RNA id: TCONS_00073626


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00073626
length 176
lncRNA type antisense
GC content 0.44
exon number 2
gene id XLOC_037428
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007120.7
NCBI id CM002893.2
chromosome length 56459846
location 48693432 ~ 48817119 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

AAAACAGGCAGATCCACAGAAGACTTGTATTAGTTGAAGGACCCCATTTAAGATCATATGTGACCCCTGTGAAGCTCATGATGTGCACACGGCAGAATTGCAGATCTACAGAAAACTTGAATTAGTTGAAGGACCTCATTCAAGATCACGTGACCCCTGTGAAGCCCATGATGTGC

Function

GO:

id name namespace
GO:0034470 ncRNA processing biological_process
GO:0030490 maturation of SSU-rRNA biological_process

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000168397

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00073625 lncRNA upstream 25337 48682775 ~ 48687885 (+) True XLOC_037427
TCONS_00074937 lncRNA upstream 331650 48380855 ~ 48381572 (+) True XLOC_037425
TCONS_00075205 lncRNA upstream 583895 48123162 ~ 48129327 (+) False XLOC_037422
TCONS_00073618 lncRNA upstream 583895 48127608 ~ 48129327 (+) True XLOC_037422
TCONS_00073616 lncRNA upstream 585527 48123162 ~ 48127695 (+) False XLOC_037422
TCONS_00073627 lncRNA downstream 26530 48740524 ~ 48755697 (+) False XLOC_037428
TCONS_00075210 lncRNA downstream 26530 48740524 ~ 48755839 (+) False XLOC_037428
TCONS_00075209 lncRNA downstream 26530 48740524 ~ 48755839 (+) False XLOC_037428
TCONS_00075211 lncRNA downstream 26546 48740540 ~ 48755150 (+) False XLOC_037428
TCONS_00073632 lncRNA downstream 131584 48845578 ~ 48858403 (+) True XLOC_037430
TCONS_00073624 mRNA upstream 40968 48455909 ~ 48672254 (+) True XLOC_037426
TCONS_00073623 mRNA upstream 44249 48415043 ~ 48668973 (+) False XLOC_037426
TCONS_00073622 mRNA upstream 445576 48232572 ~ 48267646 (+) True XLOC_037424
TCONS_00073621 mRNA upstream 462395 48232571 ~ 48250827 (+) False XLOC_037424
TCONS_00073620 mRNA upstream 485242 48219140 ~ 48227980 (+) True XLOC_037423
TCONS_00073628 mRNA downstream 41644 48755638 ~ 48816031 (+) False XLOC_037428
TCONS_00073629 mRNA downstream 47461 48761455 ~ 48817119 (+) True XLOC_037428
TCONS_00073630 mRNA downstream 105286 48819280 ~ 48831418 (+) False XLOC_037429
TCONS_00073631 mRNA downstream 107637 48821631 ~ 48835494 (+) True XLOC_037429
TCONS_00073633 mRNA downstream 229477 48943471 ~ 49052004 (+) True XLOC_037432
TCONS_00073602 other upstream 2282089 46421027 ~ 46431133 (+) False XLOC_037412
TCONS_00073600 other upstream 2891637 45821469 ~ 45821585 (+) True XLOC_037408
TCONS_00073592 other upstream 3172629 45540477 ~ 45540593 (+) True XLOC_037402
TCONS_00073589 other upstream 3379117 45227101 ~ 45334105 (+) False XLOC_037402
TCONS_00073586 other upstream 3648953 45064155 ~ 45064269 (+) True XLOC_037400
TCONS_00073638 other downstream 1071326 49785320 ~ 49785437 (+) True XLOC_037435
TCONS_00073648 other downstream 1375006 50089000 ~ 50090257 (+) True XLOC_037440
TCONS_00073655 other downstream 2086363 50800357 ~ 50800473 (+) True XLOC_037446
TCONS_00073665 other downstream 3368317 52082311 ~ 52082437 (+) True XLOC_037460
TCONS_00073706 other downstream 6534206 55248200 ~ 55248314 (+) True XLOC_037493

Expression Profile

//