RNA id: TCONS_00074939


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00074939
length 497
lncRNA type inter_gene
GC content 0.31
exon number 1
gene id XLOC_037447
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007120.7
NCBI id CM002893.2
chromosome length 56459846
location 50940357 ~ 50940853 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

aAATCACAATTCAGTTACAGTCATTTGatcagtatttgtaatttgttattttacatcaCTGGTtacaataaataaagattttacatCTCAGCCAgaatgtgttacaactaacccagaCTATATGgggtacatttttacatttcactcCTTCACAAGTAAACTGTGCATTTTGTTAGTGCTGCGAAGCTAACATCGATGACATTTAATAGCAGACACTTTTAACTAGTTTGAGACACATTTTGTAAACACTGGCTTAAAAGTTCTCAAAGATTTAGAGAAAAAAGAATTTTACTATCCCCAATCTTCCTTTTTTGTAGGTCTAGTTAGAGACACCTAAAATTGACCAGataattatattttgattttaaacatTCAATTAGTTCATATTGTTTCAGTAATTACAGTGATGAAAGTTGTAAACAAACATGAGAAGAACTCCATTTTGAATTATTTTCGAAGAGTTAGCAAGCCTACTGTTATGGCACTACTGTAGCTGA

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00075218 lncRNA upstream 236500 50702484 ~ 50703857 (+) False XLOC_037445
TCONS_00075219 lncRNA upstream 236500 50702513 ~ 50703857 (+) False XLOC_037445
TCONS_00075220 lncRNA upstream 236500 50702581 ~ 50703857 (+) True XLOC_037445
TCONS_00074938 lncRNA upstream 454850 50362528 ~ 50485507 (+) False XLOC_037443
TCONS_00075217 lncRNA upstream 571674 50362974 ~ 50368683 (+) True XLOC_037443
TCONS_00073656 lncRNA downstream 102602 51043455 ~ 51060961 (+) True XLOC_037448
TCONS_00074940 lncRNA downstream 168936 51109789 ~ 51133178 (+) True XLOC_037449
TCONS_00075221 lncRNA downstream 196483 51137336 ~ 51141121 (+) False XLOC_037450
TCONS_00075223 lncRNA downstream 196499 51137352 ~ 51141121 (+) False XLOC_037450
TCONS_00075222 lncRNA downstream 196499 51137352 ~ 51141121 (+) True XLOC_037450
TCONS_00073653 mRNA upstream 184688 50600355 ~ 50755669 (+) False XLOC_037444
TCONS_00073652 mRNA upstream 188075 50599362 ~ 50752282 (+) False XLOC_037444
TCONS_00073654 mRNA upstream 188743 50749388 ~ 50751614 (+) True XLOC_037444
TCONS_00073651 mRNA upstream 599637 50316921 ~ 50340720 (+) True XLOC_037442
TCONS_00073650 mRNA upstream 734600 50175366 ~ 50205757 (+) True XLOC_037441
TCONS_00073657 mRNA downstream 206527 51147380 ~ 51217090 (+) False XLOC_037451
TCONS_00073658 mRNA downstream 206911 51147764 ~ 51217396 (+) False XLOC_037451
TCONS_00073659 mRNA downstream 239655 51180508 ~ 51217128 (+) True XLOC_037451
TCONS_00073660 mRNA downstream 284492 51225345 ~ 51261339 (+) True XLOC_037452
TCONS_00073661 mRNA downstream 324430 51265283 ~ 51271597 (+) True XLOC_037453
TCONS_00073655 other upstream 139884 50800357 ~ 50800473 (+) True XLOC_037446
TCONS_00073648 other upstream 850100 50089000 ~ 50090257 (+) True XLOC_037440
TCONS_00073638 other upstream 1154920 49785320 ~ 49785437 (+) True XLOC_037435
TCONS_00073602 other upstream 4509224 46421027 ~ 46431133 (+) False XLOC_037412
TCONS_00073600 other upstream 5118772 45821469 ~ 45821585 (+) True XLOC_037408
TCONS_00073665 other downstream 1141458 52082311 ~ 52082437 (+) True XLOC_037460
TCONS_00073706 other downstream 4307347 55248200 ~ 55248314 (+) True XLOC_037493
TCONS_00073716 other downstream 4975560 55916413 ~ 55916544 (+) True XLOC_037503