RNA id: TU61598


Basic Information

Item Value
RNA id TU61598
length 6313
lncRNA type inter_gene
GC content 0.42
exon number 2
gene id G46013
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_053116.1
NCBI id CM020913.1
chromosome length 44101041
location 332243 ~ 340678 (+)
genome version GENO_Pfluv_1.0_2020_eurasian_perch_Genome
species eurasian perch
(Perca fluviatilis)

Sequence

atggaattttttgtttttttgtaataaaaaatgaaatacttcaaataaactggcatttaaaaggGTTacaatcctgaaaatgattgaatgtttggtagttttgattaggttacaagttgtttaagtgatttatgaaaaaaaaaaagcagtaaaaaatattgatatatgatgatttaatagcagtttgtgtgcgtggacatttttgccacgaaggtgtcgagagtaagttttttttttaaggagggcatgagggttaaaatgGAAATGGAAGTCGGGATAAAAGTTTCTGAGTCTATTGGACCTGCATCTGTGCATGGAGTACCTACGGCCTGAGGGAAGTAACTTAAACTGGCAGGACAGGGGGCTAGGGTCAGCTGCAATGGATCGGGCCTTCTTTATCCCTCTATTGGAGTGGATGTGGGAGAGAGTGGGGAGGTTGATGCCTGCAATCTTGCCACATGTCCTAACGATACTCTCTAGTCGTTTTTGGTTTTTCATGGACAGAGAACCAAACCAGCAAATAAAACAGACTCAATAAAACAGGAATAAAACATTCTCATAAACATGGGGTCAATGTGGTTCAAAACATAGCTTCCTATCAATTATTGTGCCAAGGTACTTATATTCTTGTACCGTCTCAACAGGTTGGCCATCAATGATAGTGGGGGGAAAAGGGGGGCACTGTTTCCTAAAATCAATAATTTAGTCTTAgagacatttattttaaaaaaagaacgcTCACACCAATCGTTAAAGTCCTTCACTATTGGTCAATCACACTTTCATTAAGTAGAGACACAATGACAGAGTCATCTCCAAATTTAAAAACCTGTCTTCCATCATATTGTGAACGACATTCATTTGTGTAGAAGATAaaaaggagaggggagaggacaCATCCTTGGGGGGAGCCAGTAGAAGATAAAAGATTGCCCGATAAAACACCATTGACTTTAACCCATTGGGATCTGGAGGATAAAAAGTCATCTAGCCAGGCTATTAGCCCTGGGTTAATGTTGTGTGTCTTTGAAAGTCCTTCTGCTAAAATGTGGGGTTGGATACAATTAAAAGCTgatgaaaaatcaataaatagtAGTCGTACAAATTGCTTTGCCCCTTCCAGATGATTAAAAACTGTGTTGAGCAGGCTACCCGTAGTTGTGGCTGTATTATTGctaaaataattttttcaaaagttttcaTAATGAGAGAAGTGAGGGCCACTGGTCTAAAATCATTAAGCGATTTAGGTCCTTTGGTCTTAGGCACAGGCACAATCACTGACTCTTTCCAGAGAAGAGGGACCCAGTGTAATTGAAGTAACTTATTGAATATGAAGGCAAGTATGTCAGACAGTGGCTCTGCACAGCTTTTTAGTAGGCGTCCACCAATATTACCTGGACCAGGACTCTTCCTTTCCTTCATCCCCCTAAGAATTCTGTGAACTCTGTCCTTAATAATGATAGCCACATTTTGTTGTGCCCATGATTCCCTGTACGTGGACAATTCCTTGGTGAAATCGTAAATATTAAAGCGAttataaaaaaattcaattCATCTGCAAGCTCAAAatctgagattttttttatgattggATTGTAAACCCATCATTGACTTCACACCGTCCCATGCAGGGCGTGACTTGCCACTACTCAACAGGGATTAAACTTTGTCCTTATATTTAAGTTTAGATAATTTGAGCTCCCTCTTTACTTGCTTCTGCAGGTCATTATAGACTATCGCATCCCCCTGTTTAAAACTAATATTTCTCTGGTTAATGATACTGTTAACGGATTTGGTCACCCATGGTTTATTATTCGGAAAAATAGAAATAGCCTTTTTGGGAATGATTTCATTTTCACAGAAACGTATATAAGCAGAAACAGTCTCAACAAGTTCATCCAAGTTAGGACATGCTTCCTTAAATAAGTCCCAGTCTGTACATGAGTAACAGTCCAATAGCTCCTGTGTAGATTCTTCAGACCAGACCGGAACCAAACGTCGCTCAGGTTTTGTTCTCCTCAGGACAGTATTGTAGACCGGAACCAAATAAACAACGTTATGGTCGGACCGACCAAGGGGGGCTCTGCTAAATGACCTGTAGGCTTTTTTAACTGTACCATAACAGAGGTCTAAACATTTCATATGTCTTGTAGGACATGTGACATATTGGGAAAAGTTACTTAGTGACTTTCCAAGCATACAGTGATCGTCGtgcatttaaatttaaagcacCATCAGACTGGAACAATCTCTCTCGCTCAGATCTATAACTTCCTTTTATGTTTTCAAATCATCTTTTTACTTATTCTCAAACATCTTGTTCctgatcctttttttttccttcttctttctcatatactgtacatgtttgcAGTTATGTACCTGCATGCGATAGTGAAGTGCATAAACATATTTATACCTTGATTCTGTATTTGCATTTTCGCAGATGGCTCACTGATTGATCATGGCTAAAGGGAAGGGATTAGGTTTGTGGGAGCATTGTTAGTGAGTGCGTGTATATGAATGTGAATTTTGTATCTAAATGTTTGTTATTGTCTTGTGCTGTATTTACTTTAATTATGATTCTCCATCTTGATGTTGGTTTCTTTTGTATCTTAAAAGGACCCCTTCGAAAATGAGATTGTGCATCTCAAGGGATTATCCTtgaaaatagataaataaagtCGCCCATTATAAAAAGTTTGGCGCGTCAGGGGCGATACTTTGCAGCCTTTGCACTGTTTGTACTATTACCCTTGATGCAATATCAGCGTTGTATACAAGTGTGACAAATATTTGTGGAAACTCTCTCGGTAAGTAATAAGGACGGAGAGAGACAGGCATGAGTTCGATGTCAGCGGCGCACACAGTTTCTCTGACCGTAACTGTATTGCACCAGCTCATCACAGACCACCACTGAGTGATTTTCCCGTTGCTGCCGGGTCCCTATCAAGTCGCAACGGTACTCCAAAACCATCGATTTCTAAGTCTGGTTGTAGATCCTGCTCCTTGAGCCACGTCTCAGTCAGTGTAATAAGGCAGGCATTCCTGTAGTCCGATACAAATCTGGCATTTGCTTGGAGTTCATCCACCTTGCTCCGGAGGGATTGTACATCGGCGAGGATTATCGAGGGGAGAGGGATCCTCCGGAGGCCCTGTCTTTTGAGCCTCAGGCGAACCCCGCCGCGGCTTCCTCTTTTCCTCGCCTTTGTTGGCCTCATCCCCTGGTCTCCCCTTGGAAGGACCATGCCTGATGATCTCCATGGGGAATTTTCCAGCTGGGTCCACGATTCCCCCTCCACCTGCATCCCGGAGTAGCAGTAGGAACTCCCGGTTGTAACAGAGGTGGTAATCAAACAGAGCACCCGCGTAAAGTGAccaaaaagtgtcaaaatgaGCAGAAAACCAGTCAGTCTGAGGCGAGTCATTGTTTCCAAAATCACGTATGAGCAGAgttaaaaataacaatgaacTATGTTAGTAGTCGCACACAATCgttagaaaaacaaacaaacaaaaacataacgCGCACAACTGCTGCTGCGTGTCGCCATAGAACAGCGCCACCTGATAGCTGATTGctgatagggttgggtacctttgaCATCAGAACCAATACCGGTACCTGTGCCTGGTGTTTGGTCTCGGTATTCAACGGTACTTTTTTCCAGTACTCGCCATTGCCCGTTTTCATTTTGCCAGCAAACGTTGCACAGACCACTGTCTCCGTCTAGTTTAGTCAAATACAACCACACAGCTCAACGTTTTCGGCTGGCCATCTTTCTCCTGCTCCACACAGCGTCAGCAGAACGTCAGGTTTCTTTCCCTAACGACCAACcacaagttgtcatgacaaatctAACCATTCGTGATTCAGAACAATGGGCGCATTCCATGAATAGGtcaattttaaccattattTAATTCTTTGCAGCTATTCTGATTTATAATGTATGCCTGCTCCTGGCGCAACACATGCAAGTTTAATCTAAATGGTGCACTAAATTGGTCATAATTGCTTTCGGTTATGATCCGGACATAACATTACACTCAGGCACATCCTCAGCTGGTGCTCCCTGCTCCTGATGCACGTGAAAGTACCGgaatttggcaccgtttgacTTTATGTAAACCAATACTCTGTAGTAGTGctttctgtaaagcactttgtgaccctgtttgtctgtgaaaggtgctatataaataaagtttacttacttactcactCACACCGATGTGATTCGGTCGGTATTGGTAAAAGGACAAGgttcgatgcccaaccctacttgcTGATGCATCAGTTCTGTTCTTGCTGCGGTTACATTTCAATGACATAGTTGTTGCTTTTGTCTGCATCTTAAAACTGTATGTACATGTTTCCCTGTTGTACTATGTGCTTTAGCAATACTAcaattaggggtggtacggttcacaaaacccacggttcggtttgtatcacagttttagggtcacggttttcggttctgtacggttcttgttattttttcttttaatctttaacactccagaatatacttcagcatatgatatatagctaaaattagcatattgaatgcatgttgcacaaaacatgcacacagtggcagttctatatattgttttatttcatcataggtaccatgaaatccaaaatgttcccacacaccagactataaacgacgctggcgcatcctccagctctgggcagcctctctcccacttgacatttctgcaggtgacgtgacgtgacctgcagcggcaccccactccacttgaggagcggtcggctcggtgtctctcaaaatctgacgaaaatcttttaaactgacctttgtcgatctgaaatgaagacagattcagcaactgcatggcctatttctcgcttaaaatgtttttagaaacacgtttcggtgaactattttagtacaatatgagatcgtactctgaacgagccgccatgacagtccgttttgaaattagggaccagccagacccat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Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU61593 lncRNA upstream 1835 323243 ~ 330408 (+) True G46011
TU61494 lncRNA upstream 102697 225945 ~ 229546 (+) True G45931
TU61507 lncRNA upstream 109012 222544 ~ 223231 (+) True G45943
TU61601 lncRNA downstream 18144 358822 ~ 365267 (+) True G46014
XR_005639373.1 lncRNA downstream 34418 375096 ~ 376473 (+) True LOC120559841
TU61632 lncRNA downstream 160671 501349 ~ 501559 (+) True G46042
TU61684 lncRNA downstream 521513 862191 ~ 871239 (+) True G46078
TU61746 lncRNA downstream 561761 902439 ~ 902678 (+) True G46132
XM_039801939.1 mRNA upstream 122506 74750 ~ 209737 (+) False vps13d
XM_039801400.1 mRNA downstream 135786 476464 ~ 485895 (+) False commd7
XM_039801399.1 mRNA downstream 135788 476466 ~ 485895 (+) True commd7
XM_039799257.1 mRNA downstream 217539 558217 ~ 771056 (+) True LOC120558328
XM_039799258.1 mRNA downstream 217539 558217 ~ 771056 (+) False LOC120558328
XM_039799259.1 mRNA downstream 217539 558217 ~ 771056 (+) False LOC120558328
TU61671 other downstream 453224 793902 ~ 900296 (+) True G46066
TU61880 other downstream 895637 1236315 ~ 1245218 (+) True LOC120559832
TU61892 other downstream 936610 1277288 ~ 1284379 (+) True G46238
TU61894 other downstream 936610 1277288 ~ 1282739 (+) False G46238
TU62008 other downstream 1182007 1522685 ~ 1523231 (+) True G46305

Expression Profile