RNA id: XM_039794747.1


Basic Information

Item Value
RNA id XM_039794747.1
length 4866
RNA type mRNA
GC content 0.41
exon number 13
gene id dync1li2
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_053114.1
NCBI id CM020911.1
chromosome length 46923577
location 22471509 ~ 22488379 (+)
genome version GENO_Pfluv_1.0_2020_eurasian_perch_Genome
species eurasian perch
(Perca fluviatilis)

Sequence

ATGGCTCCCGTTCTGGAGAAACAGCTCCCGGGCGCAGCTGGGGCAGGCGACAATAACAACGAAGAGGAAGAAGGACAAAACCTTTGGACCTCGATATTGAGTGAAGTTTCAACTAGATCGAGTTCAAAGTTGCCATCAGGAAAAAATATCCTGATATTTGGTGAGGATGGATCAGGAAAAACAGCACTTATGTCCAAACTTCAAGGAGCTGATCACAACAAGAGAGGGAGGGGACTGGAGTATCTGTACTTAAATGTGCATGATGAGGACAGAGATGATCTAACTCGCTGTAATGTGTGGATCCTGGATGGAGACCTATACCACAAAGGCCTACTTAAGTTTGCTGTTTCAGCTCAGTCACTACCTGACTGTCTAGCTGTGTTTGTTGCAGATATGTCACGGCCCTGGACCATTATGGAGTCACTGCAGAAGTGGGCCAGTGTGCTACGTGACCATGTGGACAAGCTCAAGATCCCTCCAGAGGACATGAGAGAAATGGAGCAGAAGATGGTGAAAGCGTTCCAAGAGTACACAGAACCGGAGGATGCCACCCCATCCTCCCCACAGAGACGGGCCCCAACAGCAGGGGAAGACGAGGCTGTTGTGTTACCACTTGGGgacaacacactcacacacaacctGGGCATTCCAGTGCTAATAGTTTGCACAAAGTGTGACGCAGTCGGCGTACTAGAAAAGGAGCATGACTACAGAGAGGAGCACTTCGATTTCATCCAGTCCCACATCAGGCAATTTTGCTTGCAGTATGGAGCTGGCCTGATCTACACATCAGTCAAAGAGGAGAAGAACCTGGATCTGCTTTACAAATATATAGTGCATAAGATGTATGAGTTCCAGTTCACCACACCGGCCTTAGTGGTGGAGAAGGATGCAGTGTTCATTCCATCTGGATGGGATAATGAGAAGAAAATTGGGATTTTGCATGAAAACTTAACAACAGTCCGACCCGAAGATCCATTTGAAGATTTTATCACGAAGCCCCCAGTACGAAAGCTGGTTCATGACAAAGAGATAAATGCAGAGGATGAGCAGGTATTCCTGATGAAGCAACAGTCTTTGTTAGCAAAGCAGCCAGCCACGCCAACAAGAGGAGCAACAGAGTCTCCAGGACGGACAGCCTCAGGGTCTCCCAGGCCCGCGGGTCGCGCCGGCCAACCCAACGTGACTAGCGGCTCACCAATGACTGCTGTCAAAAAGCCTGACCCTAACATGAAAGCGGGTGCTGCCAATGAGGGAGTGCTGGCTAACTTCTTCAACAGTCTGTTGAGTAAAAAGACTGGAGCCCCAGGGAGCCCAGGGAGCCCAGGAAGTGGAGCAGTTGGAGCTGGAGTGCAAGGGTCCGCCAAGAAAACAGAAGCCGGGTTTGAATGATGTCCAGGCGGAGTTGGACCGGATGACTCGCAAACAAGACTCCATGGTTTCAGCTAACAACATACCGCCGCCGACTGAAAACGAAGCGTGAAGGCAACAAAAACCGCTGCACCGTCCACTGCGTTAATACTCTGGAAATATACATGTACATGTGAGCGTAAAAAAATTGACCAAATTCCCAATGTCAGTATCAGTCAGCACACACAGTGGTTTCACCAAAATGAGTTTCAGATGCTATCAGATATTTTGGTGTTCTGGTAAGATGGTAAGAGAGAGATAACAGAGATTGTGGTGTTAATGAGATGATAAAGGAGTGCTGAAGGCTTGGCTTTATTTCTGTCCTCTCCTAAAAGTTATTTAGTGAGGGATGTCAGATTATGGAAATGTGTGCACACTCCCTGTCAGCCAGCCTGATGCGCTGGGCtgcatgcccccccccccacacacacactttctgggGTAAAACACACTCTGGTTCAGCTTATCTTGTGGAAGGAATTTGGTTGCGATTGGAAAGGTATTTAAACCTTAAATATATTCATTGAAAAAGcgtaatttaaaaaacatatgtactatgtaaaaaaaaaaaaatgttagatATGATACTGATGTATTTATACAAagctccttttttattttgtgcccCATTTATCGGTTAAAGGAAACCTTCATCTGTATCACATAACATGTTAAATAGCCACTGACGTCATGACACTAATACGTCCCGATAGCTGATATCATATCATTTGCCCTATTCATCTCAAATGATTCTGTAAATAtaaatactaaaaaaaaaaaaaatctattcagGTTAACTTTGATTTAGTATAAAATGCAATTCTGTCCAAATTCTGAAAATAGCTTCTTAGAATAGATGAGATTGGTTGGGATTTGATAGGCTTAAAGGTTGCAATGGAACTGCTTCTTTAGCTACAGGTGTGTATATTTGGGGATGGGGTTGGGCAGCATCTTTCCTACTATAACTCCTAAGTGCCTCGCACAGTTAGCTGTTTGTGTCATAGTAGAGGTGCTTGTCTACATAAGGGGAAATGCACTGTAGCACCATCGGTTAAAAGGTTTTTGTCCATTTCTTATCATCCGTATAATTTATTTcgcttttacatttttgttaatgTACAACAAGCCTGTGGTCTGTTATTTTTGAGAAATAACATTTCTGTGGCCTAAGTTAATGGTGTTTAATAGAGCAATATATTGAATGCCTTCCTTCGAACTGGGCTGCTGATATAAGAGGAAACCACATGATGATACTTTTGGGTCCCCCCAGAAGAACACTTACTGTGGTGGAAACCACTCACTTTGCAGCCAAAAGACACACAATGATTTGCTGTGGTTTGAACAAAATGAGATATTGTGTTTCACAGCACTGTCCTCCTTTTGATTTCACATGTTTTATTCACACTGTACTTCACATGTCGGTTCAAACATTCCCAGTTTCTACATGAAGTAGCTGTAGAAACACAGCCCTGTAGTAAAACCTGTTTGTCCTGTCAGGTCTTTCTGTTCAGTCTCTTTCAGTGCCCATTTAAAATAACGACCTTTGCCTTCAATGTACAGCTAACAGTTTGTCACACTGGGCACCCTGCCTTTACAGGAATGCTCCTAATTAATTTGTGTGTCCTTAAGGGGTTGCTTAATTGTGTTATgtaaattatcttttttttttctttttttttatataaagtaaaACCATTATACTCTACCATATCCAATCTGTAATAATAATTATGGTTTCATGAAACCATAATTTAATCAAAATTAATTAAGTGTACATTATCATTAAGTCTGTATGCAAGGCCCTACTTAATCTTATGGATAGTGTACATCAGTAGCTTTCACAGAAGTAATGACAGGTGTGACGAGAGCAGCTATTTGCTATTTAATAGCAAAAAAGGACAACTGGAGTGAATTGGGATATGGAACCAAAGATGCATATTAGTCActcttttctgcttttataGTTGATAATCCTCCATAAGATTAACCAGTGGCCATGTTGTGTCCCACTCTTGCATGGAGCCCTCGCATTCCAAACTTCAGACCTACCTATGAACTCGTTGTTGTGAATAACACCCTATAACACCCTAATGGTAGAAATGCCTTACTCCACTCAACCATATCTGGGGTTTTATGAGTCAAAGGAAGAAAATACCATACTTATGTACAGTAGATTATGGTAAATTCTCTAAATTGGTCTACACATTTAATGCAATTAGGGTTTAACTTTAAATTTGCTCTGTAAGGGAATAACCACAAGACCATATTGGTGTACAGTCTACGTTATGCAGGCTTTGATTTATTATCAAAATTATGCTACACAACTGTTCTGGATTTACTTTTGATCAAAATGAAGATCTTTTCATTTCTCCTcatctttgagttttttttgtgactgGGTGGAATGTGCGCCTGAGGGTCTGTTGCCGAAGTGGATGAAGCACAATTTAAGAACAGCCAGGAGCAGTATCGCCACATGTTGAAATAAGCACTTTTCCTTGGACACTTGTATCAATTCCCTGTTGCTACAGTTATCGATACAgaatgcatttttttctttcttttttttgccttgCCTTTGTTAGAAGATTTAGTAATGAACCTAGAAGTTAATCTCAACAGTAAAACTGCATTATTTATCTGCATTTGCTGCTTAAGTTATGGAAGGTGCACCTGATGGTTAACTATGGAATAGCCACTTTCTGCTGGTGATACTGTAAATTGAATCAATCCTCTAGACATGTCATTACACCTTTGCTAGGGATGTTTTTTGGGAAATCTTGAAGTAGATAAACCAAATAAATGTCCATTCATTTTCAGGTTTGACCTTTTTGCCCATGAAACGTCCCCTTGTTTATGTTTACATCCTAATTAggcatgttttgtttgtgttgtcaaaTATGGCTTTGCCCATTGACACTTTCTGTTTTAAAAGAATTTTGAAATGCCACCCTAATCTGACAGACGACCACACTGATATTTCTTCATCAAACATGGCCACAATTGTTAAATTTGGCATTTAGCTGAGTGGAATGAAGTGCTCTCATGCTGCTTGGTTTCAAAGTTGCAGCCGCTTTTTGTAAATGTTGGATGTTGCTCCCAAGATTGAATAATGAACAGTTGTAACTTTTGTAATCCAACGTCAGTTGAAAGCAACTGCCTCTTCACATCCTAACTGAATTGCCTTCAACCACTATTGACTATATTGTCTACATCTGTATGAGACTTTGAGCTTCTGCTTCCAGTCCTTTTGTATTCAGGATATCAAGACATTGTAAGCACATAGACTGGCTGCATTTTTGTGTCCTGAATTAATTCAGAAGTTGATTGTATGACTTTTAACACAATTCTGTAGCCTTTAAGCTGCAATGTGGATTCTCGCTTCTTACGCCGACAAAGATAAGGAAAATGTTTATCAGACCCCTGGCTTCAATAAAACCAAGAATCCAAACTTTG

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU38672 lncRNA upstream 63270 22407966 ~ 22408239 (+) True G29101
TU38655 lncRNA upstream 103006 22368129 ~ 22368503 (+) True G29085
XR_005638821.1 lncRNA upstream 310614 22159570 ~ 22160895 (+) True LOC120556188
XR_005638822.1 lncRNA upstream 310614 22159570 ~ 22160895 (+) False LOC120556188
TU38534 lncRNA upstream 341931 22128964 ~ 22129578 (+) True G29005
TU38711 lncRNA downstream 45563 22533942 ~ 22534868 (+) True G29135
TU38716 lncRNA downstream 60321 22548700 ~ 22580247 (+) True G29139
TU38717 lncRNA downstream 60321 22548700 ~ 22601559 (+) False G29139
TU38774 lncRNA downstream 264089 22752468 ~ 22753645 (+) True G29176
TU38852 lncRNA downstream 509323 22997702 ~ 23001049 (+) True G29241
XM_039794481.1 mRNA upstream 31136 22433511 ~ 22440373 (+) True nae1
XM_039794478.1 mRNA upstream 63799 22369351 ~ 22407710 (+) False cdh16
XM_039794477.1 mRNA upstream 63799 22377302 ~ 22407710 (+) True cdh16
XM_039794480.1 mRNA upstream 94369 22374134 ~ 22377140 (+) True rrad
XM_039795355.1 mRNA upstream 244403 22189913 ~ 22227106 (+) False lmo7b
XM_039794748.1 mRNA downstream 1133 22489512 ~ 22507555 (+) True cmtm4
XM_039794238.1 mRNA downstream 50901 22539280 ~ 22542996 (+) True trappc2l
XM_039795601.1 mRNA downstream 181525 22669904 ~ 22711934 (+) True acsf3
XM_039795604.1 mRNA downstream 181525 22669904 ~ 22698268 (+) False acsf3
XM_039795992.1 mRNA downstream 224921 22713300 ~ 22751941 (+) False cdh15
TU38307 other upstream 1068059 21396213 ~ 21403450 (+) True G28826
TU38234 other upstream 1710362 20711104 ~ 20761147 (+) True G28770
XR_005638835.1 other upstream 2951291 19512356 ~ 19520218 (+) False ercc3
XR_005638872.1 other upstream 2973285 19498093 ~ 19498224 (+) True LOC120556586
XR_005638873.1 other upstream 2973636 19497738 ~ 19497873 (+) True LOC120556587
unassigned_transcript_140 other downstream 58822 22547201 ~ 22547272 (+) True trnag-ucc_7
TU38801 other downstream 276340 22764719 ~ 22881652 (+) False ankrd11
TU38802 other downstream 379341 22867720 ~ 22881366 (+) False ankrd11
TU38851 other downstream 503758 22992137 ~ 22992502 (+) False LOC120555548
TU38916 other downstream 648353 23136732 ~ 23137027 (+) True G29292

Expression Profile