RNA id: TCONS_00074932


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00074932
length 241
lncRNA type intronic
GC content 0.36
exon number 1
gene id XLOC_037381
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007120.7
NCBI id CM002893.2
chromosome length 56459846
location 42158376 ~ 42158616 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

GAGGTAAAATTGTCTTACCTCAGAAACCACCTCCTCTCAGACACCCATCGGCTGCTTGTCACATTTTCCCCCGCGGGagatgttttttcttctgcattcatttagaaaatgtatttaatctCAGTTGACATTAACATTATGCTATGACTGAAACTATTTAAAAGCAGTTATATTCACTAAAGTTTAAATATTGATTGTTAAATGTCCTGTCTTGGACAGATATTtggtttaaaccaggggt

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00075180 lncRNA upstream 50290 42102201 ~ 42108086 (+) True XLOC_037379
TCONS_00073541 lncRNA upstream 352021 41788217 ~ 41806355 (+) True XLOC_037375
TCONS_00073535 lncRNA upstream 559549 41509948 ~ 41598827 (+) True XLOC_037369
TCONS_00073534 lncRNA upstream 579374 41509948 ~ 41579002 (+) False XLOC_037369
TCONS_00073533 lncRNA upstream 678990 41474942 ~ 41479386 (+) True XLOC_037368
TCONS_00075181 lncRNA downstream 190342 42348958 ~ 42500284 (+) False XLOC_037383
TCONS_00075182 lncRNA downstream 299483 42458099 ~ 42500284 (+) False XLOC_037383
TCONS_00075183 lncRNA downstream 299515 42458131 ~ 42500284 (+) False XLOC_037383
TCONS_00075184 lncRNA downstream 332809 42491425 ~ 42500284 (+) False XLOC_037383
TCONS_00075185 lncRNA downstream 338580 42497196 ~ 42500284 (+) True XLOC_037383
TCONS_00073548 mRNA upstream 31148 42066030 ~ 42127228 (+) False XLOC_037378
TCONS_00073551 mRNA upstream 32290 42095220 ~ 42126086 (+) False XLOC_037378
TCONS_00073547 mRNA upstream 33047 42063906 ~ 42125329 (+) False XLOC_037378
TCONS_00073550 mRNA upstream 33047 42095220 ~ 42125329 (+) False XLOC_037378
TCONS_00073549 mRNA upstream 48374 42066037 ~ 42110002 (+) False XLOC_037378
TCONS_00073554 mRNA downstream 110443 42269059 ~ 42270733 (+) False XLOC_037382
TCONS_00073555 mRNA downstream 111427 42270043 ~ 42270960 (+) True XLOC_037382
TCONS_00073556 mRNA downstream 387888 42546504 ~ 42650623 (+) False XLOC_037384
TCONS_00073557 mRNA downstream 448065 42606681 ~ 42650623 (+) False XLOC_037384
TCONS_00073558 mRNA downstream 448522 42607138 ~ 42649598 (+) False XLOC_037384
TCONS_00073552 other upstream 32992 42099737 ~ 42125384 (+) True XLOC_037378
TCONS_00073546 other upstream 63199 42040557 ~ 42095177 (+) False XLOC_037378
TCONS_00073545 other upstream 120057 41990086 ~ 42038319 (+) True XLOC_037377
TCONS_00073540 other upstream 424766 41733533 ~ 41733610 (+) True XLOC_037374
TCONS_00073538 other upstream 475366 41682926 ~ 41683010 (+) True XLOC_037372
TCONS_00073560 other downstream 1172779 43331395 ~ 43331511 (+) True XLOC_037386
TCONS_00073561 other downstream 1616635 43775251 ~ 43775365 (+) True XLOC_037387
TCONS_00073566 other downstream 1696879 43855495 ~ 43855610 (+) True XLOC_037389
TCONS_00073582 other downstream 2773559 44932175 ~ 44932293 (+) True XLOC_037397
TCONS_00073585 other downstream 2837653 44996269 ~ 44997423 (+) True XLOC_037398

Expression Profile

//