RNA id: TCONS_00075249


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00075249
length 413
lncRNA type intronic
GC content 0.43
exon number 2
gene id XLOC_037502
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007120.7
NCBI id CM002893.2
chromosome length 56459846
location 55902859 ~ 55904950 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

cagcttctctactcactagtcaacagTTCAGCttgtctactcactagtcaacaggtcagcttctccactcactagtcaacaggtcagcttctccactcactagtcaacatgtcAGCTTatccactcactagtcaacaggtcagcTTCTCCACTCACTAGTTAACAGGTCAGCTTCtccactcactagtcaacatgtcAGCTTatccactcactagtcaacatgtcAGCTTACCTCATAAATCAACAAGTCAAATCAATAGTAAACAGGTCAGCTGGTCTTCTCTCAAGTCAATAGGTAAGGTTGTGTACTCGCTAATCAAACTGCTCAACAGCTGTGTGCAGTGCTCACTTAACAGGGTACTGACTCTTAAATCTATTTTCTTAAACTCAAACTATTTTAGGCTGCAGATTCC

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00075245 lncRNA upstream 15520 55880829 ~ 55887339 (+) False XLOC_037500
TCONS_00075244 lncRNA upstream 15520 55880829 ~ 55887339 (+) False XLOC_037500
TCONS_00075246 lncRNA upstream 15520 55881360 ~ 55887339 (+) False XLOC_037500
TCONS_00075247 lncRNA upstream 15520 55881658 ~ 55887339 (+) True XLOC_037500
TCONS_00074948 lncRNA upstream 31736 55870374 ~ 55871123 (+) True XLOC_037499
TCONS_00075250 lncRNA downstream 417024 56321974 ~ 56323914 (+) True XLOC_037507
TCONS_00073715 mRNA upstream 27782 55857193 ~ 55875077 (+) False XLOC_037499
TCONS_00073711 mRNA upstream 348125 55455801 ~ 55554734 (+) False XLOC_037495
TCONS_00073710 mRNA upstream 348125 55455801 ~ 55554734 (+) False XLOC_037495
TCONS_00073712 mRNA upstream 348125 55536005 ~ 55554734 (+) True XLOC_037495
TCONS_00073709 mRNA upstream 484663 55379283 ~ 55418196 (+) True XLOC_037494
TCONS_00073717 mRNA downstream 198223 56103173 ~ 56172757 (+) True XLOC_037504
TCONS_00073718 mRNA downstream 289460 56194410 ~ 56222014 (+) True XLOC_037505
TCONS_00073719 mRNA downstream 327598 56232548 ~ 56245149 (+) True XLOC_037506
TCONS_00073720 mRNA downstream 517361 56422311 ~ 56426047 (+) False XLOC_037508
TCONS_00073721 mRNA downstream 517567 56422517 ~ 56423344 (+) True XLOC_037508
TCONS_00073706 other upstream 654545 55248200 ~ 55248314 (+) True XLOC_037493
TCONS_00073665 other upstream 3820422 52082311 ~ 52082437 (+) True XLOC_037460
TCONS_00073655 other upstream 5102386 50800357 ~ 50800473 (+) True XLOC_037446
TCONS_00073648 other upstream 5812602 50089000 ~ 50090257 (+) True XLOC_037440
TCONS_00073638 other upstream 6117422 49785320 ~ 49785437 (+) True XLOC_037435
TCONS_00073716 other downstream 11463 55916413 ~ 55916544 (+) True XLOC_037503