RNA id: TCONS_00074935


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00074935
length 364
lncRNA type inter_gene
GC content 0.49
exon number 3
gene id XLOC_037410
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007120.7
NCBI id CM002893.2
chromosome length 56459846
location 45865267 ~ 45884134 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

GCGGTGTGAACCATCTGAAGGGGGGCAGAAATTAAACTTGCTCCGAGGGGGTGAATTCCCTCCCGTCCCGCTCCAGTTTTGATCTCTTAGAGCCCGGAAGGCGATAGGTCACCTGTGTAATTTGGACTAACACAACAGGCATAAATTGATTCTTGTCTTCACAGGCAAAACACGGGATCAAACAGCAAGGTGCTGAAAATGATGGAGTGGCAAATATCTTTGTTTGTTATTGAGGACGCCAGCACCTGCAGTGATGGGTCAGTACACTCATTCGGGACCGGACTGCAGTCTCTCTCTCGGGTGGGCAGCGGATTTTAGACTAAACACGGTAAAGACAAGCAAACAGCACACAGCTCTCAAAACA

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00074934 lncRNA upstream 312013 45548787 ~ 45553378 (+) False XLOC_037404
TCONS_00073593 lncRNA upstream 312013 45551068 ~ 45553378 (+) True XLOC_037404
TCONS_00074933 lncRNA upstream 603630 45261384 ~ 45261761 (+) True XLOC_037403
TCONS_00075192 lncRNA upstream 748550 45112496 ~ 45116841 (+) False XLOC_037401
TCONS_00075191 lncRNA upstream 820400 45039765 ~ 45044991 (+) True XLOC_037399
TCONS_00075194 lncRNA downstream 10592 45878659 ~ 45884134 (+) True XLOC_037410
TCONS_00075195 lncRNA downstream 510642 46378709 ~ 46395404 (+) True XLOC_037411
TCONS_00075196 lncRNA downstream 547091 46415158 ~ 46431296 (+) False XLOC_037412
TCONS_00075197 lncRNA downstream 559525 46427592 ~ 46431296 (+) True XLOC_037412
TCONS_00075198 lncRNA downstream 614862 46482929 ~ 46525911 (+) False XLOC_037413
TCONS_00073601 mRNA upstream 21912 45839260 ~ 45843479 (+) True XLOC_037409
TCONS_00073599 mRNA upstream 71197 45789887 ~ 45794194 (+) True XLOC_037407
TCONS_00073598 mRNA upstream 167747 45680802 ~ 45697644 (+) True XLOC_037406
TCONS_00073597 mRNA upstream 198132 45605540 ~ 45667259 (+) False XLOC_037405
TCONS_00073604 mRNA downstream 776566 46644633 ~ 46684539 (+) True XLOC_037414
TCONS_00073605 mRNA downstream 877281 46745348 ~ 46799620 (+) True XLOC_037415
TCONS_00073606 mRNA downstream 2093415 47961482 ~ 47970760 (+) False XLOC_037418
TCONS_00073607 mRNA downstream 2093656 47961723 ~ 47967510 (+) False XLOC_037418
TCONS_00073608 mRNA downstream 2098100 47966167 ~ 47970760 (+) True XLOC_037418
TCONS_00073600 other upstream 43806 45821469 ~ 45821585 (+) True XLOC_037408
TCONS_00073592 other upstream 324798 45540477 ~ 45540593 (+) True XLOC_037402
TCONS_00073589 other upstream 531286 45227101 ~ 45334105 (+) False XLOC_037402
TCONS_00073586 other upstream 801122 45064155 ~ 45064269 (+) True XLOC_037400
TCONS_00073585 other upstream 867968 44996269 ~ 44997423 (+) True XLOC_037398
TCONS_00073602 other downstream 552960 46421027 ~ 46431133 (+) False XLOC_037412
TCONS_00073638 other downstream 3917253 49785320 ~ 49785437 (+) True XLOC_037435
TCONS_00073648 other downstream 4220933 50089000 ~ 50090257 (+) True XLOC_037440
TCONS_00073655 other downstream 4932290 50800357 ~ 50800473 (+) True XLOC_037446
TCONS_00073665 other downstream 6214244 52082311 ~ 52082437 (+) True XLOC_037460

Expression Profile

//