RNA id: TCONS_00074931


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00074931
length 228
lncRNA type inter_gene
GC content 0.52
exon number 2
gene id XLOC_037353
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007120.7
NCBI id CM002893.2
chromosome length 56459846
location 39863253 ~ 39865672 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

GCAGCATGACGCGATCGCTCCTTCCAGACCAGTCGACACAGTTCAATGAATCCCGCGAGCGCACTGTGAGTTGTGTGACAACAATTGACCGATCAACTTCgtatgagtgtgaatgggtgtgtgtgtggatgcttcccagagatgagttgcggctggaagctgcgtaaaaacatgctggataagtaggcggttcattccgctatggcggccccagattaataaagggac

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00073476 lncRNA upstream 1244922 38615603 ~ 38618331 (+) True XLOC_037344
TCONS_00073469 lncRNA upstream 1392446 38470041 ~ 38470807 (+) False XLOC_037341
TCONS_00073463 lncRNA upstream 1442217 38420012 ~ 38421036 (+) False XLOC_037338
TCONS_00073462 lncRNA upstream 1445142 38412748 ~ 38418111 (+) True XLOC_037337
TCONS_00073455 lncRNA upstream 1554683 38307686 ~ 38308570 (+) True XLOC_037333
TCONS_00073518 lncRNA downstream 1214422 41080094 ~ 41083181 (+) False XLOC_037363
TCONS_00073517 lncRNA downstream 1214422 41080094 ~ 41083181 (+) True XLOC_037363
TCONS_00073527 lncRNA downstream 1372569 41238241 ~ 41240872 (+) False XLOC_037366
TCONS_00075179 lncRNA downstream 1372569 41238241 ~ 41246508 (+) False XLOC_037366
TCONS_00073528 lncRNA downstream 1375096 41240768 ~ 41246508 (+) True XLOC_037366
TCONS_00073500 mRNA upstream 723531 39026311 ~ 39139722 (+) False XLOC_037352
TCONS_00073503 mRNA upstream 724749 39027312 ~ 39138504 (+) True XLOC_037352
TCONS_00073502 mRNA upstream 726408 39027312 ~ 39136845 (+) False XLOC_037352
TCONS_00073501 mRNA upstream 726488 39027123 ~ 39136765 (+) False XLOC_037352
TCONS_00073492 mRNA upstream 870220 38962017 ~ 38993033 (+) False XLOC_037350
TCONS_00073506 mRNA downstream 681005 40546677 ~ 40617382 (+) True XLOC_037356
TCONS_00073507 mRNA downstream 959393 40825065 ~ 40825989 (+) True XLOC_037357
TCONS_00073508 mRNA downstream 1008522 40874194 ~ 40924943 (+) True XLOC_037358
TCONS_00073511 mRNA downstream 1073664 40939336 ~ 40943137 (+) True XLOC_037360
TCONS_00073512 mRNA downstream 1159301 41024973 ~ 41034174 (+) False XLOC_037361
TCONS_00073498 other upstream 848655 39010445 ~ 39014598 (+) False XLOC_037351
TCONS_00073499 other upstream 849818 39011226 ~ 39013435 (+) True XLOC_037351
TCONS_00073497 other upstream 851869 39010432 ~ 39011384 (+) False XLOC_037351
TCONS_00073489 other upstream 1076209 38786928 ~ 38787044 (+) True XLOC_037349
TCONS_00073487 other upstream 1118479 38737612 ~ 38744774 (+) False XLOC_037348
TCONS_00073504 other downstream 271825 40137497 ~ 40137612 (+) True XLOC_037354
TCONS_00073505 other downstream 412475 40278147 ~ 40278263 (+) True XLOC_037355
TCONS_00073509 other downstream 1029977 40895649 ~ 40896812 (+) False XLOC_037359
TCONS_00073510 other downstream 1030099 40895771 ~ 40897183 (+) True XLOC_037359
TCONS_00073529 other downstream 1383785 41249457 ~ 41266843 (+) True XLOC_037367