RNA id: TCONS_00075212


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00075212
length 6983
lncRNA type antisense_over
GC content 0.38
exon number 2
gene id XLOC_037431
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007120.7
NCBI id CM002893.2
chromosome length 56459846
location 48869896 ~ 48877349 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

CATTTTTGTTCATCTTAACCAATATAGTTGATGAAAGAATAGTTAGATATAGACGTAAATGTGGGTAAAAGCTGTAGTTTGAATGATAGTGGCAAAGTATATATGCATTTAATGAGTATTTTGAGCTGTTTAAATACCCTAAAAACAGCCTTTTGTGATTTTTATGAATATCCtacttgacatgttttttttaccCATAGATGAAACAAAATCAGGCAGAAAGCGTTGGTCTGTcgtgtttatttaaaatacatggcAACATAATTCATTAGTACCGCTGATAATCAGTTTTCCAGCAAAGGCAGAGAATACAGTTGTCTTTTTTTCTTAATTCTTCACCTTTTGACATCAAATGTAAACCACATAACACAGCAACCTGTCTGCAGTGCAAATAAGACGACGGCTAAAATTAGCTGTAGCGCTTGTCCAGATTAAACAGACAGCAGCATTGACCTCCTCCACACTGAAAGAAACAACAACCCAAAGCATTAAAATGAACTCAGCTGAATGATCATTGCGTTTAAAAAATGGGtagtaacaaaaataaaagcagtgtAAGGTGGTGTTTAATATTCAAAGTGCATGTTCACCGAGTGCTGCTCTCAAACAGTGTGATAATATATTTCATAATCTCATAATGTTTCTGAAGCATTTACTGAAGTACAGTAATGAAATCAAACCTTGATTATGATTGGAAACAGACTGGGATTCAATCAGGAGTGATTATCGAATATAATATACCTGCTGAATGAATATCACATCGAATAAATACTTTCCTGGAAATAAAGATGCAGAcactttgcttaaaacaagctgaatccttttttgttttgttttttcaaaatattaaattaaaataagtctCCGTTTCAATTTCGAACAATAGATCTGATAATCAAATCTGATAATCTGTTATCAAAAGTCTGGGCTCAGTAAAATGAGATGAATAGTGGAGAGAGGGGACAGTTGCAACACTTCTTGCCTTTCCTTCAGTTTCTCAAAgacaggtttttttttgtttgtttgtttgtttgttttgttgtggaaACTCCAAATTTTAATATGTTAAACTCACATCTATTGGACACCCATCCACATTGCTATAACATGTGTACATGCTGTATGATAATATTTGCAGAATTTAAACTTGAACAGACAAAGTCAAACGATGCAACTGACCCCGAGCAGGAGGACCGTTccaacatttattcaaatgtaataataaaaaaattaaaacatcaggtgggattttatttttattttttggtaaacaGACTAATTGTAAATTGGTTATGTAACCATTTAACCTACTGCACCCAGCCTGCTCTGAGCTGAGATTGAGccagcaaccttccgcatgggagtcagttgctctaacgagaaggctaaagaccatggtgtctagtgtctgttgctagagcacatttagaggtcagaggagtgaggtttacctgcatagcacttcactagctggcctccatgacactcaccccctaaacctcactctcatcccggacgagcccccacatgtaacccactggTCTACTGCACCCAGTCCGGTCTGAGCTGTGatcgaaccggcgattctttgcatgggagttgggtaatctaacaaggaggctaaatatTATAGTCTCAATTATCTGTcgttagagcacctttagaggtcagaggagtgaggtttagctGCATAGCATTTTGCTAGCTGTCCTCTATTACACTCACCCCTAAACGTCACTCCCATCCTGGACAAGCCCACACATGTAACCCATCGGTCGTACTGCTCCCAGCCTGGTCTGAGTTGGGATCAAAccggcaagtttatttatttatttacttattttgcatGGGATTCAGATGCTTTATTAAGGAGGCTAAAGAGCCTGGCCTCttgcatctgtcgctagagcaccttttaatgtcagaggagtgaggtttacccgcATAGCACTTTgttagctggcctccgttacacactcaccccctaaacctcactcttatcccggacgagcccccactttgaacttttttaaaattaattatttaaagcatTCATTCTCTCAAATTAAATTACTTTGCAACTGtgatcaaatttaaaatagtagattgttaaaatgacaaactttaaaatgaattttCTAATTGGGGACAAAACTGTCAACCATTATTAAACCATCTATGCTAGAGAGATACAATAGCTTTAACATCTTATATCTATACCTATCTAAAGCTAAGAAAGCAATGATTTAAATTCATACTAATTAATAATGTTTCACAAAAACAGATTAGACCGTATGAGAAATCCTCAAAAGGAGTTTGATACTGAAAGAATGGTCACATTTCTCTCAGATTGAAGGATGGTCTAACTGAGAATATGTAGTATGAATATTATCACTAGCCTTATCCTGATTGGATGAATAAGTCTTTGTGCAACTGCTCCATATTGCAATGGTCCCCACTGTCcactactttttttttcccccaaggaTGCATTAACTGAACATTTTAATTCATCATATAATCCCGAAAataattaacattcattcattttcttttcagcgtagtccctttattaatctgggatcaccacagaagaatgaaccgccaacttatccagcatatgttttacgcaatggatacccttccagctgcaacccatcactgggaaacaccaatacacgctcattcacacatatacacaatggccaattaagtttattcaattgacctatagtgcatgtgtttggactgtggaggaaacaggagcacccggaggaatcccacgccaacacggggagaacatgcagactccacagaaatggcaactgatccAGCAGGGGCTCGAATCGGCGACCTttatgctgtgaggtgacagtgataaccactgagccaccatgtcacccactgtaaatacagtatttttaccAAATAAACGTAGCCTTGATGAacatcttttaaaacaaaaatcttaCTAAGCCCAAACTTTAAAACAGTTCAGAAAATAAGTTTTAAGAAGGAATATGAGTGATCTGTGATGCATACCTTTATATTGGTTCATTTGGACATTGACTTGGGTGATTCTtccatttttaaaacactgtttgttATTCGTATTTCATGGAGACGTTGGTGCTCGTGACGGAACCGGTGCTCAACTGCTGGATTTCTCAATCTCTGTACTGATTTCTGCTTGAGAGCTGAATTATAATCTCAAATAACCATAGTGCATCATTGTGCTTAAACCATTTGAAGTCACTGGGCAACTGGACATACAGTGAAACACAATCACAGCATCATACAGCATTACCAGTTTAGACCATAGATATGAATATGCACAAGCCACATTTGAGCACTCCAGACACATCAATGTGTTGTTTTGATGAAAACAGATGTCAATACTCAGAcgatgaaacaaaaaaaatctaaaaatgttacTAATACATTCGGTGGGTCTGAAATCTCATAGTTCTCTACtatatacactgtgaaaaatagCTGTAAATTAGCAGCTTTCCttcccccccctgtttatttctgcttttgaattgcattatgggactttaatCTTTCTTACAACTTTTTTTAGCcttaaaaaggtaaaaaagtgacttacaaacatttttaatagtttaaagtgatgtattgtctgggttggtgttgtgtaTTATGGTACAAATAtcttcaaaaaatatattatttttacttatttctctctatatattattttgttaacattatattatttcacacTACTAAAACGTCAatatttgttagtttgttaaacTTGATGTTGAAAATTGAACTCTACAAAGACGACAGAGTAAAGATTACtttctcataatgcaattcacaaccgtaaataaaccgAAAACGtgtgaaacacaaaacaaagaaactgttaattatcaatgcactcactggccacattattaggtacagcttaatagtaccaggttggacccccttttgccttcagaacagtcttaataggcccaaagtgtggcaagaaaatatatattgcaccgccaccaccaccagcctgattaatagatacaaggcaggatggatccgtgcttttatgttgttgcttTTATGATGTTGTTGGAAATTGAGAATCCTCAGACCAGGCAtcgtttttccaattttctattgtccaattttggtgagccagtGCGAATTgcagcttcagtttcctgttcttagctgacaggagtggcacccggtgtggtcttctactgctgtagcccatctgcctcaatgttGGACGTGTTgagtgtttagagatgctcttctgcagacctcggttgtaacgagtggttattttgagttgcctttctatcagctggaaccagtctggccattctcttctgacctctggcatcaacaaggcatttgcgcccacagaactgccgctcactggatactttctctttttcggaccatgcATTAACGAACAGTTGGACATGTGCctaataaagtatttttacagtgtaggacagTATGTGAGTCGAATAGTATAACcaaatttatagtaaaaaaaaaaaaacgcaaatgaGGAGTTCCCGTATGATTTATTACTTCTGACGTGCGCATCCAATAAAGACTTTACTATCCATTGAGGCTGAGGGAGAAAATTTATTATCTcctattaatattcatatttatatttgttttattaaaacaagcttaaattgaaatatgtagactaatggatgtcttcagtggaacactgtttccttactccCGATAgggagaaagtgagagagaaagtaaagaggccgaatcgtggaggctcgttctttatcctcgcgctgcagatggtctgtttaattgttttctctctagtgaagtgttcagtttttccacttacaaagtctgccatgtaaatagcaaatgcgctatggcgtgaAGCAacagactcttaaagggaatgtgagaagAGACTTacattggtttattctcaaaacacctataactcactaagaaaataagcacaaccc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Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00073632 lncRNA upstream 11493 48845578 ~ 48858403 (+) True XLOC_037430
TCONS_00075208 lncRNA upstream 114057 48707575 ~ 48755839 (+) False XLOC_037428
TCONS_00075213 lncRNA downstream 871987 49749336 ~ 49754453 (+) True XLOC_037434
TCONS_00075214 lncRNA downstream 992103 49869452 ~ 49885824 (+) False XLOC_037436
TCONS_00073639 lncRNA downstream 992343 49869692 ~ 49871467 (+) False XLOC_037436
TCONS_00073641 lncRNA downstream 993044 49870393 ~ 49871467 (+) False XLOC_037436
TCONS_00073640 lncRNA downstream 993044 49870393 ~ 49871467 (+) True XLOC_037436
TCONS_00073631 mRNA upstream 34402 48821631 ~ 48835494 (+) True XLOC_037429
TCONS_00073630 mRNA upstream 38478 48819280 ~ 48831418 (+) False XLOC_037429
TCONS_00073629 mRNA upstream 52777 48761455 ~ 48817119 (+) True XLOC_037428
TCONS_00073628 mRNA upstream 53865 48755638 ~ 48816031 (+) False XLOC_037428
TCONS_00073624 mRNA upstream 197642 48455909 ~ 48672254 (+) True XLOC_037426
TCONS_00073633 mRNA downstream 66122 48943471 ~ 49052004 (+) True XLOC_037432
TCONS_00073634 mRNA downstream 781765 49659114 ~ 49745424 (+) False XLOC_037433
TCONS_00073636 mRNA downstream 835519 49712868 ~ 49745424 (+) False XLOC_037433
TCONS_00073635 mRNA downstream 835519 49712868 ~ 49745424 (+) False XLOC_037433
TCONS_00073637 mRNA downstream 850262 49727611 ~ 49745424 (+) True XLOC_037433
TCONS_00073602 other upstream 2438763 46421027 ~ 46431133 (+) False XLOC_037412
TCONS_00073600 other upstream 3048311 45821469 ~ 45821585 (+) True XLOC_037408
TCONS_00073592 other upstream 3329303 45540477 ~ 45540593 (+) True XLOC_037402
TCONS_00073589 other upstream 3535791 45227101 ~ 45334105 (+) False XLOC_037402
TCONS_00073586 other upstream 3805627 45064155 ~ 45064269 (+) True XLOC_037400
TCONS_00073638 other downstream 907971 49785320 ~ 49785437 (+) True XLOC_037435
TCONS_00073648 other downstream 1211651 50089000 ~ 50090257 (+) True XLOC_037440
TCONS_00073655 other downstream 1923008 50800357 ~ 50800473 (+) True XLOC_037446
TCONS_00073665 other downstream 3204962 52082311 ~ 52082437 (+) True XLOC_037460
TCONS_00073706 other downstream 6370851 55248200 ~ 55248314 (+) True XLOC_037493

Expression Profile

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