RNA id: TCONS_00075192



Basic Information


Item Value
RNA id TCONS_00075192
length 345
lncRNA type sense_over
GC content 0.44
exon number 3
gene id XLOC_037401
representative False

Chromosome Information


Item Value
chromosome id NC_007120.7
NCBI id CM002893.2
chromosome length 56459846
location 45112496 ~ 45122990 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence


tttGTGCCTGCGCTTGCTTTTGCGTATTCGCGGTGACGCGCACGTTAATTGAAAGAATGGCCGCAGAACACATCCGCGTCGTTTCATTTCTCTGCTTCTTCagAATGACTACACTTATATTTTCCACAGATTCAGCCAAAACACACCTCGATGTTCTATTACTATTGAAAGAATTACCAGTCACTTTTATCTTGGATTGGttgggCTTCAAAGCGATTAGTCACAGGACATTTACGGTCTTTCAGGATGAAACAACAGGGTCGCGGGTGTTTGGAGCTGGCCAAGCATCTGCCATTGAGATGAATGGGAATTCGAAAGGACATTTTCTCCAGGTATTAAACACGT

Function


GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2


Neighbor


RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00075191 lncRNA upstream 67505 45039765 ~ 45044991 (+) True XLOC_037399
TCONS_00073584 lncRNA upstream 113921 44995647 ~ 44998575 (+) False XLOC_037398
TCONS_00073574 lncRNA upstream 643067 44430972 ~ 44469429 (+) False XLOC_037393
TCONS_00075190 lncRNA upstream 656388 44455143 ~ 44456108 (+) True XLOC_037394
TCONS_00073565 lncRNA upstream 1232704 43800876 ~ 43879792 (+) True XLOC_037388
TCONS_00074933 lncRNA downstream 144543 45261384 ~ 45261761 (+) True XLOC_037403
TCONS_00074934 lncRNA downstream 431946 45548787 ~ 45553378 (+) False XLOC_037404
TCONS_00073593 lncRNA downstream 434227 45551068 ~ 45553378 (+) True XLOC_037404
TCONS_00075193 lncRNA downstream 748426 45865267 ~ 45879991 (+) False XLOC_037410
TCONS_00074935 lncRNA downstream 748550 45865391 ~ 45868067 (+) False XLOC_037410
TCONS_00073583 mRNA upstream 113774 44994214 ~ 44998722 (+) False XLOC_037398
TCONS_00073581 mRNA upstream 273348 44832032 ~ 44839148 (+) True XLOC_037396
TCONS_00073578 mRNA upstream 287077 44722205 ~ 44825419 (+) False XLOC_037395
TCONS_00073588 mRNA downstream 110187 45227028 ~ 45540996 (+) False XLOC_037402
TCONS_00073590 mRNA downstream 311200 45428041 ~ 45540996 (+) False XLOC_037402
TCONS_00073591 mRNA downstream 376500 45493341 ~ 45541367 (+) False XLOC_037402
TCONS_00073594 mRNA downstream 488569 45605410 ~ 45623647 (+) False XLOC_037405
TCONS_00073595 mRNA downstream 488576 45605417 ~ 45667487 (+) False XLOC_037405
TCONS_00073586 other upstream 48227 45064155 ~ 45064269 (+) True XLOC_037400
TCONS_00073585 other upstream 115073 44996269 ~ 44997423 (+) True XLOC_037398
TCONS_00073582 other upstream 180203 44932175 ~ 44932293 (+) True XLOC_037397
TCONS_00073566 other upstream 1256886 43855495 ~ 43855610 (+) True XLOC_037389
TCONS_00073561 other upstream 1337131 43775251 ~ 43775365 (+) True XLOC_037387
TCONS_00073589 other downstream 110260 45227101 ~ 45334105 (+) False XLOC_037402
TCONS_00073592 other downstream 423636 45540477 ~ 45540593 (+) True XLOC_037402
TCONS_00073600 other downstream 704628 45821469 ~ 45821585 (+) True XLOC_037408
TCONS_00073602 other downstream 1304186 46421027 ~ 46431133 (+) False XLOC_037412
TCONS_00073638 other downstream 4668479 49785320 ~ 49785437 (+) True XLOC_037435

Expression Profile


//