ 37492914 (+) True XLOC_037321
TCONS_00075177 lncRNA downstream 731445 37506959 ~ 37508273 (+) True XLOC_037322
TCONS_00073418 mRNA upstream 75666 36314867 ~ 36694998 (+) False XLOC_037309
TCONS_00073419 mRNA upstream 75666 36356740 ~ 36694998 (+) True XLOC_037309
TCONS_00073417 mRNA upstream 848463 35901554 ~ 35922201 (+) True XLOC_037306
TCONS_00073416 mRNA upstream 885404 35876927 ~ 35885260 (+) True XLOC_037305
TCONS_00073412 mRNA upstream 905136 35843732 ~ 35865528 (+) False XLOC_037304
TCONS_00073424 mRNA downstream 170826 36946340 ~ 36956667 (+) True XLOC_037313
TCONS_00073425 mRNA downstream 191780 36967294 ~ 36974879 (+) True XLOC_037314
TCONS_00073426 mRNA downstream 366322 37141836 ~ 37296908 (+) False XLOC_037316
TCONS_00073427 mRNA downstream 377050 37152564 ~ 37297485 (+) True XLOC_037316
TCONS_00073429 mRNA downstream 544708 37320222 ~ 37339656 (+) False XLOC_037318
TCONS_00073415 other upstream 906822 35862084 ~ 35863842 (+) True XLOC_037304
TCONS_00073409 other upstream 1341348 35429202 ~ 35429316 (+) True XLOC_037302
TCONS_00073405 other upstream 1748350 35017847 ~ 35022314 (+) False XLOC_037299
TCONS_00073397 other upstream 1801097 34969450 ~ 34969567 (+) True XLOC_037296
TCONS_00073390 other upstream 1979777 34790750 ~ 34790887 (+) True XLOC_037293
TCONS_00073420 other downstream 18870 36794384 ~ 36795322 (+) False XLOC_037311
TCONS_00073421 other downstream 19205 36794719 ~ 36797775 (+) False XLOC_037311
TCONS_00073422 other downstream 19205 36794719 ~ 36797828 (+) False XLOC_037311
TCONS_00073423 other downstream 19205 36794719 ~ 36797834 (+) True XLOC_037311
TCONS_00073428 other downstream 405926 37181440 ~ 37181557 (+) True XLOC_037317

Expression Profile

//