RNA id: TU167509


Basic Information

Item Value
RNA id TU167509
length 3976
lncRNA type inter_gene
GC content 0.40
exon number 5
gene id G141675
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047603.1
NCBI id CM018549.1
chromosome length 29458963
location 282417 ~ 386543 (+)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome
species striped catfish
(Pangasianodon hypophthalmus)

Sequence

cacAGGTGTAGTGTGTcagagatctctctctctctctctctctctctctctctctcacacacacacacacacacacacacacacacacatttacatgtaaTATAATGCAGGGGGCGGAGCTGCCAGTTACACCTCATTTTTGGAAGCTCCTCCCCATTataatgattgacaggtgtgtgttattacagaaGGGTCATGAACCTTTAGccattaatgttaatgctaatgtaCTAAAACATCCATTTTAGCTTAAAAGtgcagaaatattggcacctctaCAGAATATGgccaaaaaaaattgttaaataaatccataaataaaaaagcaacaaataaTGATTAACATTTTCATGATGTGACTTTACACCTAAACACAACCAGAATATACTCAAAGCATCGCTTTAGCATAAATACGAAGAGCAACGTACGGGTTTGATCACATTACTGTGTGACAGCAGGGTAATTATCTGATctcagcgagagagagagagagagagagagagagagagagagatgatcgATGGTGTACGATgatcattaaatattaatgaggtGAGAATTAAATTAGGAACTCGCAGAGGAGCTCTGGTTTCTCTCAGGTGACCATACGACTGGACTTTAATGGACTTTAATGGACTTTAATGGAGTTTACTGTCTGATTATTCTGTAATCCTTTACAGTAtacatgatgctaaactggtggctgtAATCTTCCATtaattgttagctacattagcatcgTAGCCACAGTGTAaagctaaagaagcaaacttcacacacagaacacatcgttttttcctttttattttttaatgctgaaatgtttattgttatacattttataattttctttcagaaaaaataGTGAGCAAATGAAAAGTGCTATATTAAGTGCTGAATATCTTGAGATCAGATAAATGATCAGATGAAACATTCAGTTATTCTTCAGTCAGCTTTAAGGAAGAGTTACAGTGAATGAGTAGGATGTGATCATGCAGATAAAGCGGAGGTTAAATTGGACTCGTGTTATTtatgtaaagagagagagattacaggGTTAAGTGTTAAAGCTGATAGTGAgcggctgtgttccaaatccCTTCACCGCGTGTCCTCGTGTCCTTCGTGTCCTTGTGTCCTCACAGGTCTTTGAGTGTGTCACCTTCTGTAGCCTTCTCCAGCCAGTGAGGAGGCCATGAGGCTTTAATACTCGGACGCTCCTTCACCATCTCGTAATACTCCGTCAGTTTGGGGTAGCGCTCCTTACTCAACccaaACCGTGGGATGTAAGCAAAGGCAGGGAAGAAAAAGACATCAGCCATGGAGAAGTTCTTCCCAGCCAGGAACGATCCTTTACCCcctgctGTAGGTAACCCTCCCACAGTTGGAGTTCAGTCTTCAggttctctctgtttctcttcaggGCTGATTCGTGTCTCTCAGGTTCGGGGACATAGTATTCGTAGAACAGAACTTCATCTGAACaatcagcatcacacacacacacacacacacacacaacacacaagatacacataacacacacattgtatgTCTTACACACATCATAATGATGTCACACACATGCTATACTCACATCAGACATCATACTCGAGATGTCTCACGTGTGAACCTGGACAGCtctctgagagtgtgtgttgtgtttgctgtgtcAGAGCAgctaaagctcataaaaagctactttaccTGTGAcctacagttacaggcctgagtggctgcTGGTTCTGTTCTACTGCAGTGACCTTTAAACATTAGCGATATCTCTAATGCTGATGATTATCTTCTCGAATCAGTGATTAATATGGTCAGCGTTACAGATTTACCCGAGTACcgtgtgtgtattaactgatCAAAAGCCAATCCTGCTATAAACTCACTTTAAAGTAGATAAGAGGAATTTTACACCATGGTCATTTGACCTCACACCATAAACAGGGAAGGAGATGCTGGTTGAGAAGACCATCCCACGCTGAAGCTGCAGGCTGAGGTGGTTCAGATTTCTGTGGTTCTCACCAGCTGTAGGTGGACAATTACGAGCTACAACTTCACCTCAAGCGCAGGATATGAGCTTCTATCCCTGTTAACAGAGTGATGTtgaatcaacatggccgctcaccgcatcagaaataaacacagcagcacttcttaccttccCGTGAGGTACACTGTGTTTACACACGTTAGTTTCAGATCAGTCAGCAAACAGACAcagttaaatctgtaacactccCTCTACAGCTCACTGCTCTGAGGTAGACATACAGCACTCTGCACAGCTAGCTGATAGcgttttgctaacaaaacacaaacatggaggTGTTATTTCTCCCACTTCACAAGTCGAACAGAGGCGTAAAATGATGTCACTCCAACCTGCACATTAACACTTACACTTAACCTGACGCAGCACACTTCAGTTTTACCTCCCGGTGTTCAGAGCAGGAACTGCAGCTGCTTTAAAACCACACTACATTTCTGaacactatctatctatctatctatctatctatctatctatccatctatttatgtggtctgtatttatttatgatgttgcacaaaaacatcatcagaCAAATCAAGCACAAAAATCACCTCTTTTACTTTCTTCAACAACTTCAACATGCACTAAGtgataaattatgaaaaaaCTTTATAACATTATCTTTTATAAGTCTTACAGGATTTTAACTTATAACaaactaaattatttttaaagaacttggagctatttttaaaaatgttttataatgggGCAATGTTTAATTAGCTTCATTCTGTACAATTAGCTATAATTAATggtaaataatgtattaatgctgaaCGCAGTGTGACAGCACAGTgatcttatattatattatattatattatattatattatattatattatattaatattttgtctcagggaggttttcctcaccactgtcacctctggcttgctctttagggataaattcatatgtttaaaatttatatcctgaatgtctttatttgtgtaaagcttctttgtgagaatgtccgttgttaaacgcgctatacaaataaaataaaattgtattgaaCTGAGTtgaatgttgtgtttttatacGTACACATCTTCTGCTGCAGTGTGCTGGTCTCAAACGCACGCTGCAACACGAGCGCCTGCTCCTTCACATCGTCCGGTATCAGCTGAGTGCCCTGAGACTTAAACcggttctacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacactttatacaagACTGTTTACTATGTTGGACAGATGCCAAGGCtgagtgatatgacaaaaaatcttatcagctgcttccaatcagtttgtaattaaacacaaaagcTAATAAAAAACTTTTCAGTGTCTCAGGAAAGTGAATTATGACATCATTTATCATGCTTTCAATATTATATCGCCTTAAATAAGTAAGATATGTAGTGCCATGACCAGAAAAGACTTCCTTCTCTAATAAATAAGTTATTGTTCTCTAATCTGACTATagctctattctattctgtgtgtgttctgaaaatCGTTCTTCATATAACACGTTTCGATATGCACACGAGCTCACACGAGTATGATGTCACTTTCCCCCTGAAATTCCCCTTACCTCCAGATACATGCACGCAGCCATGGACTCATTCACCACCACATCTCCATGTTTAAACGTGGGAAgctTGTCCTCTCGGGTTCAGCTTCATCACCTCTTCACACTTGTGCTCTCCTTTGTCGAAGGAGAGCAGTTTGTGGTGGTAGCCCTGCAGGTTCTTCTCCTCCAGAGCGATCTGAACTTTCCAGCAGGGAGGAGATCCAGAGCCCCAGTACAACATCATGTCTCCGGCCATGTTGCAGCAGCAGAGTGTGTCAGTGCTCTGAAAAGCGCAGGGTCTCTACAGCACTGGACTTTATACCTCTCTACCCTTTGCTCCCGACAGAA

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU167507 lncRNA upstream 11315 281596 ~ 281856 (+) True G141674
TU167505 lncRNA upstream 14188 278343 ~ 278983 (+) True G141672
TU167502 lncRNA upstream 20877 272026 ~ 272294 (+) True G141669
TU167497 lncRNA upstream 39440 252596 ~ 253731 (+) True G141664
TU167473 lncRNA upstream 81557 210754 ~ 211614 (+) True G141644
TU167515 lncRNA downstream 152 298089 ~ 310377 (+) True G141679
TU167523 lncRNA downstream 46332 344269 ~ 445499 (+) True G141687
TU167531 lncRNA downstream 57467 355404 ~ 356798 (+) True G141694
XR_004578776.1 lncRNA downstream 78450 376387 ~ 379127 (+) True LOC117598045
TU167552 lncRNA downstream 117337 415274 ~ 502406 (+) True G141711
XM_026911879.2 mRNA upstream 159764 127708 ~ 133407 (+) True LOC113525382
XM_034307532.1 mRNA upstream 165833 115546 ~ 127338 (+) True fabp10b
XM_026911871.2 mRNA upstream 178235 102820 ~ 114936 (+) False LOC113525374
XM_026911870.2 mRNA upstream 178236 102820 ~ 114935 (+) True LOC113525374
XM_026911872.2 mRNA upstream 204333 67609 ~ 88838 (+) True gpd1c
XM_026911543.2 mRNA downstream 26209 324146 ~ 329984 (+) True LOC113525100
XM_026911544.2 mRNA downstream 140090 438027 ~ 444448 (+) True LOC113525101
XM_026909968.2 mRNA downstream 1164508 1462445 ~ 1473080 (+) True LOC113523903
XM_026909931.2 mRNA downstream 1198536 1496473 ~ 1505004 (+) False LOC113523877
XM_026909932.2 mRNA downstream 1198584 1496521 ~ 1505004 (+) True LOC113523877
TU167477 other upstream 57650 212948 ~ 235521 (+) True G141647
TU167368 other upstream 197111 93086 ~ 96060 (+) True G141566
TU167690 other downstream 442912 740849 ~ 742201 (+) False G141823
TU167699 other downstream 469118 767055 ~ 812185 (+) True G141824
LOC117598023 other downstream 569732 867669 ~ 869091 (+) True LOC117598023
TU167732 other downstream 644084 942021 ~ 979635 (+) True LOC117598144
TU167711 other downstream 712732 1010669 ~ 1061264 (+) False G141825

Expression Profile