RNA id: XM_039802198.1


Basic Information

Item Value
RNA id XM_039802198.1
length 4860
RNA type mRNA
GC content 0.45
exon number 18
gene id LOC120560087
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_053117.1
NCBI id CM020914.1
chromosome length 43979800
location 14842071 ~ 14867655 (+)
genome version GENO_Pfluv_1.0_2020_eurasian_perch_Genome
species eurasian perch
(Perca fluviatilis)

Sequence

TTGCTCTCTAACCGCTCTCTGACTGCAGCTTCAGCACAGTTAGCAGCCCGAGCTAATccggctaacagctaacagctaacggcTAGCTAGTGGCGCTATGATGGCGGAGCTGGTACAGGGACAGGCCTCGATGAACCAGCCGGGGCTGAAATCAGATGGCCTGGCCGATGTTTTACAGAGGGCCCGGCAGatGGTGGGTAAGATGGGCGGAGAAGCCATGTCTCACCTCAACAGCTCCTCAGGAAGTGTCGAGCCCTCGCTCTACTACTCCGGCCAGAAACGACCAGGAGAGGACGGAGtaGGTAACCAACTAGCAGCCATGGGGCATCAAAGCAGGGTAATCACAGAGGATTACAAGGTCCCCGACAGGATGGTTGGCTTCATTATTGGAAGAGGAGGTGAACAGATAACCAGGATCCAGTTGGAGTCCGGCTGCAAGATCCAGATTGCTGCTGaCAGCGGAGGTCTGATGGAGCGGCCATGTTCCCTGACTGGAACTCCAGAGAGCATTGAgcAGGCGAAGCGTCTGCTGGTCCAGATCGTAGATCGCTGTAGAAACGGTCCGGGTTTCCATGGCGACGGTGAAGGCGGAGCCTCTGTGCAGGAGATGCTGATCCCGGCCAGTAAGGTGGGGCTGGTGATTGGCCGAGGAGGAGACACCATCAAACAGCTGCAGGAGCGAGCAGGggtgaagatgatgatgatccaGGACGGTCCGATGCCAACAGGAGCTGACAAACCTCTCCGCATCTCTGGAGACCCGTACAAAGTGCAGGCAGCGAGGGAGTTGGTGTTGGAGGTGATCAGAGAGAAGGACGGAGATTTCAGGTCGGGGCGCAACGACTTCAGCGCCCGTCTGGGAGGAACCAGCCTGGACGTGCCAGTTCCCAGGTTTGCTGTTGGCATCGTGATTGGCAGGAACGGAGAAATGATTAAGAAGATCCAGAATGATGCAGGAGTCCGAATCCAGTTTAAAGCAGATGATGGCATCAGTCCGGAGcgtgttgccatggtgatggGTCAGCCAGACCGCTGTCAGCATACTGTCCACCTCATCAATGAGCTCATTCAGACcgcacagGAGCGTGATGGTTTTGGCTCGGCCCTGCGGGGTGGGAGGGTAAGAGGTCGTGGTGATTGGACTATGGGCTCTCCTGGTCCACTACAGGAAGTGACCTACACCATCCCTGCTGACAAGTGTGGCCTGGTCATCGGTAAAGGTGGAGAAACCATCAAGAGTATTAACCAGCAGTCTGGAGCCCACGTGGAGCTGCAGAGGAACCCTCCCCCCTCTACGGACCCCAACACCCGGGTCTTCACCATCAGAGGCACCGCCCAGCAGATGGACCTGGCCCGCCAGCTCATAGACGACAAGATCGGGGGTTCAGGTATCATGAGTAATGGAGGTTTTGGCTTCAGTCCCTTCACCCAGGGCCCTGCTACACACCAGAActgtggCAGCGGTCAGACCTTCCTGACTGGCGTTTGGGGAAACACCTACCAGACCAGCTGGCAGAACCCTGGACAACAAGACcctggTCAGCAGAGCCAGCCTCAGAGCTTGATGACAGACTACAGTAAGGCCTGGGAGGACTACTACAAGAAACAGAGTCAGTCCTCTCAGCAGAGTTCGGTGCCAGACTACACTGCAGCGTTAGCAGAATACTACAGGCAGCAGCCCTACCTGTGGAACGCCGCCCAGATACAGGATCACTAGAGGCTCATTCGTCACCGGTGAAGGCCTCGGATGGTCGTCGACGGCAACCGAATCGGGGTTTCCTAGCAACGCTCTGCCGCTTCCTCCTTCCTTTTGTAGAGAAAAATAAGGATTAACTGAAAAATCACGaactcttttctttctgttttttaacCTTACAAAGTTGATATTTTGTCGGGCAGATTTTTTTGGACTAGCCTCTGGTCTCCACAGTGTAGACctggtttttctttttgttttattttttatcaaactTGAACTTAAAGATGTATCAGTGTGGCTTTGAACAAAAAAATCCAGTATAATCTATATTTTGTCTAGTTTTATTTTCCAATAAGAAAACGGTATAAGGCTTAGCAGTCTTGAGTAATAAAAtcagatattattattattattattttgtttatgaTAATGTTTTAAAGCATGCGTCAGATTGTGTGTTGACtctcagttattttttttttttattttggcataGAAATATTTTAATAGCGTCAGATGGAAATTTAATGTTTTACCGTCAGagacaaaactgttttttgtACTAAATTTGTGCTCGCTGGGTCTGTTTGTTCTCGATCTAATTTTACCTGTTTAGTCGCCATCTTGGAGGTGCAATGAcgcgtttattgttttcttttggTTTGATGATAGTTCTTATTCCTGTATCTCTATAGTGACTCTTTAGTTTTTATGATGTAATGATGAATAAATGACGATTTATATTGCGTTGTCTAAAGCCGGATCTCTCTGTGGTCAAACTGTTTTTGTCCTCCACAGGATTTAAACCTCTAGCCGACACCATGTTTCCCCGCCTCAACTTTCATTACAAAAAGGGGATAAATGACTATTTTCTTACAAAGTGAaactttattattgttattgtaacTTAGTTCTGCATTTCTACTTTGCTGATTTGTTTATAGAAGAAGTGTGAGCTGAACAATGAAGTTATCGATTCTATTAGCAATGTAAACTGGCGTGTTAGCTAAACGTGTGTTAACACACGAACAATGTTTGTTAGCAAAAATATGTGTTACCTCAACTGTGTTGGCTGAATGTGGTGCTTAAACTGTttctgttagctgtgttgtattaGCTGAATGTTAACTGAAAGGTGTGTTGTCTGAACAATGTTTTTGTTAGCTGTGTGTGTTAGCTTAGCGGTTTGCGTTAGCTTTTACTGAACATGCACATTACGAATTTGTGTTAGTTGAATCAAAGTGGAGGCTGAACTGTTTCTGGGTTCCAGTGTGTGTTAGCAGAGTCTACTGGATgtgtagctattagctaaacgTGTGCACTAATTTAACTTTGCAGCGCTCATGATTAATCGTAAATAGCAGAGTAAGGAAAAAACATTCACTTCAGCCTCCCAGTTGTAATTGTAAAAAACATATCCGCAAACCAGTGACAAAATGGCTCCAAAGAACCTTCACTGGCattaacatctaaataaaacCCAATAAACAAGAATATAATCCACTCTGCTAGTTAGAAATAACTGCTATAACAATGTAAAACATTCAAACACATTGATCTACTATAACTACATGGCTAGCTAAGCATTATCTTTGAATAATTTGTTAGGGTTCCTAAAATCTCCCTTATTCTCTAAACATGACGTGAATACAGCATTAGTTAAATAAATTGTTAGCTAATGTGCTGGCAGTATGAACCTGTTAGTTAAACCATGTACATTAGCAAAACTGTTGTAGCTTAATGGCGCGTGTTAGCTAAACTGTGTTTTGTGAACTTGTAGCTAAACTTGTGTGTTAGACGTGTGGTGTGTCAGAGTTAAACGGTGTGTATGTTAGctgtatgttgtgtgtctgttaagGCTGGATTATGCTCCTCGAACATGCACGGTTGTCAAATTTTCGTGGCTCTTTTATACGAACGTGGaagtattttttcctttttactttTCCAACCCAACTcccaacaggtttttggattgTTTAAAACATGTTGTTTAGATTAGGAAGACTTTAAAGTTTCACCCCTAAAGCCCTCTTTGCATAAATACAAAGAGAGGTTTGTGCACCTTCATAGAGGTGTAATTCCAACCTTAGCTGTATGTTTGTTAGCAGCGTGTGTGTCGTATTTTTGTGCGTTAGCTAAACGTTGTTGTGTTGGACCACAGAGAGATTTGTCTTGTGTTGAGGGAGATCTGGCGGCTGTTGAGTTGAATATTGAATCAGTGGTTCTGCTTCTTGTATgtgtgataatgatgatgataataataatgacgACGATAATAATGAGTTCTCCTGTACAAGGGTCTATTTAAATCTCTTTATCCAGTTTGAATATTCAGTTTGTCGATAAGATAATATGGTTTGTGTAAATTTCCACTCTGGCGGGTGCTCTCCAGttaaaaatgtactttgttaTCCTGTTAAAAATGATATTGTTTAATTCACATGTGTCTAACCGATTTGCAAAGAGAAGCTGAGTATGTGTTATTTTCTCAAGACTGCTAGGCTAACTGTCTCTATCTCCTCTTCTTGTCTGTCTCAGTCTGTCCGGacgtcaccacatttaaaaaGTTAGTGGgatttgtgattttcttttttttttttttttttttttctttttttttctaaacacgTCTGTAATCGGACCAGGCGCGTTGAATTGTCCCCAAGCTCGTTAGCGTGGCGGCTCTGAGACTAGGAGAGCTGTAGTGAGGGGATTTTGCTCCCCGAAAAATAATTAAACACTGGAGTGGACGGTGGCTCGATGTCCAGCCCCAGTTCCAGGGTTCCGAAGGTGTCGACTGTTAGAACCCGCACTGGGTTTAAAATAGTTAATAACTGGTCAGCGGGGTCACACAAAGCCTCCCCAACGTCCCAGTCCCAGGGCCAGGACTGAACACGACATCACCTTCCACTCCGGTTTAGATCTTCCTAGTCCCGACTCCTCGTCCTGAAGGGGTTATAGGGAGCTTTTTGGTTTCTTggtttctgttgtttttctaaCGGACAGATGTCCTAACTGTAACCTGCAGATTTTTCTATTAGATTCTATTGACCGAGTTGTGTATGAACCCGAGCCACGAGACTGTCGGTGGCCGAGAAATGGGAAgatggatgatgatgattaacATGAGGGCTAATAAACAGGCTCAATCTTTCTGA

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
XR_005639594.1 lncRNA upstream 79576 14755450 ~ 14762495 (+) True LOC120561401
TU82398 lncRNA upstream 88015 14699525 ~ 14754056 (+) True G61514
TU82392 lncRNA upstream 164699 14676137 ~ 14677372 (+) True G61513
TU82340 lncRNA upstream 342637 14499180 ~ 14499434 (+) True G61468
XR_005639540.1 lncRNA upstream 343014 14497838 ~ 14499057 (+) False LOC120560938
TU82458 lncRNA downstream 158786 15026441 ~ 15027400 (+) True G61539
TU82459 lncRNA downstream 159950 15027605 ~ 15027818 (+) True G61540
TU82698 lncRNA downstream 278445 15146100 ~ 15152551 (+) True G61730
TU82731 lncRNA downstream 355467 15223122 ~ 15224015 (+) False nudt18
TU82732 lncRNA downstream 356459 15224114 ~ 15224465 (+) True G61756
XM_039803938.1 mRNA upstream 46128 14781698 ~ 14795943 (+) True surf4l
XM_039804510.1 mRNA upstream 69919 14767716 ~ 14772152 (+) True kazald3
XM_039802858.1 mRNA upstream 88671 14677671 ~ 14753400 (+) False grin1b
XM_039802199.1 mRNA downstream 10973 14878628 ~ 14886454 (+) True prdm12b
XM_039802201.1 mRNA downstream 23917 14891572 ~ 14924937 (+) True c5
XM_039803123.1 mRNA downstream 60718 14928373 ~ 14979797 (+) True cntrl
XM_039803152.1 mRNA downstream 112219 14979874 ~ 14981617 (+) True LOC120560530
XM_039803151.1 mRNA downstream 113134 14980789 ~ 14981617 (+) False LOC120560530
TU82399 other upstream 47469 14786011 ~ 14794602 (+) False G61514
XR_005639549.1 other upstream 55962 14774514 ~ 14786109 (+) False surf4l
TU82426 other downstream 71738 14939393 ~ 14950621 (+) False cntrl
TU82454 other downstream 211219 15078874 ~ 15083448 (+) True G61535
XR_005639607.1 other downstream 430887 15298542 ~ 15298643 (+) True LOC120561495
XR_005639522.1 other downstream 564053 15431708 ~ 15434443 (+) False zgc:101664
unassigned_transcript_259 other downstream 750230 15617885 ~ 15617956 (+) True trnac-gca_19

Expression Profile