RNA id: TCONS_00075191


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00075191
length 692
lncRNA type inter_gene
GC content 0.41
exon number 2
gene id XLOC_037399
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007120.7
NCBI id CM002893.2
chromosome length 56459846
location 45039765 ~ 45044991 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

ATGGATATTAATGAAGCGCATATGGCTGCTTTAAAGCATTCCTATTCCCGTTAAGCGGTCCGATTATTTACCACTCATACCAAAGGTTGCTCTTATTCGATGTGGCGACTTTGATTTTGGAAGCTATGAAGGAGAGACAATGCAGAAGTCATGTCTTGTCCCTGAGAGAGGCATGTTTGTACTGCCTCTGCATCCCATAAGAGTTCCCTGCTCTGAATTATTGAGAGGTAGACCTGGGCAATCCATCATGACGGAAGATacacgaagatggctgtcatcgCTGCTGGAGGGGGAGGGGGACGTGTGAAGAGTCACCTCACGCCTCATCAACACTTTATTGAGAAGCATCTACAGTCCCTTCTTTCGACAGGGCCAGGAACCATCAAAATCGACCCCTCTGATTGAAATGACTGGATCTATTCATAGGCCAGACCTCTTCACAGGGCGGGACAGTGTTGCAGTTCTTCAGTGTGTCTTTTGAGAAAGGAATGCTACAACCTACTAACAAGTATTCCCATGCAGATATGAATCAAATTTATGAGCAAAATtagagtttaaattaaatttgagtttatttgtatagtagcTTTAACTAGTATGTACTTGCATTGAAATTTATAAATCcttacaatgtatttattgtgtaaatacacgtTTTacacttatgattgattaaatacctgtatgcaATT

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00073584 lncRNA upstream 41190 44995647 ~ 44998575 (+) False XLOC_037398
TCONS_00073574 lncRNA upstream 570336 44430972 ~ 44469429 (+) False XLOC_037393
TCONS_00075190 lncRNA upstream 583657 44455143 ~ 44456108 (+) True XLOC_037394
TCONS_00073565 lncRNA upstream 1159973 43800876 ~ 43879792 (+) True XLOC_037388
TCONS_00073563 lncRNA upstream 1238301 43798143 ~ 43801464 (+) False XLOC_037388
TCONS_00075192 lncRNA downstream 67505 45112496 ~ 45116841 (+) False XLOC_037401
TCONS_00074933 lncRNA downstream 216393 45261384 ~ 45261761 (+) True XLOC_037403
TCONS_00074934 lncRNA downstream 503796 45548787 ~ 45553378 (+) False XLOC_037404
TCONS_00073593 lncRNA downstream 506077 45551068 ~ 45553378 (+) True XLOC_037404
TCONS_00075193 lncRNA downstream 820276 45865267 ~ 45879991 (+) False XLOC_037410
TCONS_00073583 mRNA upstream 41043 44994214 ~ 44998722 (+) False XLOC_037398
TCONS_00073581 mRNA upstream 200617 44832032 ~ 44839148 (+) True XLOC_037396
TCONS_00073578 mRNA upstream 214346 44722205 ~ 44825419 (+) False XLOC_037395
TCONS_00073580 mRNA upstream 214420 44722267 ~ 44825345 (+) True XLOC_037395
TCONS_00073577 mRNA upstream 215265 44721808 ~ 44824500 (+) False XLOC_037395
TCONS_00073587 mRNA downstream 67546 45112537 ~ 45122990 (+) True XLOC_037401
TCONS_00073588 mRNA downstream 182037 45227028 ~ 45540996 (+) False XLOC_037402
TCONS_00073590 mRNA downstream 383050 45428041 ~ 45540996 (+) False XLOC_037402
TCONS_00073591 mRNA downstream 448350 45493341 ~ 45541367 (+) False XLOC_037402
TCONS_00073594 mRNA downstream 560419 45605410 ~ 45623647 (+) False XLOC_037405
TCONS_00073585 other upstream 42342 44996269 ~ 44997423 (+) True XLOC_037398
TCONS_00073582 other upstream 107472 44932175 ~ 44932293 (+) True XLOC_037397
TCONS_00073566 other upstream 1184155 43855495 ~ 43855610 (+) True XLOC_037389
TCONS_00073561 other upstream 1264400 43775251 ~ 43775365 (+) True XLOC_037387
TCONS_00073560 other upstream 1708254 43331395 ~ 43331511 (+) True XLOC_037386
TCONS_00073586 other downstream 19164 45064155 ~ 45064269 (+) True XLOC_037400
TCONS_00073589 other downstream 182110 45227101 ~ 45334105 (+) False XLOC_037402
TCONS_00073592 other downstream 495486 45540477 ~ 45540593 (+) True XLOC_037402
TCONS_00073600 other downstream 776478 45821469 ~ 45821585 (+) True XLOC_037408
TCONS_00073602 other downstream 1376036 46421027 ~ 46431133 (+) False XLOC_037412

Expression Profile

//